Вообще Борис в делах внутреннего строения имел в виду свои личные расчеты и всегда делал то, что могло придать его управлению значение и блеск. Такой смысл имело преобразование, совершенное им в порядке церковной иерархии. Борис задумал учредить в Московском государстве патриархию. Он воспользовался приездом константинопольского патриарха Иеремии, который со своим греческим духовенством разъезжал для сбора милостыни и привез царю Федору икону с каплями Христовой крови. Гостям оказали очень блестящий и вместе с тем чванный прием. Греки поражены были блеском золототканых одежд царя и царицы, унизанных жемчугом, усыпанных дорогими каменьями, богатством окладов на бесчисленных иконах, огромными серебряными сосудами, изображавшими зверей, птиц, деревья, стенною мозаикою, блиставшею золотом и изображениями из священной истории. Борис сообщил патриарху свое намерение насчет учреждения патриаршества. Иеремия одобрил это намерение. Борис предложил самому Иеремии быть в Москве патриархом, но с тем, чтобы он жил не в Москве, а во Владимире, так как Борис ни за что не хотел удалять из столицы или оставлять в ней не первым, а вторым своего любимца Иова. Иеремии не слишком было хорошо в Турции, он готов был променять ее на Русь, но не хотел жить иначе как в Москве. Поэтому обе стороны сошлись на том, что Иеремия, наделенный богатою милостынею, согласился на возведение митрополита Иова в сан патриарха. Для соблюдения законности созвали собор и архиереи представили трех кандидатов, предоставляя царю избрать из них по своему усмотрению. Разумеется, избран был Иов, и 26 января 1589 года совершилось его посвящение. Вместе с тем архиепископы: новгородский, казанский, ростовский и крутицкий (иначе сарский и подонский, живший в Москве на Крутицах) возведены были в сан митрополитов, а шесть епископов получили архиепископский сан. Посещение Москвы константинопольским патриархом было первым событием в своем роде и повлекло к некоторому приливу греков духовного сана в Московское государство и к большему сближению с православным Востоком. Бывший в Москве вместе с Иеремиею элассонский епископ Арсений, возвратившись с ним в Грецию, приехал опять в Русь и получил суздальскую епархию; архиепископ кипрский Игнатий проживал в Москве. От царя посылалась постоянно богатая милостыня на Восток.
Борису нужно было ласкать духовенство и возвышать его, чтобы при всякой нужде опираться на него и находить в нем для себя могучую поддержку. Учреждение патриаршества давало русской церкви блеск, сообщало этот блеск и самому государству, которое у тогдашних риторов называлось третьим Римом, но более всего возвышало Бориса, получавшего через то и славу благодетеля русской церкви и более ручательства в содействии своим видам со стороны духовенства: патриарх был как бы государь; его титул возбуждал благоговейный страх, в особенности сначала, пока был новым для русских: что скажет патриарх, то должно быть истиною; а такой патриарх, каким был Иов, всегда и во всем был готов потакать Борису. В сущности, патриаршество мало приносило церкви внутренней силы; самостоятельность русской церкви и независимость от всякой другой церковной власти и без того утвердилась уже временем, а ручательства от произвола светских властей патриаршество ей не давало более того, чем мог бы дать собор при нравственной силе своих членов. Для истинной пользы русской церкви в то время нужны были не титулы, не наружный блеск, а образованные и нравственные пастыри: патриаршество, как показали последствия, напротив, ставило преграду внутренним преобразованиям как в церкви, так и в гражданском обществе, и в свое время было уничтожено, как один из признаков, наиболее препятствовавших культурному движению русского общества.
Как ни старался Годунов избегать всякой войны с соседями, но в 1590 году, по истечении перемирия со Швецией, принужден был начать неприязненные действия. Шведы удерживали отнятую при Грозном часть Вотской пятины и не хотели возвращать ее, хотя Борис и предлагал за нее деньги. Московскому государству было особенно тяжело, что у него отняли море. В январе 1590 года началась война.
Самого царя взяли в поход, находя полезным, чтобы он был при войске. Шведы действовали плохо, не более как через месяц сами предложили перемирие на год и уступили царю Яму, Копорье и Иван-город. Русским этого было недостаточно. Они хотели также возвратить Нарву и Корелу, но приступ их к Нарве был неудачен, и осторожный Борис, побоявшись подвергаться опасностям дальнейшей войны, поспешил взять то, что давалось, отлагая на будущее время возвращение остального. С тех пор несколько лет съезжались между собою русские и шведские уполномоченные; не могли сойтись, начинались опять военные действия, вообще незначительные; потом опять съезжались послы толковать о примирении, и только уже в 1595 году заключили мир. Шведы воротили русским Корелу, а русские отказались от Нарвы и от всех притязаний на Эстонию.
Между тем в те годы, когда происходили толки со шведами о границах, в Московском государстве совершались важные трагические события. Димитрий рос в почетном изгнании в Угличе и представлял в будущем большую опасность для Бориса. Федор был бездетен, слаб здоровьем, и, в случае его смерти, царевич Димитрий был бы провозглашен его преемником на престоле. Борису, естественно, грозила погибель. Нагие и люди Димитриевой партии, конечно, не простили бы ему ни его прошлого величия, ни их удаления от царя. Этого мало; Димитрий, пришедши в возраст, мог быть опасен и для самого Федора. Если были люди, которые тотчас же по смерти Грозного думали вместо Федора посадить на престоле малолетнего Димитрия, то тем скорее сам Димитрий, достигши совершеннолетия, мог собрать около себя партию людей, которые были недовольны тем, что на престоле сидит слабоумный царь, а всем управляет временщик, и легко пристали бы к намерению низложить Федора. Рассказывали, что малолетний Димитрий уже в детстве показывал отцовские наклонности, любил смотреть, как убивают домашних животных, и сам, ради потехи, убивал их палкой. Говорят, однажды, играя с детьми, он сделал из снега несколько человекоподобных фигур; одну из них назвал Борисом Годуновым, других – именами разных бояр, приятелей Годунова, бил их палками, говорил, что рубит им головы, руки, ноги, и прибавлял: «Вот как будет, когда я стану царствовать!» Смерть этого ребенка казалась не только полезной для видов Годунова, но и необходимой для его существования.
В 1592 году Годунов отправил в Углич надзирать за земскими делами и над домашним обиходом царицы Марфы своих доверенных людей: дьяка Михаила Битяговского с сыном Данилом и племянником Качаловым. Нагие и сама царица не терпели этих людей. Нагие беспрестанно с ними ссорились.
15 мая 1591 года в полдень пономарь соборной углицкой церкви ударил в набат. Народ сбежался со всех сторон во двор царицы и увидел царевича мертвого с перерезанным горлом. Исступленная мать обвиняла в убийстве людей, присланных Борисом. Народ убил Михаила и Данила Битяговских и Никиту Качалова, а сына царевичевой мамки Волоховой притащил в церковь к царице и убил по ее приказанию пред ее глазами. Умертвили еще несколько человек по подозрению в согласии с убийцами.
Дали знать в Москву. Борис отправил на следствие боярина князя Василия Ивановича Шуйского и окольничьего Андрея Клешнина. Последний был человек, вполне преданный и покорный Борису. Первый принадлежал к роду, не расположенному к Борису, но, при стечении тогдашних обстоятельств, волею-неволею должен был действовать в его видах. Свидетелей убийства не было. Преступников тоже. Шуйский, человек хитрый и уклончивый, рассчитал, что если он поведет следствие так, что Борис будет им недоволен, то все-таки Борису ничего не сделает, потому что верховным судьею будет тот же Борис, а себя подвергнет впоследствии его мщению. Шуйский решил вести следствие так, чтобы Борис был им вполне доволен.
Следствие произведено было бессовестным образом. Все натягивалось к тому, чтоб выходило, будто царевич зарезался сам. Осмотра тела не сделали: людей, убивших Битяговского с товарищами, не допросили. Царицу также не спрашивали. Показания, снятые с разных лиц, кроме показания одного Михаила Нагого, гласили одно, что царевич зарезался в припадке падучей болезни. Одни явно лгали, показывая, что сами видали, как происходило дело, другие показывали то же, не выдавая себя очевидцами. Тело царевича было предано земле в углицкой церкви Св. Спаса.
