Во все время похода Пожарского и Минина к Москве, Дионисий и Аврамий писали к ним грамоты, торопили их идти скорее к столице, чтобы предупредить Ходкевича, который должен был привести свежие силы и запасы польскому гарнизону, остававшемуся в Кремле, а когда услыхали, что в Ярославле в русском ополчении происходят раздоры и беспорядки, то послали сначала жившего у Троицы на покое ростовского митрополита Кирилла, а потом отправился туда келарь Аврамий водворять согласие и убеждал Пожарского спешить скорее к Москве. Аврамий в своем рассказе о событиях этого времени порицает Пожарского за его медленность и неспособность удерживать в войске порядок. Двинувшись наконец к Москве, Пожарский 14 августа остановился под Троицею. Дионисий служил молебен, кропил войско святою водою, и Аврамий, вместе с Пожарским, отправился к Москве. Если верить рассказу самого Палицына, то он больше всего способствовал успехам казаков, убедивши и воодушевивши их своим красноречием. Впоследствии, во время пребывания русского ополчения под Москвою, несколько раз возобновлялись недоразумения между земскими людьми и казаками. Казаки требовали жалование. Келарь Аврамий отправился к Троице, и архимандрит Дионисий с братиею, не имея денег, послали казакам в виде залога богатые церковные одежды, но казаки, тронутые этим, не взяли такого залога и дали обет не отходить от Москвы прежде, чем ее не очистят от поляков.
В феврале 1613 года под Москвою происходил выбор нового царя. Аврамий Палицын, вместе с другими духовными, был отправлен в посольстве для приглашения новоизбранного царя на престол.
Смуты улегались. На престоле сидел избранный государь, но, по молодости и по недавности своей власти, находился под влиянием бояр. В это время был восстановлен был печатный двор (типография) в Москве и предпринято печатание церковного требника. Дело это поручено Дионисию. Ему дали для работ двух монахов Троицкого монастыря, Арсения и Антония, и священника Ивана из монастырского Клементьевского села. Царь выбрал этих людей потому, что им известно было книжное учение, грамматика и риторика. Рассматривая напечатанный прежде «Потребник» (требник), Дионисий заметил в нем неправильности, а равным образом нашел в старых рукописных экземплярах много ошибок, вкравшихся в них от невежества. Таким образом, в конце многих молитв встречались неправильные выражения, имевшие смысл смещения лиц Св. Троицы савелианской ереси. В молитве, читаемой при водоосвящении, «Прииди, Господи, и освяти воду сию Духом Твоим святым», прибавлялось «и огнем». Прибавка эта вошла во всеобщее употребление, а между тем она вкралась в требник единственно по невежеству. Дионисий приказал выбросить ее из новопечатаемого требника. Но в Троицком монастыре, как вообще в русских монастырях, между монахами господствовало невежество, а некоторые из них воображали себя при этом людьми учеными и пользовались уважением в среде своей братии. Такими были у Троицы головщик (управляющий пением в церкви) Логин и уставщик Филарет. Дионисий был человек до чрезвычайности кроткий, а они отличались безмерным нахальством. Дионисий, глубоко проникнутый христианским чувством, видел бесплодность одного бессмысленного соблюдения обрядов и ввел чтение бесед евангельских и апостольских, некогда переведенных Максимом Греком и остававшихся без употребления. Дионисий приказывал их списывать и рассылал по другим монастырям и соборным церквам. Это до крайности не нравилось монахам; Логин и Филарет возбуждали против Дионисия братию и дерзко говорили ему: «Не твое это дело читать и петь: стоял бы ты, архимандрит, с твоим мотовилом на клиросе как болван немой». Дионисий переносил такие выходки. Логин и Филарет хвастались своим пением и умением читать, называли еретичеством «хитрость грамматическую и философство» и пускались в умствования самым нелепым образом. Так, опираясь на слова Св. Писания, что Бог сотворил человека по образу своему и подобию, они представляли себе Бога с членами человеческого тела. Дионисий должен был напрасно объяснять этим невеждам первичные понятия о том, что духовные предметы выражаются телесным образом. Обличая укоренившуюся привычку довольствоваться только формою и не внимать в смысл, Дионисий говорил им: «Что толку из этого, что ты поешь и читаешь сам, не разумея, что произносишь? Видишь ли, апостол Павел говорит: „Воспою языком, восхвалю же умом“. Тот же апостол говорит: „Если не знаю силы слова, какая из того польза? Бых яко кимвал“, т.е. все равно что бубен или колокол. Человек, не знающий смысла слова, которое произносит, похож на собаку, лающую на ветер; впрочем, и умная собака не лает напрасно, а подает лаяньем весть господину. Только безумный пес, слыша издалека шум ветра, лает всю ночь!» Надменные враги Дионисия возражали ему на это: «Пропали места святые от вас дураков, неученых сельских попов. Людей учите, а сами ничего не знаете». Наглость их наконец дошла до того, что однажды Логин вырвал у него в церкви книгу из рук; архимандрит махнул на него своим жезлом и сказал: «Перестань, Логин! Не мешай богослужению, не смущай братию». Но Логин вырвал у него из рук жезл и изломал.
Так обращались эти нахалы со своим архимандритом, пользуясь его кротостию. Наконец, Логин и Филарет подали на Дионисия донос в Москву и обвиняли в ереси за то, что он выбросил из требника слово «и огнем». Патриарха в Москве еще не было. Главным духовным сановником был крутицкий митрополит Иона, грубый и корыстолюбивый невежда. Собрав вокруг себя таких же невежд, он стал рассуждать с ними; и нашли они, что Дионисий еретик, вооружили против него и мать царя Михаила, инокиню Марфу Ивановну, женщину набожную в старом смысле слова.
Дионисий был призван в Москву и в Вознесенском монастыре в присутствии матери царя защищался от обвинений; но все было напрасно. Его признали еретиком, потребовали уплаты пятисот рублей пени. Но у Дионисия денег не было: он все растратил на дело спасения отечества. Его поставили на правеж в сенях, на патриаршем дворе, заковали, глумились над ним, плевали на него. Дионисий не только не падал духом, но смеялся и шутил с теми, кто ругался над ним. «Денег нет, – говорил он, – да и давать не за что. Эка беда, что расстричь хотят! Это значит не расстричь, а достричь. Грозят мне Сибирью, Соловками. Я не боюсь этого. Я тому и рад. Это мне и жизнь». Правеж продолжался несколько дней. За Дионисием посылали, приводили его пешком или привозили на кляче. В народе распространился слух, что явились такие еретики, которые хотят огонь из мира вывести. Раздражились против Дионисия особенно те, которые по роду своих занятий постоянно обращались с огнем, как например, разного рода мастера и повара. Когда Дионисия вели на правеж, они бежали за ним, ругались и кидались в него песком и грязью, а он, вместо того чтобы сердиться или унывать, смеялся над своим положением и острил над невеждами. Уважавшие его люди говорили: «Ах, какая над тобою беда, отче Дионисий!» – «Это не беда, – говорил им Дионисий, – это притча над бедою. Это милость на мне явилась: господин мой, первосвященный митрополит Иона паче всех человек творит мне добро». Раздражение против Дионисия усиливалось оттого, что в это время подступал к Москве Владислав, и в народе возникал страх, что Бог посылает свою кару за проявившуюся ересь. Не взявши ничего с Дионисия, его отправили в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, но не могли провезти его туда, потому что в это время Москву окружали неприятели. Дионисия засадили в Московский Новоспасский монастырь на покаяние.
Но не долго приходилось страдать ему. Царь заключил перемирие с поляками в Деулине. Последовал размен пленных. Отец царя, митрополит Филарет, возвратился в отечество в июне 1619 года, а находившийся в это время иерусалимский патриарх Феофан посвятил его в сан московского патриарха. Филарет знал Дионисия и через семь дней после своего посвящения принялся разбирать его дело вместе с Феофаном. Голос восточного патриарха считался авторитетом на Руси в подобных вопросах. Феофан объявил, что Дионисий совершенно прав, что прибавка «и огнем» неупотребительна на Востоке. Дионисия воротили в Троицкий монастырь с честью.
