Положение царя Михаила было опасное. Русские начинали склоняться к Владиславу. К счастью, московское войско храбро отбило приступ к столице с большим уроном для поляков. Приближалось холодное время. Стоять под Москвою было трудно, тем более, что запорожцы не терпели продолжительных осад и могли разойтись; покушение на Троицкий монастырь также не удалось полякам. Все это побудило Владислава вступить в переговоры.

В трех верстах от Троицы, в селе Деулине, после нескольких съездов, заключили перемирие на 14 лет и 6 месяцев. По этому перемирию положено было с обеих сторон разменяться пленными. Однако дело о пленных затянулось до июня. Поляки жаловались, что русские, и особенно князь Пожарский, неволею обратили многих пленных в холопов, а многих, выпустивши из тюрьмы, отпустили в мороз чуть не нагих и босых. Бояре клялись, что этого никогда не бывало. Спор дошел было до того, что поляки, по условию привезши Филарета и прочих пленных к речке Поляновке, с целью возвратить русским, хотели отправить их назад. Чтобы избавить царского отца из плена, бояре должны были согласиться на требование поляков сыскивать и возвращать своих соотечественников, которые не были сданы в числе пленных.

14 июня Филарет прибыл в Москву. Царь встретил его за городом при бесчисленном множестве народа и поклонился ему в ноги, а Филарет поклонился в ноги царю, и оба лежали на земле, проливая слезы. В то время в Москве гостил патриарх иерусалимский Феофан. По царскому прошению он посвятил 24 июня Филарета в сан московского патриарха.

До сих пор царь Михаил, человек очень кроткого характера, мягкосердечный, был только по имени самодержцем. Окружавшие его бояре дозволяли себе своевольства. Все управление государством зависело от них. Но Филарет, человек с твердым характером, тотчас захватил в свои руки власть и имел большое влияние не только на духовные, но и на светские дела. Без его воли ничего не делалось. Иностранные послы являлись к нему, как к государю. Сам он, как и сын, носил титул великого государя. В его личности было что-то повелительное, царственный сын боялся его и ничего не смел делать без его воли и благословения. Бояре и все думные и близкие к царю люди находились у него в повиновении; правдивый и милостивый с покорными, он был грозен для тех, кто решался идти против него, и тотчас отправлял в ссылку строптивых. Во всей патриаршей епархии, которая обнимала большую часть Московского государства, кроме Казани и Новгорода, все монастыри со всеми их имениями отданы были его управлению, исключая уголовных дел. Все важные указы царя писались, не иначе как с совета отца его. Одним из первых дел периода власти Филарета в области светского управления было собрание земской думы, которая должна была представить полное изображение разоренного состояния государства, сообщить меры, «чем Московскому государству полниться, и устроить Московское государство так, чтобы пришли все в достоинство», а государь при содействии отца своего обещал «промышлять, чтобы во всем поправить и как лучше». Тогда, по настоянию Филарета, были посланы в те города Московского государства, которые уцелели от разорения, писцы, а в разоренные города «дозорщики», привести в известность состояние государства и возвратить разбежавшихся посадских и волостных людей на прежние места жительства, чтобы они правильно платили государству подати. В духовном управлении Филарет был строг, старался водворить благочиние как в богослужении, так и в образе жизни духовенства, преследовал кулачные бои и разные народные игры, отличавшиеся непристойностью, наказывал как безнравственность, так и вольнодумство. Образчиком случаев первого рода может служить дело об одном боярском сыне, Нехорошке Семичеве, которого патриарх за развратную жизнь приказал сослать на Белое море, в Корельский монастырь, держать скованного в хлебне, велеть ему сеять муку и выгребать золу из печи, а кормить одним хлебом, и то половиною того, что дается каждому брату. В таком положении несчастный узник должен был находиться до смерти. Как пример второго рода можно привести суд Филарета над князем Иваном Хворостининым. Этот князь был одним из приближенных названого Димитрия и, следуя его примеру, вольнодумствовал относительно религиозных предметов: говорил, что все равно образа, что римские, что греческие, не хранил постов, читал еретические книги. Василий Шуйский сослал его в Иосифов монастырь. Михаил воротил его, но Хворостинин дошел еще до большего вольнодумства: говорил, что молиться не для чего, что воскресенье мертвых – ложь, смеялся над угодниками Божьими, бил своих слуг за то, что ходят в церковь, пил вино и ел мясо на страстной неделе, не захотел идти на Пасху к царю, замышлял уйти из отечества и уже начал с этою целью продавать свои вотчины. «Для меня, – говорил он, – нет людей в Москве, не с кем слова сказать, народ глуп, буду просить у царя отпустить меня в Рим, или в Литву, или куда-нибудь». Пока царствовал один Михаил, Хворостинину все сходило с рук. Но Филарет скоро принялся за него. У Хворостинина нашли сатирическое стихотворение, в котором он смеялся над благочестием москвичей: «Они кланяются иконам только по подписи, а образ неподписанный у них и не образ». Между прочим, он выразился: «Московские люди сеют всю землю рожью, а живут все ложью». За все это Филарет приказал сослать Хворостинина в Кириллов монастырь, держать его безвыходно в келье, давать читать только церковные книги и заставлять молиться. Это было в 1623 году. Хворостинин просидел там девять лет и был отпущен в 1632 г., когда дал обещание и клятву соблюдать уставы греческой церкви и не читать никаких еретических книг.

Что касается до степени церковной учености Филарета, то современники говорят, что он только отчасти разумел Священное Писание. Филарет скончался в октябре 1633 года и был погребен в Успенском соборе.

Его патриаршество было важною эпохою в истории русской иерархии. Как родитель царя, Филарет естественно имел более власти, чем всякий другой имел бы, находясь в его звании, и как патриарх управлял независимо в церковных делах. Это вообще подняло и возвысило сан патриарха и для преемников Филарета.

Менее относящееся к личности Филарета заключается в биографии царя Михаила Феодоровича.