Примечательно, что характер княжения Василия Васильевича с этих пор совершенно изменяется. Пользуясь зрением, Василий был самым ничтожным государем, но с тех пор, как он потерял глаза, все остальное его правление отличается твердостью, умом и решительностью. Очевидно, что именем слепого князя управляли умные и деятельные люди. Таковы были бояре: князья Патрикеевы, Ряполовские, Кошкины, Плещеевы, Морозовы, славные воеводы: Стрига-Оболенский и Феодор Басенок, но более всех митрополит Иона.
Духовные власти всегда благоприятствовали стремлению к единодержавию. Во-первых, оно сходилось с их церковными понятиями: церковь русская, несмотря на политическое раздробление русской земли, была всегда единая и неделимая и постоянно оставалась образцом для политического единства. Во-вторых, духовные, как люди, составлявшие единственную умственную силу страны, лучше других понимали, что раздробление ведет к беспрестанным междоусобиям и ослабляет силы страны, необходимые для защиты против внешних врагов: только при сосредоточении верховной власти в одних руках представлялась им возможность безопасности для страны и ее жителей. Пока сан митрополита возлагаем был на людей нерусских, понятно, что, будучи чужды русскому краю по рождению и по связям, они не принимали слишком горячо к сердцу его интересов, ограничиваясь преимущественно областью церковных дел; но не так относились к русской земле природные русские, достигшие высшей духовной власти. Митрополиты Петр и Алексий показали уже себя политическими деятелями; еще более проявил себя в этом отношении умный митрополит Иона, которому пришлось занимать важное место при слепом и ничтожном Василии.
Иона был родом из костромской земли, по прозвищу Одноуш. Достигнув рязанского епископа, он не сделался, однако, приверженцем местных рязанских видов; сочувствие его клонилось к Москве, потому что Иона, сообразно тогдашним условиям, в одной Москве видел центр объединения Руси. В 1431 году, по смерти митрополита Фотия, Иона был избран митрополитом, но цареградский патриарх вместо него, еще раньше, назначил грека Исидора. Этот Исидор в звании русского митрополита был на Флорентийском соборе, где провозглашена была уния, или соединение греческой церкви с римской на условиях признать римского первосвященника главой вселенской церкви. Исидор вместе с цареградским патриархом и византийским императором подчинился папе: Исидор был грек душою; все цели его были обращены на спасение своего погибающего отечества; он, как и некоторые другие греки, надеялся при посредстве папы возбудить силы Европы против турок. Эти виды и побуждали тогдашних греков жертвовать вековой независимостью своей церкви. Русь в глазах Исидора должна была служить орудием греческих патриотических целей. Но в Москве не приняли унии и прогнали Исидора. Несколько лет звание московского митрополита оставалось незанятым. В Киеве, после учреждения Витовтом отдельной митрополичьей кафедры, были свои митрополиты, но Москва не хотела знать их. Рязанский епископ Иона, как уже нареченный русскими духовными митрополит, имел между ними главенствующее значение и влияние, а наконец в 1448 году этот архиерей был возведен в сан митрополита собором русских владык помимо патриарха. Событие это было решительным переворотом: с этих пор восточно-русская церковь перестала зависеть от цареградского патриарха и получила полную самостоятельность. Средоточие ее верховной власти было в Москве. Обстоятельство это окончательно подняло то нравственное значение Москвы, которое намечено было еще митрополитом Петром, поддерживалось Алексием, получило большой блеск от перенесения иконы Богородицы из Владимира. С этих пор русские земли, еще непокорные Москве и думавшие оградить от нее свою самобытность – Тверь, Рязань, Новгород, привязывались крепче к Москве духовною связью.
Усевшись в Москве, слепой великий князь назначил своим соправителем старшего сына Ивана, который с тех пор стал называться, как и отец его, великим князем: так показывают тогдашние договорные грамоты. Тогда началась и постепенно расширялась политическая деятельность Ивана: достигнув совершенного возраста, он, без сомнения, вместо слепого родителя, еще при жизни его руководил совершавшимися событиями, которые клонились к укреплению Москвы. Князь Димитрий Шемяка, вынужденный дать так называемую «проклятую грамоту», в которой клятвенно обещал отказаться от всяких покушений на великое княжение, не переставал оказывать вражду к Василию Темному. Духовенство писало Шемяке увещательную грамоту, Шемяка не слушал нравоучений, и московское ополчение, напутствуемое благословениями Ионы, двинулось на Шемяку в Галич вместе с молодым великим князем. Шемяка потерпел поражение и бежал в Новгород, где новгородцы дали ему приют. Галич со своей волостью был вновь присоединен к Москве. Шемяка продолжал злоумышлять против Василия, взял Устюг и там было утвердился, но молодой великий князь Иван Васильевич выгнал его оттуда; Шемяка опять бежал в Новгород. Митрополит Иона своею грамотою объявил Шемяку отлученным от церкви, запрещал православным людям с ним есть и пить и обвинял новгородцев за то, что они приняли его к себе. Тогда в Москве решили расправиться с Шемякой тайным убийством: дьяк Степан Бородатый, при посредничестве Шемякина боярина Ивана Котова, в 1453 году подговорил повара Шемяки приправить ему курицу ядом. Вслед за тем, в 1454 году, союзник Шемяки князь Иван Андреевич Можайский, не дожидаясь прибытия московского войска, бежал в Литву. Двое великих князей: тверской и рязанский, искавшие против Москвы опоры в Литве, увидали, что на Литву надежды мало, и пристали к Москве заблаговременно, прежде чем Москва употребила против них насилие. Первый отдал свою дочь Марию за молодого московского великого князя Ивана Васильевича, а в 1454 году, при посредничестве митрополита Ионы, заключил договор, которым обещался с детьми своими быть во всем заодно с Москвою; последний в 1456 году, перед своею смертью, отдал восьмилетнего сына на попечение великому князю московскому: московский великий князь перевез отрока в Москву, а в рязанскую землю послал своих наместников. Тогда же князь московской земли, серпуховской, Василий Ярославич, ревностный слуга и товарищ в несчастии Василия Темного, по какому-то наговору был схвачен и заточен в Вологду, где и умер со своими детьми: его старший сын убежал в Литву. Затем суздальские князья, получив от московского великого князя вотчины, чуя над собою беду, сами убежали из дарованных им вотчин, чтобы избежать опасных столкновений с Москвою.
В 1456 году расправилась Москва с Новгородом. Еще ранее этого времени великий князь наложил на Новгород 8000 рублей. Прием, оказанный Шемяке Новгородом, раздражал московских великих князей. Новгородцы досадовали на то, что Москва их обирает, не хотели платить наложенной по договору суммы; кроме того, между Москвой и Новгородом возникали поземельные недоразумения: новгородские бояре покупали себе земли в ростовской и белозерской землях, а Новгород оказывал притязание, чтобы эти владения новгородцев тянули (подчинялись) к Новгороду. Великий московский князь объявил Новгороду войну. Московские подручные князья: Стрига-Оболенский и Федор Басенок овладели Русою; новгородцы, поспевшие на выручку Русы, были разбиты. Великий князь с сильным войском пошел к Новгороду и стал в Яжелбицах. Тогда Новгород выслал к нему епископа Евфимия со старыми посадниками, тысячскими и житыми (т.е. зажиточными домовладельцами) от пяти концов Новгорода. Был заключен договор. Новгород, кроме прежних 8000 рублей, должен был заплатить великому князю еще 8500 рублей, возвратить все земли, приобретенные новгородцами в областях, тянувших к Москве, давать великому князю черный бор в своих волостях и судные пени; но главное – Новгород обязался отменить «вечные» (вечевые, исходившие от веча) грамоты, писать грамоты от имени великого князя и употреблять великокняжескую печать. Последним условием поражалась сущность новгородской свободы и предвещалось скорое падение независимости Новгорода.
Новгородцы чувствовали свою близкую беду и ненавидели московского государя. В 1460 году Василий Темный прибыл в Новгород с сыновьями Юрием и Андреем. Новгородцы собрались на вече у Св. Софии и собирались убить его с детьми, но владыка новгородский Иона отговорил их: «Из этого нам не будет пользы, – представлял он, – останется еще один сын, старший, Иван: он выпросит у хана войско и разорит нас».