После оставления станции Манычанской и Сальска экипажи взорвали свои катера и убыли в Краснодар[547].

После оставления Азова 28 июля корабли Отдельного Донского отряда перебазировались в Ейск. 2 августа личный состав Отдельного Донского отряда прибыл в Краснодар и влился в Отдельный Кубанский отряд.

В сентябре 1942 г. Азовская военная флотилия была расформирована, а ее корабли и части включены в состав Новороссийского оборонительного района.

В феврале 1943 г. Азовская военная флотилия была сформирована вновь. Ее корабли нарушали морские коммуникации противника, высаживали десанты.

Силы Азовской военной флотилии участвовали в Керченско-Эльтигенской десантной операции, проведенной 31 октября — 11 декабря 1943 г. войсками Северо-Кавказского фронта (56-я армия, 18-я армия, 4-я воздушная армия) и силами Черноморского флота (вице-адмирал Л.А. Владимирский) с целью овладеть восточной частью Керченского полуострова и создать условия для освобождения Крыма. В операции участвовало 278 кораблей и судов. Высадка вспомогательного десанта (318-я сд и 255-я бригада морской пехоты) проводилась в районе Эльтигена в штормовую погоду. Плацдарм у Эльтигена был блокирован основными силами противника, но удерживался советскими войсками до 7 декабря, что позволило главным силам десанта успешно высадиться северо-восточнее Керчи и овладеть важным плацдармом, который удерживался до начала Крымской операции (8 апреля — 12 мая 1944 г.), в которой также участвовали силы Азовской военной флотилии.

В апреле 1944 г. на основе Азовской военной флотилии была создана Дунайская военная флотилия[548].

В течение всей Великой Отечественной войны на Дальнем Востоке несла боевую службу Краснознаменная Амурская военная флотилия (КАВФ)[549]. К началу войны с Японией в 1945 г. флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатера, 12 тральщиков, 36 катеров-тральщиков и 7 минных катеров[550].

Флотилия с момента вероломного нападения Германии на Советский Союз выполняла задачи по обеспечению безопасности советских дальневосточных рубежей в связи с активизацией попыток агрессии со стороны Японии.

В начальный период Великой Отечественной войны часть личного состава Амурской военной флотилии была направлена на Запад для укомплектования действующих флотов и флотилий, а также морских стрелковых бригад.

С началом Великой Отечественной войны Особый отдел НКВД флотилии принял меры по контрразведывательному обеспечению деятельности уязвимых объектов (штаба флотилии, штабов соединений, шифрпостов, постов СНИС, складов боеприпасов и вооружения). Поскольку флотилия интенсивно пополнялась отмобилизованными судами Амурского речного пароходства, перед контрразведчиками была поставлена задача проверки состояния этих плавсредств. В связи с направлением части личного состава флотилии в действующую армию и флот были приняты меры по пресечению фактов дезертирства и членовредительства военнослужащих во избежание отправки на фронт. Наибольшее количество случаев дезертирства и членовредительства приходится на 1942–1943 гг., когда было проведено 35 арестов.

Работа контрразведчиков на этом направлении осуществлялась путем выявления (в том числе и с использованием методов оперативно-розыскной работы) лиц, высказывающих такие намерения, а также обстоятельств и причин, способствующих дезертирству.

Контрразведчики флотилии выявляли и брали в оперативную разработку лиц, высказывающих террористические намерения. Под террористическими угрозами понимались и угрозы, возникавшие во флотилии на почве искривления дисциплинарной практики, бездушного и формального отношения к нуждам личного состава со стороны отдельных командиров. По таким случаям контрразведчики флотилии информировали командование частей и соединений для принятия упреждающих мер. Если же при детальном и глубоком изучении вскрывался действительный факт подготовки террористических действий, то подозреваемый арестовывался и в отношении его проводились следственные действия[551].

Для того чтобы командование частей флотилии своевременно реагировало на информацию, поступавшую из органов контрразведки, особенно о негативных настроениях военнослужащих и вольнонаемного состава, предпосылках к возникновению чрезвычайных происшествий, по данным фактам систематически информировался Военный совет КАВФ.

За период войны 1941–1945 гг. Военному совету КАВФ было направлено 109 специальных сообщений по вопросам политикоморального состояния личного состава флотилии, о фактах извращения дисциплинарной практики, недочетах в боевой подготовке, нарушениях приказов НКВМФ по ведению секретного делопроизводства, а также о фактах разглашении военной тайны.

По таким фактам, как потеря бдительности, халатное отношение к хранению документов, создание предпосылок к их утрате и разглашению военной тайны, Военный совет КАВФ провел расширенное заседание, на которое приглашались командиры частей и соединений флотилии. По его результатам командующий Амурской военной флотилией издал приказ о наложении дисциплинарных взысканий на ряд командиров, допустивших нарушения, а прямые виновники были отданы под суд военного трибунала[552].

В 1943 г., по мере поступления в части флотилии нового пополнения из числа призванных с ранее оккупированных территорий СССР, этот контингент брался на особый учет и в разработку с целью выявления вражеской агентуры, предателей и пособников.

К началу войны с Японией в 1945 г. Амурская Краснознаменная военная флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатера, 12 тральщиков, 36 катеров-тральщиков и 7 минных катеров[553].

Начав боевые действия в ночь на 9 августа, корабли флотилии обеспечивали оперативные перевозки, высадку десантов, форсирование Амура, Уссури и Сунгари. Вместе с частями 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов силы Амурской военной флотилии участвовали в боевых действиях по овладению городами Айгунь, Фу цзинь, Харбин. Сотрудники подразделений контрразведки «Смерш» флотилии принимали участие в боевых действиях, осуществляли контрразведывательное обеспечение боевых действий кораблей и частей КАВФ. В процессе ведения контрразведывательной работы учитывалось, что на территории и в военно-морских базах Маньчжурии японская разведка создала широко разветвленную агентурную сеть, которая имела задания разведывательно-диверсионного характера.

По мере продвижения частей и кораблей флотилии в речные базы японцев на территории Маньчжурии вместе с передовыми частями направлялись сформированные оперативные группы ОКР «Смерш» КАВФ, которые располагали материалами и документами о деятельности японской разведки.

Исходя из обстановки и известных опергруппам данных о деятельности японских разведывательных и контрразведывательных органов в этих базах, оперативники флотилии имели задачи задерживать и арестовывать лиц, причастных к японской разведке. Кроме того, в задачи опергрупп входило выявление и арест активных деятелей и руководителей эмигрантских организаций, изменников Родины, а также розыск и изъятие представляющих оперативный интерес документов и архивов[554].

В речной базе Цзямусы[555] опергруппой упор делался на задержание сотрудников местной японской военной миссии (ЯВМ). В результате проведенных оперативных мероприятий, в том числе с использованием агентуры из местных жителей, арестовано 12 человек, причастных к японским разведорганам. Кроме того, было четверо задержанных из числа перевербованной японцами закордонной агентуры УНКГБ Хабаровского края, переброшенной для оседания в Маньчжурию в 1940–1944 гг.[556]