15 января 1928 года умирает жена Генона, и через 2 года, 5 марта 193О-го он снова покидает Европу, чтобы провести некоторое время в Каире. Обстоятельства складываются таким образом, что Генон остается в Египте до конца своих дней, и Каир становится для него второй родиной. В 1934 году Генон, а точнее, уже шэйх Абдуль-Вахид Йахья знакомится с египетским шэйхом Мухаммадом Ибрагимом и вскоре берет в жены его старшую дочь, Фатиму. Всю оставшуюся жизнь Генон живет жизнью традиционного мусульманского эзотерика, посещает мечеть, пребывает в созерцании Принципа и практикует эзотерический «дхикр», постоянное призывание имя Бога. Но вместе с тем, он продолжает публиковать свои книги и статьи в Европе. Так он пишет фундаментальные работы "Множество состояний бытия", "Символизм креста", "Царство количества и знаки времени", "Великая триада" и др. В Европе линия, излагаемая Геноном, находит все больше и больше сторонников и последователей, которые развивают многие его темы, переписываются с ним, посещают его в Египте. Таким образом постепенно создается основание той интеллектуальной, эзотерической элиты Запада, формирование которой было важнейшей миссией Рене Генона. Среди его последователей и прямых учеников наиболее известными являются Мишель Вальзан, Фритьоф Шуон, Титус Букхардт, Гвидо ди Джорджа, Юлиус Эвола, Марко Паллис, Рене Алляр, Андре Про, Пробст-Бирабэн и многие другие. Постепенно влияние Генона распространяется и в академической среде так называемых историков религии (М.Элиаде, А.Корбен, Ж.Дюмезиль и т. д.), и в сфере политики (Шарль Моррас, Леон Доде, Юлиус Эвола и т. д.), и среди деятелей искусства (А.Жид, А.Бретон, Рене Домаль и т. д.).

В 1948 году Генон получает египетское гражданство. С этих пор его и так довольно хрупкое здоровье начинает ухудшаться. В 1950 году врачи подозревают у него заражение крови. А 7 января 1951 наступает кризис. В этот день он уже почти не может произносить никаких слов, только иногда поднимается на своей постели, чтобы сказать по-арабски "Эль нафасс халасс", то есть "душа отходит". В эту ночь в 11 часов Генон умер. Его последними словами было восклицание "Аллах, Аллах".

Самым поразительным в жизни Генона было полное и совершенное стирание его собственной индивидуальности в его трудах. Генон никогда не говорит от своего собственного имени: начиная с самых ранних юношеских работ вплоть до последних книг — повсюду выдерживается абсолютно объективный и беспристрастный тон, никогда не срывающийся ни на полемику, ни на эмоции, ни на самоутверждение. Шэйх Генон никогда не старался связать свою собственную личность с излагаемой им доктриной, предоставляя чистым идеям Традиции жить своей независимой жизнью и самим по себе искать путь к сердцам и умам тех, кто исследует эту сферу. Жесткость некоторых его определений, беспощадно разбивающих иллюзии и холодно стыдящих тщеславную претенциозность профанов, псевдо-учителей, нео-спиритуалистов и сентиментальных мистиков, не имеет ничего общего со злорадством или полемическим запалом. Бесстрастная объективность, однако, подчас, оказывалась невыносимой для многих, и поэтому все же были предприняты не очень уместные попытки высветить Генона как личность, чтобы через акцентировку человеческого снять тяжесть многих страшных обвинений в адрес современного мира и его представителей. Любопытно заметить, что все попытки подобного рода привели лишь к одному: за гигантским и непоколебимым трудом Генона как "глашатая Традиции" проявился образ человека, прожившего жизнь, если не как святой, то, по меньшей мере, как праведник; человека, совершенно свободного от узлов психических комплексов, мелких страстей, тщеслваия, пороков, лицемерия и т. д. В жизни Генон отличался крайней добротой: он долго воспитывал и содержал оставленную родителями племянницу, безотказно помогал близким и друзьям, и даже однажды, предоставил для похорон своего знакомого — нищего человека, погибшего в результате несчастного случая в Каире, — свой собственный могильный склеп. Так что за беспристрастным и сверхиндивидуальным холодом истины его трудов стояла благородная, чистая и высокая человеческая личность. И не случайно его друг и сотрудник, издатель журнала "Покрывало Изиды", а позднее "Исследования Традиции" Поль Шакорнак свою биографическую книгу о Рене Геноне назвал "Простая жизнь Рене Генона". Простая жизнь, быть может, одного из глубочайших и сложнейших людей нашей эпохи, значение которого не возможно оценить с помощью обычных человеческих, и особенно, «недочеловеческих» мерок, свойственных нашей падшей цивилизации в конце Темного Века, Кали-Юги.

Миссия Генона имеет множество сторон, каждая из которых разбиралась впоследствии различными авторами — Мишелем Вальзаном, Фритьофом Шуоном, Полем Серраном, Жан-Полем Лораном, Жаном Робеном, Анри Монтегю, Жаном Рейором, Жаном Турньяком, Дэни Романом и многими многими другими. Роль Генона по отношению к Востоку и Западу, Христианству, Исламу, Индуизму, суфизму, масонству, Иудаизму, к истории религий и философии истории, к тайным обществам и сектам — все это подвергалось и подвергается тщательному анализу, разбирается под различными углами зрения. К сожалению, нередко при этом его идеи пытаются поставить на службу каким-то частным или партийным интересам, подчеркивая лишь одну сторону его учения и замалчивая остальные. Кроме того, многие намеки Генона каждый пытается толковать по-своему, иногда безо всякого учета внутренней логики его позиции, взятой в целом. Мы же попытаемся выделить лишь наиболее безусловные, наиболее общие стороны учения Генона, не вдаваясь в частные аспекты его трудов.

В первую очередь, следует выделить основную логическую схему, парадигму видения современного мира у Генона. Собственно говоря, именно эта парадигма является отличительной чертой традиционалистского мировоззрения, определяющей не только его внутренние аспекты, но и структуру всего отношения носителя традициионалистского сознанию к окружающему миру. В принципе, позиция Генона является образцом той позиции, которую должна занимать традиционная элита, а значит, эта позиция является сущностно необходимой формой проявления Духа в наших условиях, причем Духа, осознанного и распознанного во всей его чистой эссенции.

Итак, основополагающим принципом подлинной метафизики является принцип Единства Истины. Из этого Единства проистекает иерархическая соподчиненность различных форм ее проявления, то есть истин частного порядка. И эта иерархия по мере удаления от Единой Истины нисходит все ниже и ниже, вплоть до лжи и заблуждения, лежащих как бы под основным зданием Бытия. Наш земной мир является лишь частью бескрайней системы космоса, но при этом он не просто количественная частица гигантского механизма, а умаленная проекция Единого Архетипа, отраженная в ограниченном пространстве земли и человеческой истории. Поэтому земное человечество может быть рассмотрено и само по себе, так как, представляя только часть реальности, оно является образом всей реальности в целом, и поэтому его структура и судьба суть отражения структуры и судьбы всей реальности. Это означает, что и в человеческом мире есть как Единая Истина, так и ее вторичные формы. Единой Истиной человечества является Изначальная, Примордиальная Традиция, которая есть сверх-временный синтез всей истины человеческого мира и человеческого цикла. Нигде в истории, в религиозных формах, в спектре человеческих идей, свершений и поступков нет ничего, что отсутствовало бы в Примордиальной Традиции, которая, оставаясь на сущностном уровне всегда самой собой, реализуется в истории поступательно и фрагментарно. Вторичными же, прикладными, истинами являются в человечестве традиционные и религиозные формы, не схожие между собой внешне, но внутренне ведущие к одной и той же цели в том случае, если заложенный в них путь будет пройден до конца. Таким образом, различие религиозных форм — явление негативное, так как, хотя они и представляют собой вторичные истины, чистота Единой Истины отныне замутнена. И в самом библейском сюжете негативность такого положения дел запечатлена в повествовании о Вавилонском смешении языков. Забвение Единой Истины со стороны вторичных форм Истины происходит только в критические периоды цикла, в «пост-вавилонском» мире, и такое забение, естественно, умаляет качество каждой отдельной традиционной формы или религии. В конце концов, дробление Истины доходит до такой степени, что она постепенно превращается в свою противоположность, хотя это касается только ее проявлений, а не ее постоянной сущности. Исторически эта стадия соответствует переходу к миру анти-традиционному, профаническому, дьявольскому, в котором исчезает не только Единая Истина, но и истины вторичные, и такой мир становится миром Лжи. Именно таким миром Лжи, Царством Количества является современный мир.