Рассматривая более близкие к нашему времени периоды, Генон указывает на постепенное вырождение самой египетской традиции, которая была чрезвычайно развита в космологическом смысле, но не всегда сохраняла в неприкосновенности метафизическую чистоту. Такое горизонтальное развитие египетской традиции и явный приоритет сакральных наук по отношению к чисто метафизическим доктринам также привели к упадку этой традиции, чьи наиболее существенные элементы (герметизм) перешли позднее в эзотерические учения Иудаизма, Христианства и Ислама. Нижние же элементы отчасти обособились и превратились в «останки», чреватые контр-инициацией. И здесь важно заметить, что Египет и его сакральный центр, Фараон, и в Библии и в Коране являются символами Зла и Дьявола, что может относиться не к самой египетской традиции в целом, но к ее поздним деградировавшим формам. Нечто подобное произошло и с греческой традицией в конце первого тысячелетия до Р.Х. Здесь также метафизические принципы теряются из виду, и впервые в истории появляются признаки не только предельной деградации традиции, но и чистого, сугубо современного профанизма.

Все эти контр-инициатические тенденции постепенно концентрируются в определенные тайные общества, люцеферические или сатанистские секретные организации. Разоблачение «сатанистских» тайных обществ было довольно популярно среди консервативных религиозных кругов после Французской революции, но поверхностный подход к этому вопросу со стороны не очень квалифицированных авторов, а также сознательная дискредитация «прогрессивной» пропагандой анти-масонских исследований, привели к тому, что теория "мирового заговора" сама приобрела гротескные и несколько пародийные черты. Поэтому одной из важнейших задач Генона в этой области было освобождение представлений о «сатанинских» обществах от фантазийных и мифологических элементов, но вместе с тем и утверждение, что контр-инициация и "святые Сатаны" суть чистая реальность, причем, тем более действенная и вездесущая, чем меньше о них подозревают и чем больше подвергают осмеянию саму возможность их существования. В этом вопросе Генон проводил глубокие исследования, внимательно разбирая, в частности, аргументы большинства противников масонерии, утверждавших, что за кулисами обычной масонерии стоит так называемая "люциферианская масонерия", «паладизм». Вместе с Клареном де ла Ривом, известным анти-масоном, вплотную занимавшимся "аферой Лео Таксиля" (Таксиль создал множество несостоятельных и вымышленных анти-масонских мифов), Генон изучал секретную информацию по этому делу, и совокупность полученных им данных придала теоретической концепции о контр-инициации зримые исторические и социальные черты. Кроме того, много информации предоставил Генону некто Свами Нарад Мани, — настоящее имя Хиран Сингх, — индус, прекрасно знающий мир тайных обществ Востока и их западных филиалов. Тот же Нарад Мани снабдил Генона необходимыми сведениями для разоблачения анти-традиционной сущности теософизма Елены Блаватской и Анни Безан. Как бы то ни было, существование «люциферианских» сект, играющих важную роль в истории современного мира, — так как изначально именно от них исходило «внушение», столь сильно изменившее структуру западного мышления (о чем Генон говорит и в "Кризисе современного мира"), — для Генона являлось установленным фактом, и ему удалось проследить линии этой организации в течение последних веков с полной достоверностью и определенностью, хотя сам тревожный характер этой информации делал подобное расследование делом крайне тонким. И самое главное состояло не в разоблачениях, но в освещении метафизической подоплеки контр-инициации и в демонстрации логики ее механизмов и ее функционирования. Если попытаться выразить сущность контр-инициации символическим языком, то можно сказать, что она подобна "усеченной пирамиде", неполному и несовершенному сакральному знанию, противопоставленному знанию полному и абсолютному. Такая оценка сразу же лишает вопрос «сатанизма» всех моралистических и сентиментальных аспектов, так как сужение метафизической картины и ее противопоставление полной метафизике совершенно не обязательно должно сопровождаться кровавыми ритуалами, половыми извращениями, актами прямого богохульства, черными мессами, убийствами, пожиранием младенцев и т. д. Но от этого анти-метафизические тенденции не становятся меньшим Злом, и, напротив, сам ритуальный сатанизм есть не что иное, как упрощенное и примитивизированное, «популистское» следствие анти-метафизического импульса. Поэтому такой сатанизм, несмотря на его внешние эффекты, не является самой страшной формой метафизического Зла, то есть чистого отрицания Истины.

Здесь следует остановиться на вопросе о роли масонства в контексте контр-инициации. Генон и здесь дал предельно четкое и свободное от всяких предрассудков определение. Масонство в его изначальной форме, в форме оперативного масонства, не имело никакого отношения к контр-инициации, которая являлась совершенно особой реальностью. Но в процессе вырождения этой западной чисто инициатической организации определенные «агенты» контр-инициатических центров проникли в масонство, равно как и в другие западные духовные структуры, извратив некоторые его аспекты, точно так же, как это произошло и с самой Католической Церквью, хотя, естественно, степень анти-традиционных влияний в каждом отдельном случае следует рассматривать особо. Эту позицию с предельной ясностью Генон изложил в серии статей, опубликованных в "Анти-масонской Франции" либо анонимно, либо под псевдонимом «Сфинкс». С масонством, согласно Генону, произошло то же самое, что и с древними деградировавшими традициями, «останки» которых стали питательной средой для контр-инициации. Особенно это относится к так называемым иррегулярным ветвям масонерии и к политизированным, демократическим и атеистическим ее формам. Исток же контр-инициации следует искать в других местах. Тесно связанный с этим вопрос о роли Иудаизма в упадке Запада также был однозначно разобран Геноном. Он категорически отметает отождествление Иудаизма с контр-инициацией, как это делали многие защитники западного Христианства. Такое отождествление является неприемлимым, по меньшей мере, в отношении иудейской ортодоксии и иудейского эзотеризма, известного под именем «каббала». Но в то же время Генон не раз указывал на особую роль иудеев в современном мире, на сугубо «западное», атлантическое происхождение их традиции и на специфическую негативность и опасность извращенных форм Иудаизма. В частности, Генон указывает, что огромное число иудеев и лиц иудейского происхождения среди наиболее видных деятелей современного мира, выполняющих самые зловещие функции по его извращению и по интенсификации негативных процессов, соответствует вырождению "иудейского кочевничества" в последние времена, когда иудеи диаспоры становятся носителями разрушительных и анти-традиционных принципов, причем постоянные миграции иудеев делают их разрушительное влияние действительно универсальным и повсеместным. Кроме того, подчеркнутый партикуляризм Иудаизма и креационизм, столь акцентируемый иудейской религией, также представляют собой крайне благоприятную почву для контр-инициатических сил, чья фундаментальная задача состоит как раз в противопоставлении частного целому и в стремлении оборвать живую связь между причиной и следствием (а именно так трактуют креационизм — идею одноразового Творения — многие талмудические иудейские теологи). В рамках Иудаизма и иудейства существуют также совершенно особые психологические и даже психо-физиологические законы, не свойственные другим традициям и другим народам. Эта особость иудеев — в частности, только к этому народу может относиться идея "переселения душ", «гилгул», как подчеркивает Генон в книге "Заблуждения спиритов" — делает их положение в истории загадочным и наделенным особой миссией, которая в последние времена легко может приобрести чисто негативный характер. К этому следует добавить и цитируемое Геноном в книге "Традиционные формы и космические циклы" пророчество относительно того, что Антихрист, сын погибели, должен быть иудеем по происхождению, из колена Данова. Но как бы то ни было, контр-инициацию и центр "Святых Сатаны" нельзя отождествить прямо ни с масонерий в целом, ни с Иудаизмом, хотя определенная связь между ними все же существует. Так, несмотря на однозначное подтверждение Геноном наличия этих связей, среди его последователей были и до сих пор есть как члены масонских лож, так и ортодоксальные иудейские эзотерики, которые, если, конечно, они честно следуют линии Генона, должны бороться с контр-инициацией и ее влияниями наравне с другими традиционалистами, и в первую очередь, в лоне самих тех организаций, членами которых они являются.