По боевому расписанию Императорского флота на операцию "Се" (Победа) "Нагато" был зачислен в состав Главных сил вице-адмирала Т. Куриты. Перед выходом в море своими силами улучшили защиту самых важных частей линкора, таких как боевая рубка, штурманский (компасный) мостик, командно-дальномерные посты, казематы противоминного калибра, элеваторы подачи боезапаса получили дополнительную защиту из плетенных матов. Вокруг зенитных орудий появилась своеобразная защита из стальных тросов. Незадолго до выхода в море оба самолета-разведчика были переданы на линкор "Ямато".

18-20 октября прошел переход из Линнга в Бруней (остров Борнео). В этом порту был пополнен запас топлива. 22 октября все оставшиеся в строю тяжелые корабли Императорского флота вышли в море и пошли к Филиппинам. 23 октября соединение Т. Куриты в проливе Палаван было атаковано американскими подводными лодками. Одна из них — "Дартер" (SS-227) топит флагманский крейсер "Атаго". Командующий эскадрой был спасен и перебрался на "Ямато".

Второй жертвой ее торпед стал тяжелый крейсер "Такао", он остался на плаву, но был вынужден вернуться в базу. Лодка "Дейс" (SS-247) потопила тяжелый крейсер "Майя". Для лодки "Дартер" это была последняя атака, вскоре она села на мель, экипаж перебрался на "Дейс", а лодку пришлось взорвать.

Весь день 24 октября уже потрепанное японское соединение подверглось атакам палубной авиации. Основной целью был линкор "Мусаси", который не пережил этих налетов. Не оставались без "внимания" американской авиации и остальные корабли, в том числе и "Нагато". В линейный корабль попали две бомбы, в опасной близости от борта взорвались еще три.

Первая из бомб, попавшая в корабль, взорвалась на верхней палубе, при этом были разрушены воздухопроводы, ведущие в котельное отделение № 1 и казематные орудия № 2 и № 4, повреждены еще три орудия противоминного калибра и одно 127-мм зенитное орудие. После этого попадания скорость корабля упала до 24 узлов, пока не ввели в строй вентиляцию котельного отделения.

Вторая бомба угодила в световой люк. При этом был разрушен кубрик, носовая радиорубка и шифропосты. На какое-то время линкор остался без связи с остальными кораблями соединения.

"Нагато" в бою у Йокосука. 1945 г.

"Нагато" на рейде Йокосуки. 1945 г.

Третья взорвались рядом с носовой частью. От гидравлического удара разошлись швы, и был затоплен ряд помещений в носовой части. В этом бою экипаж "Нагато" потерял 54 человека убитыми и 106 ранеными.

Вечером японское соединение сделало маневр, показав противнику, что поворачивает на обратный курс, но потом вернулось на обратный курс. Ночью японские корабли форсировали пролив Сан-Бернардино. Утром 25 октября им удалось застать врасплох американское соединение "Taffy 3" (6 эскортных авианосцев, 3 эсминца, 4 эскортных миноносца) под командой контр-адмирала К. Спрэгга.

Японцы многократно превосходили противника в силах, но к несчастью, их сигнальщики доложили о том, что это были ударные авианосцы и линкоры. Сыграли свою роль торпедные атаки эсминцев и постоянные атаки палубных самолетов.

"Нагато" открыл огонь по авианосцу "Сент Ло" (CVE-63). Первый залп произвели зенитными снарядами, затем перешли на бронебойные. Авианосец был поврежден, на следующий день он стал первой жертвой самолетов "камикадзе". После ответной торпедной атаки эсминца "Хеерман" (DD-532), "Нагато" и флагманский "Ямато", маневрируя от торпед, оказались вдали от места боя.

Около 10 ч японское соединение, практически ничего не добившись, начало отход. Американская авиация постоянно "висела" в воздухе. Около часу дня "Нагато" получил попадание еще двумя бомбами, но повреждения оказались незначительными. Около 21 ч соединение Т. Куриты форсировало пролив Сан-Бернардино в обратном направлении.

Утром 26 октября на японские корабли начались авиационные налеты не только палубной, но и береговой авиации. В 10 ч 40 мин над кораблем появились 30 армейских "В-24". В отражении этого налета был задействован и главный калибр линкора. Всего за два дня боев "Нагато" израсходовал 99 снарядов главного калибра и 653 140-мм снаряда. Потери экипажа за 25-26 октября составили 38 человек убитыми и 105 ранеными.

27 октября прошло спокойно для кораблей соединения Т. Куриты. 28 октября они прибыли в Бруней, тут же пополнив запас топлива. В ноябре в эту гавань пришли авианосец "Дзуньо" и легкий крейсер "Кисо", доставившие боеприпасы.

Опасаясь авианалетов, командование решило перевести остатки флота на острова Пратас, и 8 ноября "Нагато" в составе соединения выходит в море. После обхода островов и прикрытия операции по снабжению Филиппин корабли вернулись в Бруней, простояв там с 11 по 16 ноября. 16 ноября "Нагато" и остальные корабли, находившиеся в бухте, были атакованы 40 армейскими самолетами "В-24", сопровождаемыми 15 истребителями "Р-38". После этого командование приняло решение вернуть боеспособные корабли в Метрополию.

17 ноября в море вышли линейные корабли "Ямато", "Нагато", "Харуна", "Конго", легкий крейсер "Яхаги" и эсминцы охранения. 21 ноября американская подводная лодка "Силайон II" (SS- 315) топит линейный корабль "Конго". Следующие три дня перехода прошли спокойно. 24 ноября (по другим данным, 25) корабли прибыли в Йокасуку. Фактически в это время "Нагато" уже перестал быть линейным кораблем, а превратился в плавающую зенитную батарею.

"Нагато" на рейде Йокосуки. 1945 г.

Остаток 1944 года и первый месяц 1945 года прошли для корабля спокойно. Он передавался из соединения в соединение, менялись командиры, проводились работы по ремонту повреждений. 10 февраля 1944 года "Нагато" в очередной раз передали Военно-морской базе Йокосука, для использовался в качестве корабля береговой обороны. Экипаж оставался на "Нагато", исправно действовала его зенитная артиллерия. С него сняли всю артиллерию противоминного калибра, установили несколько угольных котлов, пар от которых шел на бытовые нужды. 20 апреля линкор вывели в резерв.

27 апреля 1945 года командиром "Нагато" становится контр-адмирал Отсука Мики. Несмотря на высокое звание, это был офицер призванный из резерва, до войны он был капитаном торгового флота, хотя в 20-е годы служил на "Нагато" офицером связи.

1 июня 1945 года "Нагато", "Исе", "Хьюга" и "Харуна" вошли в состав Специального флота (флот береговой обороны). В этот же день на линкоре начали работы по демонтажу катапульты и большей части зенитной артиллерии — ее установили на берегу. Экипаж сократили до 1000 человек.

На фото: передача "Нагато" командованию ВМФ США на Тихом океане. 1945 г.