В ночь с 5 на 6 октября в море вышло американское авианосное соединение TF-14 (6 авианосцев и корабли сопровождения). Целью должны были стать атолл Уэйк и объекты на Маршаловых островах. В середине месяца японская радиоразведка проанализировала данные радиоперехватов и вскрыла вероятное направление вражеского удара. Командующий Объединенным флотом адмирал Кога, приказал перевести Главные силы на остров Брауна. 17 октября в море вышли линкоры "Ямато", "Мусаси", "Нагато", "Фусо", "Конго", "Харуна", авианосцы "Секаку", "Дзуйкаку", "Дзуйхо", 8 тяжелых крейсеров, 2 легких крейсера и эсминцы сопровождения. На борту "Нагато" находился наземный персонал подразделения гидросамолетов.

На "Нагато": адмирал И. Ямамото в ходовой рубке (вверху). На камбузе. Конец 1930-х гг.

19 ноября соединение прибыло в пункт назначения и начало выгрузку личного состава и снаряжений, 23 октября вышло в вероятную точку местонахождения американского соединения, но противника не обнаружило и 26 прибыло на Трук. Следующее три месяца соединение стояло в лагуне.

1 февраля 1944 года произошел американский авианалет на Трук, и все тяжелые корабли Императорского флота ушли с Трука в Паллау. "Нагато" совершил переход в составе соединения, в которое также вошли линкор "Фусо", крейсера "Судзуя", "Кумано", "Тоне" и 5 эсминцев.

Патрулирующая у Трука американская подводная лодка "Пермит" (SS-176) обнаружила вражеское соединение, но выйти в атаку не смогла. 4 февраля корабли прибыли в Паллау. Но теперь и эта база не была безопасной, и 17 февраля "Нагато" в составе того же соединения выходит в море и берет курс на Сингапур.

Во время перехода сигнальщики линкора три раза докладывали об обнаружении вражеских подводных лодок (16, 17 и 20 февраля). После рассвета 20 февраля американская подводная лодка "Паффер" (SS-268) обнаружила "Нагато", но занять позицию для атаки не смогла.

21 февраля соединение прибыло на рейд Линга. Следующий месяц корабль находился на этом рейде, лишь изредка выходя в море на боевую подготовку. 30 марта "Нагато" перешел с рейда Линнга в Сингапур. Там линкор проходил текущий ремонт, совмещенный с докованием, после чего 15 апреля вернулся в Линнг.

Вторая половина апреля прошла для корабля в боевой подготовке, как индивидуальной, так и в составе соединения. Отправной точкой в боевой подготовке стали большие учения по борьбе за живучесть, которые окончились 4 мая.

11 мая 1945 года "Нагато" в составе главных сил Мобильного флота выходит в море.

Цель выхода — база в Тави-Тави (около Борнео). Во время перехода провели учения по маневрированию и стрельбы. В Тави-Тави прибыли 14 (по другим данным, 15) мая. До 11 июня "Нагато" простоял в гавани Тави-Тави, где вместе с остальными кораблями ждал начала операции "А-ГО", вошедшей в историю как Первая битва в Филиппинском море. В этот день в море вышли Главные силы японского флота. "Нагато" был в составе соединения "В", в которое также входили 3 авианосца, тяжелый крейсер и 8 эсминцев. Вместе с ними двигалось соединение "А": 3 авианосца, 2 тяжелых, 1 легкий крейсер и 7 эсминцев.

"Нагато" в бою. Море Сибуян, 1944 г.

В 10 ч утра корабли Японии были обнаружены вражеской подводной лодкой "Редфин" (SS-272), которая и доложила о выходе японского соединения в штаб американского флота. 12 июня "Нагато" и остальные корабли пополнили запас топлива с танкеров и пошли к Филиппинам. 13 июня у пролива Сан-Бернардино соединение было обнаружено еще одной американской подлодкой "Флаинг-Фиш" (SS-229). Корабли Императорского флота продолжали свой поход. По плану операции береговая авиация начала наносить удары по американскому соединению TF-58. Пилоты доложили о многочисленных успехах, но на самом деле вражеский флот не пострадал.

17 июня соединение в очередной раз обнаружила американская подводная лодка. 18 июня командующий японской эскадрой перестроил ее боевой порядок. 19 июня с палуб японских авианосцев стартуют самолеты. Мощного удара по американскому соединению не получилось, большая часть группы не обнаружила противника на Гуаме. Так неудачно для японцев началось Первое сражение в Филиппинском море.

Позднее японские корабли были атакованы вражеской палубной авиацией. Находившийся в охранении авианосца "Дзуньо" "Нагато" сбил огнем главного калибра два "Эвенджера" и отогнал остальные атакующие самолеты. Известно, что линкор получил незначительные повреждения, потерь среди экипажа не было.

В 18 ч 30 мин самолеты-торпедоносцы "Эвенджер" с авианосца "Белло Вуд" (CVL-24) добились попадания в авианосец "Хийо", который загорелся, в 20 ч 30 мин на его борту прогремел сильный взрыв, и он затонул. Все это время "Нагато" и тяжелый крейсер "Могами" находились рядом с поврежденным кораблем. После гибели "Хийо" эсминцы охранения приступили к спасению уцелевших моряков. После завершения этой операции линейный корабль, как и все корабли Мобильного соединения, пошел на Окинаву.

Это сражение стало катастрофой для японского Императорского флота, были потоплены три авианосца, еще 2 были тяжело повреждены, получили повреждения несколько боевых кораблей, серьезной потерей стала гибель двух танкеров снабжения. Но основным трагическим результатом стала гибель последних опытных пилотов палубной авиации. Отныне авианосцы Японии могли использоваться только в качестве приманки. 22 июня "Нагато" находился в Окинаве, передавал часть своего топлива на эсминцы. 23-24 июня флот вернулся в Метрополию.

Стоянка на рейде Хасирадзима была короткой, 27 июня состоялся переход в Куре. В этой военно-морской базе линкор прошел докование, во время которого были заделаны все порты выше ватерлинии, усилена малокалиберная зенитная артиллерия — на корабле установили 96 25-мм автоматов (16 трехствольных, 10 двуствольных, 28 одноствольных). Усилено было также и радиоэлектронное вооружение, на линкоре установили четыре радиолокационных станции по две "Типа 22" и "Типа 15", а также прибор опознавания "Типа 2".

7 июля "Нагато" вывели из дока и на борт линкора приняли различные грузы, и на следующий день он входит в состав так называемой группы "В", в которую также входили линкор "Конго", крейсера "Могами" и "Яхаги" и 4 эсминца. Одновременно к выходу в море готовилась и группа "А" (2 линкора типа "Ямато", 7 тяжелых и 1 легкий крейсер и эсминец). В тот же день на борт "Нагато" был погружен полк из состава 23 пехотной дивизии. 8-9 июля обе группы совершили переход на Окинаву. По прибытии на остров их пути разошлись, группа "А" пошла в Линнга, а группа "В" начала разгрузку.

Линейный корабль "Нагато". 1944 г. (Наружный вид и вид сверху)

12 июля группа "В" выша в море и взяла курс на Манилу, куда и прибыла 14 июля, а через три дня вновь вышло в море и взяло курс на Сингапур. Во время перехода "Конго" был атакован неизвестной подводной лодкой. Стоянка в Сингапуре была короткой, в тот же день "Нагато" и остальные корабли совершили переход в Линнга. С 20 июля по 10 октября соединение стояло на рейде, иногда выходя на учения. С 1 по 6 октября "Нагато" дважды ходил в Сингапур, за пополнением личного состава соединения.