1940 год прошел в усиленной боевой подготовке — отношения с Соединенными Штатами Америки начали ухудшаться. Единственным примечательным событием этого года стал парад, посвященный 2000-летию правящей династии. В Иокогамской бухте выстроились 98 кораблей японского флота, головным стоял "Нагато". Император Хирохито на линкоре "Хией" обошел весь строй.

1941 год прошел под знаком усиления напряженности с США. Планы войны постепенно обретали очертания и приходили в стадию реализации. 9 октября 1941 года началась завершающая фаза мобилизации Объединенного флота.

Линкор продолжал оставаться в составе 1-й дивизии линкоров Объединенного флота, которое базировалось на рейде Хасарадзимы, но был приписан к Военноморской базе в Иокосуке, на завод которой ложились обязанности по ремонту корабля, а на местные казармы — по комплектованию экипажа. Поэтому "Нагато" часто совершал переходы по маршруту Хасирадзима - Йокосука.

17 ноября 1941 года линкор выходит в море и берет курс на Саеки, на его борту находится адмирал Ямамото. 18 ноября он прибыл в пункт назначения для встречи с авианосцем "Акаги".

И. Ямамото на борту авианосца провел последнее совещание с командующим ударным соединением вице-адмиралом Тюити Нагумо. Во время этого совещания была передана последняя разведывательная информация о состоянии обороны военноморской базы Пирл-Харбор. После завершения согласований корабли разошлись. "Нагато" вернулся на базу, а "Акаги", пошел на Курильские острова, где собиралось все соединение.

Вскоре японские авианосцы вышли в море и взяли курс на Пирл-Харбор.

Как казалось японским политикам, войны еще можно было избежать, но правительство США, а если точнее, президент Ф. Рузвельт выдвигал Японии явно неприемлемые условия. Война стала неизбежной. 2 декабря 1941 года радист "Нагато" передал в эфир знаменитую радиограмму "Ниитака ноборе" (Начинайте восхождение на гору Ниитака), что означало начало военных действий 7 декабря.

Линкор "Нагато" на рейде Хасирадзимы. Конец 1930-х гг. (два фото вверху) "Нагато" в походе. Конец 1930-х гг.

В последний день мира на борту линкора проводился эксперимент по установке противоторпедных сетей. 7 декабря американская Военно-морская база в Пирл-Харбор была атакована японской палубной авиацией. Флоту США был нанесен серьезный урон. Адмирал И. Ямамото в этот день находился на борту линкора "Нагато".

Первый военный выход в море состоялся 8 декабря. В кильватер флагману шли однотипный "Мутсу", линкоры "Исе", "Фусо", "Хьюга", "Ямаширо", легкий авианосец "Хосе", 2 легких крейсера и 8 эсминцев. Выход был к архипелагу Бонин, для прикрытия возвращающегося соединения адмирала Нагумо. 13 декабря корабли возвратились на базу.

21 декабря на рейд Хасирадзимы прибыл новейший линкор "Ямато", который приступил к курсу боевой подготовки. Настроение на борту "Нагато" было очень бодрым — вооруженные силы Японской империи наступали на всех фронтах.

Первые два месяца 1942 года прошли для корабля в рутинной службе. 12 февраля 1942 года на "Нагато" был спущен флаг командующего Объединенным флотом, он перешел на "Ямато". С февраля по май 1942 года 1-я дивизия линейных кораблей занималась боевой подготовкой во внутреннем Японском море. Единственный перерывом для "Нагато" стало прохождение текущего ремонта с докованием на Военно-морской верфи в Куре. 5 мая 1942 года были проведены совместные стрельбы двумя дивизиями линейных кораблей, где имело место чрезвычайное происшествие — разрыв ствола башни № 5 на линкоре "Хьюга". Стрельбы прекратили, и корабли разошлись по базам.

13 мая состоялся переход из Хасирадзимы в Куре для пополнения боезапасов. В это время завершилась подготовка к операции "MI" — вторжение на остров Мидуэй. В операции должны были принять участие практически все корабли Императорского флота. Одним из последних мероприятий в ее подготовке стали большие маневры, в период с 19 по 23 мая. Через 5 дней, 29 мая, "Нагато" выходит в море в составе Главных сил. Это соединение не приняло участие в бою 4 июня, когда были потеряны четыре лучших авианосца Японии.

На баке и юте "Нагато". Конец 1930-х гг.

6 июня на борт "Нагато" были приняты моряки с погибших авианосцев (в основном с авианосца "Kaгa"), и после дозаправки корабли начали возвращение в воды Метрополии. 14 июня они прибыли на рейд Хасирадзимы. Следующий месяц прошел для корабля спокойно — было лишь несколько межбазовых переходов.

12 июля в рамках большой реорганизации Объединенного флота "Нагато" передали в состав 2-й дивизии линейных кораблей. Отныне 1 -я дивизия линкоров состояла из кораблей типа "Ямато".

Остаток 1942 года прошел для корабля в рутинной службе: учения, межбазовые переходы, текущие ремонты. Линкор использовался в качестве учебного корабля, в то время когда японский флот вел тяжелые бои за остров Гуадалканал, а положение Империи продолжалось ухудшаться.

Первый месяц нового 1943 года "Нагато" простоял на рейде своей постоянной базы, находясь в состоянии полной боевой готовности, ожидая приказа о выходе в море. 25 января он прибыл в Куре и стал в док. На линкоре провели работы по чистке котлов. 2 февраля все работы завершили, и линкор уходит на место постоянного базирования.

Линейные корабли типа "Нагато": сведения о кораблях, опубликованные в справочнике по японскому флоту, изданному в 1943 г. разведывательным управлением ВМФ США.

С 31 мая по 6 июня очередное докование в Куре. В этот период на борту линкора появилась радиолокационная станция тип-21 и 4 25-мм зенитных автомата. После завершения работ "Нагато" вернулся на рейд Хасирадзимы, куда прибыл 8 июня. Здесь "Нагато" стал свидетелем гибели от внутреннего взрыва однотипного корабля — "Мутсу". После его гибели на "Нагато" была произведена тщательная проверка всех зарядов и снарядов в погребах главного калибра и проверка знаний инструкций личным составом по обслуживанию погребов.

25 июня "Нагато" выходит в море. Были проведены учения по его буксировке эсминцами. Моделировалось заклинивание рулевого устройства при угле более 35°. 27 июня корабли вернулись на рейд. Этим летом ничего примечательного с кораблем не происходило, были только редкие выходы на учения и межбазовые переходы.

В начале августа на корабле начали подготовку к переходу в район Соломоновых островов. На линкоре разместили различные грузы, а также моряков для усиления гарнизонов. Многие из этих моряков ранее служили на "Мутсу".

С 17 по 23 августа состоялся переход из Метрополии на Трук. Кроме "Нагато", в нем участвовали линкоры "Ямато", "Фусо", эскортный авианосец "Тайо" и 5 эсминцев. Переход прошел без происшествий.

18 сентября американское авиационное соединение TF-16 атаковало японские базы на островах Гилберта. На перехват вышло сильное соединение японского Императорского флота, в которое входили линкоры "Ямато", "Нагато", авианосцы "Секаку", "Дзуйкаку", позднее к ним присоединились "Дзуйхо", тяжелые крейсера "Миоко", "Хагуро, "Тикума", "Тоне", легкие крейсера "Агано", "Носиро" и эсминцы. Никого не обнаружив, соединение вернулась на базу 25 сентября.