В результате одного близкого разрыва и попаданий этих четырех снарядов в корабль поступило около 1000 т воды. Судовой журнал зафиксировал потери экипажа, которые составляли 17 убитых и 23 раненых (или 3,5% численности экипажа). К концу боя на крейсере окончательно вышли из строя два 150-мм орудия.

Когда 31 мая 1916 г. в 19 ч. 47 м. вице-адмирал Хиппер вынужден был оставить свой тяжело поврежденный флагманский "Лютцов". Адмирала и его штаб снял эскадренный миноносцец G-39, чтобы в дальнейшем передать на "Мольтке". Этому препятствовал продолжавшийся бой, поэтому командующий 1-й разведывательной группы лишь в 22 ч. 05 м. поднял свой флаг на "Мольтке" и снова смог принять командование группой.

До 6 июня 1916 г. вице-адмирал Хиппер оставался на борту корабля. "Мольтке" первым поставили в сухой док в Вильгельмсхафене и затем в плавучий док в Гамбурге, где его с 7 июня по 30 июля 1916 г. (за 53 дня) отремонтировала верфь "Блом унд Фосс", и он был снова введен в строй 30 июля 1916 г.

После короткой боевой подготовки в западной части Балтийского моря 14 августа 1916 г. он снова был в полной боевой готовности и 18/20 августа принял участие в походе флота в Сандерленд в качестве флагманского корабля 1-й разведывательной группы, поскольку к этому моменту из её состава, кроме "Мольтке", в боевой готовности был только "Фон-дер-Танн". Командованию флота пришлось выделить для их поддержки линкоры "Байерн", "Маркграф" и "Гроссер Курфюрст".

25/26 сентября 1916 г. "Мольтке" с командующим 1-й разведывательной группы на борту принял участие в составе сил прикрытия в операции 2-й флотилии эскадренных миноносцев во главе с капитаном 1 -го ранга Хейнрихом (на легком крейсере "Регенсбург") и дошел до широты банки Терсхеллинг. 20 октября 1916 г. "Мольтке" перестал быть флагманским кораблем вице-адмирала Хиппера. В ноябре "Мольтке" принял участие в походе флота, который оказывал помощь двум севшим на мель у Ютландского полуострова немецким подводным лодкам. За время до сентября 1917 г. боевых действий между крупными кораблями противников не произошло.

"Мольтке" во время буксировки в Вильгельмсхафен. Апрель 1918 г.

Во время высадки в сентябре-октябре 1917 г. десанта немецких войск в Балтийском море на острова Эзель, Моон и Даго была сформирована немецкая эскадра под командованием вице-адмирала Шмидта. Флагманским кораблем эскадры стал "Мольтке". В конце октября 1917 г. после успешного завершения операции корабли вернулись в Северное море, а 3 ноября 1917 г. вице-адмирал Ш мидт снова перешел на свой флагманский линкор "Остфрисланд".

Едва появившись в Северном море, "Мольтке" 17 ноября 1917 г. направили на поддержку 2-й разведывательной группы, и он дошел до района северо-западнее Гельголанда. Однако боевых действий снова не произошло. После этого он ушел на текущий ремонт. 29 марта 1918 г. "Мольтке" с "Гинденбургом" и 4-й разведывательной группой использовались как прикрытие 14-й полуфлотилии тральщиков, постоянно тралящих британское минное поле. То же самое имело место и 19 апреля 1917 г., когда он, "Дерфлингер" и 4-я разведывательная группа использовались как прикрытие перехода во Фландрию четырех миноносцев 3-й флотилии.

23/24 апреля 1918г. состоялся последний боевой поход кайзеровского флота Открытого моря. Флот пошел далеко на север, пытаясь выйти на маршрут конвоев из Великобритании в Норвегию. При этой неудачной попытке разгромить английский конвой, следовавший в Норвегию, "Мольтке" в составе 1-й разведывательной группы находился в 60 милях севернее острова Гросс, когда в 6 ч. 10 м. 24 апреля на нем произошла тяжелая авария турбинной установки, наиболее крупная на флоте за всю войну (по другим данным, корабль подорвался на британской мине к западу от Ставангера).

С правого внутреннего вала сорвало винт. Турбина правого борта, вследствие потери винта, непроизвольно увеличила обороты выше допустимых, и, прежде чем регулятор остановил подачу пара, оторвался зубчатый агрегат устройства проворачивания турбины. Он пробил выходящую за борт трубу подачи холодной воды охлаждения вспомогательного конденсатора и несколько трубопроводов и панель главного распределительного щита в отделении управления. В корпус корабля поступило 1600 т воды.

Машинное отделение правого борта наполнилось паром от пробоины во вспомогательном конденсаторе, много воды поступило в машинное отделение. "Мольтке" осел на корму. В конце концов водолазу удалось закрыть кингстон конденсатора в днище корабля и таким образом предотвратить дальнейшее затопление. Хотя воду из помещений откачали, она все же засолила котлы, выведя турбины из строя, и "Мольтке" остановился.

Корпус линейного крейсера "Мольтке" во время подьема. 1927 г.

В 10 ч. 38 м. 24 апреля легкий крейсер "Страссбург" пытался взять на буксир аварийный корабль. Однако буксирные тросы постоянно рвались. Наконец на горизонте появился остров Гросс. В 11 ч. 13 м. линкор "Ольденбург" взял "Мольтке" на буксир, и буксировка продолжалась под аплодисменты гарнизона острова. Несмотря на неоднократные обрывы буксировочных концов, скорость буксировки удавалось поддерживать в пределах 12-13 узлов. Эскадренные миноносцы V-44 и V-45 осуществляли противолодочное охранение. В 20 ч.42 м. буксирные тросы опять оборвались, но их завели вновь.

В 6 ч. 30 м. 25 апреля 1918 г. в Немецкой бухте к буксировке подключились тральщики 3-й полуфлотилии. В 12 ч. 09 м. с линкора "Ольденбург" обнаружили британскую подводную лодку, и в этот момент тральщик М-67 подорвался на мине. Наконец в 16 ч.53 м. котлы на "Мольтке" дали пар в турбины левого борта, и корабль смог дать малый ход. В 17 ч. 40 м. машины "Мольтке" были уже достаточно отремонтированы, чтобы обеспечить ему скорость 12-13 узлов.

В 19 ч. 03 м. с линкора "Ольденбург" снова сообщили об обнаружении британской подводной лодки (была замечена идущая по поверхности воды торпеда). "Мольтке" пытался уйти из опасного района, однако в 19 ч. 37 м. в 40 милях к северу от Гельголанда линейный крейсер был атакован английской подводной лодкой Е-42 и одна 457-мм торпеда попала в корабль в районе машинного отделения. С "Мольтке" на удалении 500 м обнаружили идущую на него торпеду, от которой уже нельзя было уклониться.

Она попала в район машинного отделения левого борта. Через эту пробоину внутрь поступило 1 760 т воды, после чего скорость корабля снова уменьшилась до 3,5-4 узлов. Однако "Мольтке" смог самостоятельно продолжить движение и обстрелять предполагаемую позицию подводной лодки Е- 42. К противолодочному охранению корабля были привлечены еще несколько миноносцев и тральщиков.

В 21 ч. 30 м. к бортам крейсера подошли два буксира. 26 апреля 1918 г. в 1 ч. 00 м. подошли ещё два буксира, и они без происшествий со скоростью буксировки 3,5 – 4 узла смогли войти в Вильгельмсхафен. В 8 ч. 56 м. "Мольтке" встал на якорь на рейде, и после полудня его отбуксировали на Государственную верфь, где с 30 апреля до 9 сентября (за 130 дней) на нем был произведен ремонт. На это время численность экипажа уменьшили. Старший офицер корабля корветен-капитан Хюман за отлично организованную службу по спасению корабля был особо отмечен наградой командованием флота.

После непродолжительной боевой подготовки в Балтийском море, проведенной с 19 сентября по 3 октября 1918 г., "Мольтке" с конца октября снова был готов к проведению запланированных, но уже не проведенных в жизнь боевых операций. Поскольку "Гинденбург", флагманский корабль нового командующего 1-й разведывательной группой, должен был идти на ремонт, 11 ноября 1918 г. контр-адмирал фон Рейтер со своим штабом перешел на "Мольтке".