К концу боя на крейсере окончательно вышли из строя четыре 280-мм и два 150-мм орудия.

Доктор Амелунг: "После сравнительно долгого перерыва вечером бой возобновился с новой силой. Приток раненых все возрастает. Внезапно страшный взрыв приводит всех в смятение. Все надевают противогазы и бегут в отделение N 5. Но в полумраке передо мной появляется кто-то и протягивает правую руку, у которой нет кисти. Я быстро накладываю повязку на кровоточащую культю и укрепляю бандаж вокруг нижней части руки, а затем, хотя и нет пожара, но газы от взрыва могли еще остаться, я возвращаюсь к своей работе у операционного стола. Новый взрыв производит сотрясение, которое выбивает световой люк, летящий мне на голову. Я падаю на колени, на мгновенье теряю возможность ориентироваться, но быстро прихожу в сознание и поднимаюсь. У меня нет серьезных ран, и я продолжаю свою работу. Около полуночи бой окончательно затихает. Санитары приготавливают чай и поят им раненых, достают лед и вино. На рассвете раненые под руководством священника поют молитвы. В 5 часов утра 1 июня 1916 г. после 12 часов непрерывной работы я поднимаюсь на палубу и представляю рапорт командиру корабля капитану 1-го ранга фон Эгиди.

Семеро раненых умерли ночью, двое из них от тяжелых ранений, а один, вероятно, от шока, так как на нем не было следов явных наружных или внутренних повреждений."

Потери экипажа "Зейдлица" в Ютландском бою – 98 убитых и 55 раненых, что составляло 11,7 % от численности экипажа.

После 22 ч. 00 м. по приказу вице-адмирала Шеера германские легкие крейсера и эскадренные миноносцы при поддержке "Зейдлица", который был почти полностью небоеспособен и явно на краю гибели, и "Мольтке" – единственного линейного крейсера, сохранившего полную боеспособность, пошли на поиски англичан. Но, к счастью для "Зейдлица", в ночь с 31 мая на 1 июня 1916 г. встреч с крупными английскими кораблями не произошло.

Линейный крейсер "Зейдлиц" возвращается после Ютландского боя.

Затем отдельно от следовавших друг за другом "Дерфлингера" и "Фон-дер-Танна" "Зейдлиц" шёл за "Мольтке" в конце немецкой линии вслед за авангардом (с оборотами, соответствующими скорости в 22 узла). Затем скорость была уменьшена (до оборотов, соответствующих 20-21 узлам, которые фактически означали только 18-19 узлов), но и это для него было большой скоростью.

К вечеру 31 мая "Зейдлиц" по расчетам принял внутрь корпуса 2636 т воды, что увеличило осадку носом на 2,5 м и подняло корму на 1 м, создав крен 2,5° на правый борт. Для корабля это было не самой серьезной опасностью. Основную опасность представляла большая пробоина в носовой части правого борта от попадания шестого снаряда, расположенная почти над самой ватерлинией. Нос продолжал погружаться в воду, и ход пришлось снизить до 7 узлов. Желая уменьшить дифферент на нос, пытались перепустить воду в 3-е котельное отделение, чтобы оттуда откачать её отливными средствами. Но этого сделать не удалось, так как повышенное давление воздуха выбрасывало её обратно.

В 3 ч. 40 м. 1 июня своим глубоко погруженным форштевнем (осадка которого достигла 13 м) корабль ненадолго приткнулся к мели у Хорнс-риф.

Через два часа "Зейдлиц" сел на банку глубиной 13,5 м. Для уменьшения дифферента на нос были затоплены средние и кормовые креновые цистерны левого борта, благодаря чему выравнялся крен на правый борт и уменьшился дифферент. Теперь корабль имел возможность продолжать свой путь, медленно двигаясь в базу. На малых глубинах "Зейдлицу" приходилось протягиваться на повышенном числе оборотов турбин.

Но теперь "Зейдлиц" уже не имел возможности поддерживать скорость более 15 узлов, затем ему пришлось уменьшить её сначала до 10, потом и до 7 узлов. Немецкие легкие крейсера прошли Хорнс-риф в 4 ч. 00 м. 1 июня, а в 5 ч. 40 м. "Зейдлиц" снова присоединился к флоту, с которым потерял контакт ночью.

Корабль в течение ночи продолжал идти вслед за флотом, но на следующие сутки в 8 ч. 00 м. 1 июня от давления воды стала сдавать переборка на 114-м шпангоуте, угрожая людям, работавшим в помещении уже по пояс в воде. Дальнейшее пребывание личного состава в отсеке становилось невозможным ещё и от испарения паровых труб, затопленных водой, почему последовало приказание вывести людей в более безопасное место, а "пост управления" перенести в другое место.

В это время на корабле было замечено падение остойчивости, которое выражалась в том, что при перекладывании руля даже на малом ходу корабль быстро кренился и медленно выпрямлялся. Положение ещё более ухудшилось от проникновения воды через поврежденные угольные ямы левого борта в соседние и от поступления её через пробоины каземата левого борта. Скорость упала ниже семи узлов. Поскольку оба гироскопических компаса вышли из строя, а карты были испорчены, командир корабля по радио попросил командующего 2-й разведывательной группой выделить крейсер для навигационного обеспечения при проходе мели Амрум.

Линейный крейсер "Зейдлиц" возвращается после Ютландского боя.

В 9 ч. 45 м. подошёл легкий крейсер "Пиллау" и попытался развернуть линейный крейсер кормой вперед, чтобы при буксировке можно было уменьшить давление воды на носовую поперечную переборку, но у него неоднократно лопались буксиры. Следуя на буксире за "Пиллау", "Зейдлицу" в конце концов удалось двигаться кормой вперед со скоростью 3-5 узлов. Ввиду того, что водоотливные средства работали с большим напряжением, пользование ими было ограничено, и к полудню 1 июня крен корабля дошел до 8° на левый борт.

Около 10 ч. 00 м. по траверзу Хорнума "Зейдлиц" ещё раз коснулся мели и лишь в 11 ч. 25 м. смог войти в проход у мели Арнум. Попытки буксирования линейного крейсера "Зейдлиц" слабосильными тральщиками, высланными ему на помощь командованием утром 1 июня, оказались безрезультатными. В 15 ч. 30 м. положение "Зейдлица" было критическое, поскольку ветер усилился до 8 баллов, и он держался на воде только благодаря воздушным мешкам, образовавшимся в противоторпедной переборке. Раненые были подготовлены к эвакуации с корабля.

Подошли два спасателя "Бореас" и "Крафт", которые всё время шли рядом и непрерывно откачивали из крейсера воду. Мощный портовый буксир начал буксировку поврежденного корабля. Работа отливных помп этих спасателей оказалась неэффективной из-за чрезмерно большого диаметра приемных шлангов у центробежных помп, которые часто выходили из строя.

Самым тяжелым его положение стало в 17 ч. 00 м. 1 июня, когда расчетное количество воды, попавшее внутрь корабля, составляло 5 329 т, что придало ему осадку 14 м носом и 7,4 м кормой при крене 8° на левый борт. Для выравнивания крена на левый борт в 18 часов было решено затопить кормовые креновые цистерны правого борта, и тогда корабль получил крен на правый борт, дошедший до 8°.

Утром 2 июня 1916 г. достигли плавучего маяка, выставленного на время войны во внешней части залива Яде и отпустили в базу легкий крейсер "Пиллау" и миноносцы. Погруженный в воду по передние порты казематов, "Зейдлиц" в общей сложности принял 5300 т воды, что составляло 21,2 % от его водоизмещения, но, несмотря на это и потерю остойчивости, он, хотя и с большим трудом, смог вернуться в Вильгельмсхафен, встав в 4 ч. 25 м. 3 июня на якорь в глубоком бассейне перед входным фарватером внутри бонового заграждения. Здесь с корабля эвакуировали 55 раненых и снесли на берег тела 98 убитых.