В этом документе подробно разработаны не только общие принципы первоначального обучения, но и мельчайшие подробности, касающиеся обеспечения, быта, поощрения и наказаний учеников и т. д. Проект состоит из семи разделов: 1. «О приеме школьников в Гимназию», 2. «О содержании жалованных школьников» (то есть находящихся на казенном жалованье: всего таких учеников должно было быть пятьдесят), 3. «О наставлении школьников», 4. «О экзерцициях гимназических» (то есть о классных и домашних занятиях), 5. «О экзаменах, произведениях и выпусках школьников», 6. «О книгах, по которым обучать в школах», 7. «О награждениях и наказаниях».

Информационный взрыв, потрясший на рубеже XVII–XVIII веков европейскую и в особенности русскую культуру, был не менее мощным, чём тот, который переживаем мы в XX веке. Применительно к задачам школьного образования основную проблему, возникающую в связи с этим важным обстоятельством, можно определить так: не раздавить юное сознание обилием новых фактов, но внедрить в него самое необходимое, чтобы дальнейшее его, уже во многом самостоятельное, развитие шло не вопреки, а в соответствии с возросшим средним уровнем научных сведений и представлений эпохи. Вот почему, говоря о «наставлении» гимназистов, Ломоносов специально подчеркивает: «...при обучении школьников паче всего наблюдать должно, чтобы разного рода понятиями не отягощать и не приводить их в замешательство».

Ломоносов составляет «табель по школам и классам», то есть поденное расписание («поутру и ввечеру по три часа») нижнего, среднего и верхнего классов. Он указывает круг предметов, необходимых в гимназиях: арифметику, геометрию, географию, «философии первые основания». Большое внимание уделено преподаванию языков: кроме латинского, который наряду с русским был основным, школьники («смотря по остроте, по летам и по охоте») должны были изучать немецкий, французский, английский, итальянский. Причем Ломоносов считал, что в гимназиях обучение языкам необходимо отличать от гувернерского натаскивания: «Сим языкам обучать не так, как обыкновенно по домам принятые информаторы одною практикою, но показывать и грамматические правила. Притом излишным оных множеством не отягощать, особливо сначала практику употреблять прилежно, слова и разговоры твердить, упражняться в переводах и сочинениях».

Преподавание литературы Ломоносов строит во многом в соответствии со своим личным опытом на основе сочетания традиционных приемов и источников с новыми методами и новым материалом: «...в первом классе обучать российской грамоте обыкновенным старинным порядком, то есть азбуку, часослов и псалтырь, потом заповеди просто... Потом учить писать по предписанному доброму великороссийскому почерку и приучивать читать печать гражданскую». Во втором и третьем классах школьники должны были проходить «в прозе и в стихах российские сочинения, те особливо, которые... к знатному исправлению российского штиля на свет вышли». При этом Ломоносов особо подчеркивает необходимость для гимназистов «прилежно читать славенские книги церьковного круга и их держаться как великого сокровища, из которого знатную часть великолепия, красоты и изобилия великороссийский язык заимствует» (мысль, которую он вскоре разовьет в одном из самых главных своих филологических произведений).

Детально был продуман Ломоносовым список литературы для латинских классов. Сюда он включил, по мере приближения к концу обучения, «Разговоры» Эразма Роттердамского, избранные сочинения Цицерона, Корнелия Непота, Светония, Курция, Вергилия, Горация, Овидия, Тита Ливия, Тацита и др. Из немецких писателей Ломоносов рекомендовал Готшеда, Мосгейма, Коница, Гюнтера и др., из французов — Фенелона, Мольера и Расина.

Преподавание «первых оснований нужнейших наук» Ломоносов предлагал вести, опираясь на пособия своего марбургского учителя Вольфа. Для этого он планировал «во втором классе употреблять из Волфова сокращения «Арифметику» и «Геометрию» (которые нарочно с немецкого перевесть и напечатать)». Логику, метафизику, физику должно было преподавать по ломоносовскому переводу «Волфианской физики» Тюммига, вышедшему еще в 1746 году.

Для управления учебным процессом Ломоносов вводит свою систему отметок, наказаний и поощрений. Отметки предполагались следующие: 1. В. И. — «все исполнил», 2. Н. У.  — «не знал уроку», 3. Н. Ч. У.  — «не знал части уроку», 4. 3. У.  Н. Т. — «знал урок нетвердо», 5. Н. 3. — «не подал задачи», 6. X. 3. — «худа задача», 7. Б. Б. — «болен», 8. X. — «не был в школе», 9. В. И. С. — все исполнил с избытком», 10. Ш. — «шабаш». Наказания (приватные и публичные) полагались за неусердие на уроках, а также провинности в поведении и варьировались по тяжести проступка, от простых выговоров и предупреждений («угроз») до битья «по рукам ферулею» (линейкой) и порки «лозами по спине». Но, не в пример другим авторам гимназических инструкций из Петербургской Академии — Г.-Ф. Миллеру, Г. Н. Теплову, И.-Э. Фишеру, И.-Д. Шумахеру, — Ломоносов не ограничился одними только наказаниями. Он предусмотрел целый ряд разнообразных поощрительных мер — устные похвалы, награждение книгами и инструментами, серебряными медалями. Была предусмотрена и такая, например, характерная форма поощрения отличившихся и одновременно наказания провинившихся учеников: «...чтоб им те кланялись в школе, которые то должны делать вместо штрафа».

Было и еще одно важное отличие ломоносовского московского проекта от регламентов и инструкций, принимавшихся в Петербурге. Оно содержалось в § 3: «В обоих гимназиях на жалованье в комплете не должно быть иностранных больше пятой доли...» Эта оговорка была очень важна, ибо Ломоносов по своему опыту знал, как обстояли дела в гимназии при Академическом университете в Петербурге: там на протяжении первых двадцати лет число детей иностранцев постоянно составляло почти половину от общего числа («комплета») учащихся, а, скажем, в 1737-м, 1738-м, 1739-м, 1743 годах в Академическую гимназию вообще принимались только иностранцы.

Ломоносов действительно составил «целый полный план», в котором подробнейшим образом было даже расписано, как тратить положенные на каждого казеннокоштного ученика годовые деньги (в полтора раза больше, чем сам он получал в Славяно-греко-латинской академии):

Вот так — с размахом и одновременно в подробностях — продумал Ломоносов подготовку гимназистов, или, по его выражению, семян для университетской пашни.

В сообщении из Москвы от 1 мая «Санктпетербургские ведомости» рассказали о торжественном открытии Московского университета. Среди его профессоров были два ученика Ломоносова, которые выступили на торжестве. Антон Алексеевич Барсов (1730–1791), занявший должность профессора математики и красноречия, обратился к гимназистам с «Речью о пользе учреждения императорского Московского университета», в которой в полном соответствии с утилитарными воззрениями века Просвещения поставил перед юными слушателями вопрос: «Что может причиною нашего быть благополучия, и отчего оное как действие последовать может?» И отвечал, что только науки, а из них только «философия приобучает разум к твердому познанию истины, чтобы оный напоследок знать мог, в чем наше истинное благополучие заключается». Трудно сказать, до конца ли поняли юные слушатели глубокий смысл речи А. А. Барсова. Но со временем они (каждый, правда, на свой манер) разобрались в поставленном вопросе и ответили на него всей своей последующей жизнью. Ведь среди них были в тот день — одиннадцатилетний Николай Новиков, десятилетний Денис Фонвизин и его девятилетний брат Павел (в будущем тоже писатель и один из директоров Московского университета). Был там и шестнадцатилетний Григорий Потемкин. Сюда же следует добавить имя еще одного мальчика, Александра Радищева (который через несколько лет поселится в семье первого директора университета А. М. Аргамакова и начнет проходить гимназический курс на дому под руководством университетских профессоров). Это были семена, сулившие могучие всходы, бурный рост и обильный, но трудный урожай, пожинать который придется уже девятнадцатому веку.