Великий магистр управлял делами ордена при содействии священного капитула, состоявшего из членов, избранных по два от каждого языка. Капитул собирался в заседание после обедни, причем были носимы перед великим магистром флаг и знамя ордена. Члены капитула перед открытием заседания, целуя руку великого магистра, подавали ему кошельки, на которых было означено имя каждого члена. В кошельках этих находилось по пяти серебряных монет, называвшихся «жанетами». Подача денег великому магистру должна была означать отчуждение рыцарей от их собственности. В эти же кошельки клались записки членов капитула с их мнениями относительно дел, подлежавших обсуждению в заседании капитула.

Одним из правил, введенных при самом основании ордена, было общежитие. Живя все вместе, рыцари составляли конвент. На практике было сделано, однако, отступление от этого правила, и от рыцаря требовалось только, чтобы он или сряду пять лет, или хоть в разное время, но в общей сложности пробыл в конвенте такое же число лет. Без особого дозволения великого магистра, вне его местопребывания, города Ла-Валлетты, не мог ночевать ни один рыцарь, живший в конвенте. За общим рыцарским столом положено было отпускать на каждого рыцаря в день, по крайней мере, один фунт мяса, один графин хорошего вина и шесть хлебов. В постные дни мясо заменялось таким же количеством рыбы и яйцами.

Кроме обетов человеколюбия, рыцари давали обет искоренять «магометанское исчадие». Они должны были обучаться военному искусству и совершить, по крайней мере, пять так называвшихся «караванов». Под словом «караван» подразумевалось плавание на галерах ордена с 1 июля по 1 января или с 1 января по 1 июля, так что в общей сложности каждый кандидат в рыцари должен был проплавать в море по крайней мере два с половиною года. Пребывание в караванах считалось искусом. После чего новициат, удовлетворявший всем условиям, принимался в число рыцарей с соблюдением торжественных обрядов. Он приносил обет послушания, целомудрия и нищеты и давал клятву положить свою жизнь за Иисуса Христа, за знамение животворящего креста и за своих друзей, то есть за исповедовавших католическую веру. В силу обета целомудрия мальтийский рыцарь не только не мог быть женат, но даже не мог иметь в своем доме родственницы, рабы или невольницы моложе пятидесяти лет.

Желающего вступить в число рыцарей должен был представить один из имеющих рыцарское звание, и после удостоверения о благородном происхождении новициата назначался день его посвящения в число членов ордена.

Поступающий в рыцари приходил до начала обедни в церковь, в широкой, неподпоясанной одежде, что должно было означать ту полную свободу, которою он пользовался до вступления в рыцарство. Он становился на колена, а принимающий его в орден давал ему в руку зажженную свечу и спрашивал его: «Обещает ли он иметь особое попечение о вдовах, сиротах, беспомощных и о всех бедных и скорбящих?» На этот вопрос принимаемый давал утвердительный ответ по установленной форме. После того приниматель вручал ему обнаженный меч, говоря, что меч этот дается ему на защиту бедных, вдов и сирот и для поражения всех врагов святой католической церкви. Затем приниматель ударял посвящаемого своим обнаженным плечом три раза плашмя по правому плечу, говоря, что хотя такой удар и наносит бесчестие дворянину, но что удар этот должен быть для него последним. После этого посвящаемый поднимался с колен и три раза потрясал своим мечом, угрожая врагам католической церкви. По окончании этого обряда приниматель вручал посвящаемому золотые шпоры, замечая, что они служат для возбуждения горячности в конях, а потому должны напоминать ему о той горячности, с какою он обязан исполнять даваемые им теперь обеты. Что же касается собственно золотых шпор, надеваемых на ноги, которые могут быть и в пыли, и в грязи, то это знаменует презрение рыцаря к сокровищам, корысти и любостяжанию.

После обедни происходил окончательный прием новициата в число рыцарей.

По заявлении принимаемого, что он имеет твердое намерение вступить в знаменитый орден св. Иоанна Иерусалимского, приниматель спрашивал его: «Хочет ли он повиноваться тому, кто будет поставлен над ним начальником от великого магистра?» «В этом случае, – отвечал принимаемый, – я обещаюсь лишить себя всякой свободы». Затем следовал вопрос: не сочетался ли принимаемый браком с какою-нибудь женщиною? Так как безбрачие составляло существенное условие для поступления в орден, то принимаемый давал на этот вопрос отрицательный ответ. «Не состоишь ли ты порукою по какому-нибудь долгу и сам не имеешь ли долгов?» – спрашивал в заключение приниматель. И на этот вопрос требовался отрицательный ответ.

По окончании вопросов принимаемый клал правую руку на раскрытый «Служебник» и торжественно обещался до конца своей жизни оказывать безусловное послушание начальнику, который будет ему дан от ордена или великого магистра, жить без всякой собственности и блюсти целомудрие. На первый раз в знак послушания он по приказанию своего принимателя должен был отнести «Служебник» к престолу и принести его оттуда снова. Затем должен был прочитать вслух подряд 150 раз «Отче наш» или столько же раз канон Богородице.

По исполнении всего этого приниматель показывал посвящаемому вервие, бич, колье, гвоздь, столб и крест, упоминая, какое значение имели эти предметы при страданиях Христовых, и внушал, что обо всем этом он должен вспоминать сколь возможно чаще, и в заключение клал принимаемому вервие на шею, говоря, что это ярмо неволи, которое он должен носить с полною покорностью. Затем рыцари приступали к новициату, облекали его в орденское одеяние при пении псалмов, и каждый троекратно целовал его в губы, как своего нового собрата.

Императору Павлу должна была нравиться подобная рыцарская обрядность, так как он и при пожаловании им голштинского ордена св. Анны из своих рук всегда соблюдал существенный рыцарский обряд; получивший орден становился на колени перед императором, который три раза ударял его по плечу своею обнаженною шпагою.

В 1800 году появилась напечатанная в С. – Петербурге «в императорской» типографии книга под следующим заглавием: «Уложение священного воинского ордена святого Иоанна Иерусалимского, вновь сочиненное по повелению священного генерального капитула, собранного в 1776 году, под началием его преимущественного высочества великого магистра, брата Емануила де-Рогана. В Мальте 1782 года напечатанное, ныне же, по высочайшему его императорского величества Павла Петровича повелению, с языков итальянского, латинского и французского на российский переведенное». Книга эта, кроме постановлений, изданных орденским капитулом, и указов, данных великими магистрами, содержит в себе папские буллы и жалованные ордену папами грамоты. Вся эта книга проникнута беспредельною преданностию к святейшему престолу и римско-католической церкви. Преданность эта является вообще отличительной чертою книги, в особенности же в молитвах, в ней приводимых. Рыцари молились за папу, кардиналов и прелатов. Все это должно было удивлять читателя, знавшего, что главою ордена был русский император. С своей стороны, переводчики, как надобно предполагать, хотели смягчить странность таких отношений иноверного государя к папе тем, что слово «католический» заменили словом «кафолический», как будто подразумевая восточную церковь, но при такой уловке вся несообразность выступала еще ярче. Самое предисловие к подобной книге поражало странностью. Упомянув о том, что император Павел I принял сан великого магистра, трое переводчиков этой книги, состоявших в ведомстве иностранной коллегии, обращались к императору с следующими пожеланиями: «буди в обладателях царств болий, яко же Иоанн Креститель, защитник сего ордена. Крестом Предтечи побеждай, сокрушай, низлагай, поражай всех супостатов, измождай плоти их, да дух спасается и буди им страшен паче всех царей земных». Между тем в самой книге все желаемые переводчиками победы, сокрушения, низложения, поражения, измождения и устрашения относились исключительно к торжеству и благоденствию католичества, и, как на венец всех рыцарских добродетелей, указывалось в книге на готовность членов ордена положить душу за други своя, сиречь католиков, т. е. собственно католиков – последователей римской, а не какой-либо другой христианской церкви.