Здесь, на враждебной территории, иоаннитам приходилось доказывать верность испанскому престолу, невзирая на то что редкие удачи перемежались с многочисленными неудачами. Значительно больше мальтийским рыцарям везло в прежнем районе их военных экспедиций — на Пелопоннесе и окружающих его островах. В 1602 г. орден захватил здесь города Лепанто и Патры, а через девять лет — г. Коринф.

В 1615 г. Турция вновь решила нанести по Мальте мощный удар, однако операция провалилась, едва начавшись. Пяти тысячам османского войска удалось высадиться на берег, но дальше этого дело не пошло: под натиском рыцарей и солдат ордена турки вынуждены были убраться восвояси, даже не захватив никакой добычи, — благо население вовремя укрылось за стенами Ла-Валлетты. Это была одна из последних попыток Османской империи покончить с Мальтийским орденом и уж во всяком случае последняя схватка старых противников на его территории. Но опасность турецкого нападения на Мальтийский архипелаг все же висела над орденом как дамоклов меч еще долгие годы.

Определенную лепту в обострение ситуации вносила и коварная «Пресветлая Республика» Венеция, словно корабль разворачивавшая свои паруса в ту сторону, откуда дул выгодный ей ветер. Венеция, как мы помним, вообще не отличалась постоянством и на протяжении веков вступала в союзы и лиги с другими государствами для того, чтобы в удобный момент их нарушить. В данном случае, в первой четверти XVII столетия, ей было выгодно поддерживать добрые отношения с Турцией, которая, несмотря на начавшийся упадок, еще способна была наносить весьма ощутимый урон средиземноморским государствам.

Венеция, по-прежнему представлявшая собой аристократическую республику, тоже уже вступила в стадию заката, но еще сохраняла важное торговое и промышленное значение. Ее главные помыслы в тот момент были направлены на удержание территорий, которыми она все еще обладала в Восточном Средиземноморье. Для этого требовалось одно — нейтрализовать наступавшую Турцию, а для подобной цели у венецианцев имелось единственное оружие — дипломатия.

Чтобы задобрить Стамбул и уверить его в своей благожелательности, Венеция выступила с обвинениями в адрес иоаннитов в нарушении ими морского и прибрежного пространства, принадлежавшего ей. Она потребовала при этом, чтобы орден вернул Турции всю добычу и всех пленных, захваченных на галерах султана в венецианских водах. Этот демарш, однако, не помешал позднее, в 1645 г., заключению очередного соглашения между Республикой и мальтийскими рыцарями, когда возникла турецкая угроза острову Крит, принадлежавшему Венеции.

Разбой на море, которым не гнушались госпитальеры в борьбе против турок, значительно обогатил орден. Приток рабов обеспечивал его бесплатной рабочей силой. Благодаря этому орден смог позаботиться об улучшении жизненных условий подданных и о дальнейшем освоении Мальты и Гоццо. Еще в 1616 г. по приказу великого магистра Виньякура был построен акведук для подачи питьевой воды из Рабата в Ла-Валлетту, что намного облегчило одну из серьезнейших проблем города. Другим больным вопросом являлась его явная перенаселенность: если в 1565 г. на Мальте проживало 10 тыс. человек, то уже в 1632 г. их насчитывалось здесь 50 тыс., большинство из которых (кроме мальтийской знати) осело в районе Большой Гавани.

Подобная скученность, во-первых, вела к катастрофам во время эпидемий, а во-вторых, препятствовала росту сельскохозяйственного производства. Мальта все еще в большой степени зависела от импорта продуктов питания с Сицилии, однако этот факт объяснялся не только незначительным количеством на острове плодородных земель, но и неправильным или неполным их использованием крестьянами. Орден осуществил ряд мер по ирригации, что не замедлило сказаться на урожайности культур. Гоццо превратился в настоящую житницу орденского государства, причем некоторых видов продукции стало хватать не только для удовлетворения собственных потребностей, но и для экспорта. Так, Мальта начала вывозить апельсины, хлопок, тмин, табак. На острове появились новые культуры (тутовое дерево для производства шелка) и новые отрасли хозяйства (солеварение). Мероприятия иоаннитов по рассредоточению населения на обоих островах привели к созданию новых поселений, а для их защиты потребовались новые крепости и форты, остатки которых и по сей день можно увидеть на Гоццо и особенно на Мальте. Орден сделал много полезного для развития архипелага, но плодами нововведений пользовались прежде всего сами рыцари.

Вместе с накоплением богатства начали меняться и нравы внутри ордена. Дело дошло до того, что великого магистра Антуана де Поля (1623—1636) обвинили в симонии, и ему с трудом удалось оправдаться перед Урбаном VIII, который сам грешил тем же. Дополнительную смуту внесли рыцари из языка Италии, предпочевшие уютные поместья у себя дома на материке полному «благородного риска» существованию на Мальте. Они покинули Монастырь и поселились в итальянских государствах, тем более что политика, проводимая целым рядом римских понтификов, грозила им полной потерей собственности в Италии, и поэтому требовалось их личное присутствие там для защиты своих прав.

В основе папской политики лежал непотизм, т.е. раздача наиболее доходных владений родственникам папы, из которых формировалась новая знать. Менее разборчивые в средствах и более алчные, чем их аристократические предшественники, постепенно терявшие свое положение, эти нувориши скупали земли у мелких рыцарей и превращались в крупных землевладельцев, а следовательно, становились более прочной опорой власти папы. За первую треть XVII в. «святой престол» конфисковал у госпитальеров около двадцати командорств, находившихся на территории Папской области. Когда же великий магистр стал противиться этому, Урбан VIII разрубил гордиев узел одним ударом — в 1630 г. он издал статут, согласно которому Эпальтийскому инквизитору вменялось в обязанность впредь руководить выборами великого магистра, что позволяло Риму протащить на пост главы ордена свою кандидатуру.

На практике статут так и не был воплощен в жизнь, но сама эта акция римской курии показала иоаннитам, что даже на такого необъезженного и ретивого скакуна, каковым еще являлся Мальтийский орден, может быть наброшена крепкая узда. Недаром в среде иоаннитов об Урбане VIII осталось самое неблагоприятное впечатление. Считалось, что, вмешиваясь в дела ордена, он превысил свои права, а раздавая имущество ордена своим ставленникам, расстроил финансы госпитальеров.

Но как бы ни ворчали рыцари, римский папа по-прежнему являлся их верховным владыкой, и его решения были обязательны для всех католиков без исключения. Вот почему, когда в 1643 г. все тот же Урбан VIII приказал великому магистру Жану де Ласкарис-Кастелляру (1636—1657) поставить ему определенное количество рыцарей и галер для кампании против герцогства Пармы и Пьяченцы, которое он пожелал присоединить к Папской области, глава иоаннитов вынужден был удовлетворить это требование.

Исполнение приказа папы дорого стоило мальтийским рыцарям. На защиту Пармы поднялись другие итальянские государства, обладавшие действенным, хотя и не боевым оружием против госпитальеров. Иоанниты владели крупными земельными наделами, мельницами, замками и другим недвижимым имуществом на территории большинства герцогств Италии; респонсии от них поступали в казначейство ордена. Этим и воспользовались итальянские правители, конфисковав собственность госпитальеров, что сразу резко ограничило приток денег на Мальту.

Впоследствии рыцарям кое-как удалось уладить конфликт и вернуть себе утраченное в Италии. Сложнее обстояло дело в княжествах Германии, где вечно нуждавшиеся в денежных средствах курфюрсты и князья в очередной раз позарились на богатые командорства иоаннитов. Вестфальский мир, заключенный в 1648 г. и окончивший первую общеевропейскую Тридцатилетнюю войну (1618—1648), не только развязал им руки в отношении ранее секуляризированных церковных земель, но и узаконил возможное наступление на права монашеских орденов, включая орден св. Иоанна.