Тридцатилетняя война имела большое значение для дальнейших судеб Европы. Она в корне изменила соотношение сил на международной арене, что напрямую затронуло и интересы мальтийских рыцарей. В этой войне друг другу противостояли две мощные группировки государств: габсбургский блок (испанские и австрийские Габсбурги), поддержанные первоначально папой и католическими князьями Германии, и антигабсбургская коалиция, возглавлявшаяся Францией, в которую входили Швеция, Голландия, Дания, Россия, протестантские германские княжества и отчасти Англия.

Победа антигабсбургской коалиции покончила с попыткой создания всемирной «христианской империи» Габсбургов и серьезно ослабила позиции Испании и Австрии. Роль лидера в международных делах захватила окрепшая и богатая Франция.

Неудивительно поэтому, что начиная с середины XVII в. Мальтийский орден переориентировался на Париж, чему способствовал переход на профранцузские позиции и «святого престола», вовремя осознавшего, что опираться следует на сильного.

В 1653 г. госпитальеры купили у Людовика XIV, с царствованием которого связан наивысший расцвет, а затем и упадок французского абсолютизма, несколько островов в Вест-Индии: Санта-Крус, Сен-Бартелеми, Ла-Тортуга — и владения Франции на островах Сен-Мартен и Сент-Кристофер. Сделка обошлась ордену недешево — в 120 тыс. ливров, но это явно не помешало послу ордена в Париже кавалеру де Сувре тут же начать по указанию с Мальты переговоры о покупке Гваделупы и Мартиники.

Чем руководствовались рыцари, пускаясь в это предприятие? Стражами какой веры они выступали и от каких «неверных» нужно было защищать едва обитаемые острова в далекой Америке? Предприимчивое братство, хваставшее при европейских дворах своими военными подвигами в Средиземноморье, не очень-то любило распространяться о хозяйственной деятельности, принявшей большой размах.

Было ясно, что новые территориальные приобретения Мальтийского ордена в Карибском море были направлены сугубо на увеличение доходов иоаннитов, пытавшихся наладить там производство сахарного тростника и табака. «Милосердные» рыцари не гнушались при этом использовать на плантациях труд негров-рабов, нещадно эксплуатируя их. И все же роль плантаторов, видимо, не очень прельщала не привыкших к каждодневному, целенаправленному труду членов ордена. Поэтому, когда умер инициатор сделки с Людовиком XIV управляющий «заморскими владениями» ордена бальи де Пуанси, великий магистр Николае Котонер (1663—1680) поспешил отказаться от сомнительного предприятия. Все принадлежавшие ордену земли на Малых Антильских островах были перепроданы в 1665 г. французской Вест-Индской компании за 500 тыс. ливров, принеся, таким образом, ордену доход в кругленькую сумму 380 тыс. ливров. И тем не менее госпитальеры не раз сокрушались потом, что Котонер не проявил должной дальновидности: в начале XIX столетия, отмечал уже упоминавшийся ранее член ордена Луи де Буажелен, каждая из плантаций на проданных островах приносила новым владельцам доход, равный затратам Мальты на всю покупку в 1653 г.

Конечно, в то время, о котором идет речь, никому не дано было предугадать далекую перспективу, а европейские дела ордена требовали от иоаннитов большого напряжения всех сил и значительных расходов, так что, вполне вероятно, сменявшие друг друга «сюзерены Мальты» просто не хотели распылять силы и средства.

В 1645 г., несмотря на все дипломатические маневры и ухищрения Венеции, разразилась венециано-турецкая война, продолжавшаяся с незначительными перерывами почти 25 лет. Ни одно из государств Европы, поглощенных Тридцатилетней войной, не захотело вмешиваться в этот «частный» конфликт, так что Венеции поневоле пришлось обратиться к Мальтийскому ордену.

Успех венецианской миссии, прибывшей на Мальту, был делом весьма проблематичным, поскольку в Ла-Валлетте хорошо помнили двурушническую политику республики на протяжении многих десятилетий. Однако заманчивая перспектива нанести еще один удар давнему врагу — Османской империи — взяла верх, и великий магистр распорядился выделить в помощь Венеции несколько галер. С тех пор и до 1669 г., когда Венеция потерпела поражение от турок и расплатилась за него потерей Крита, госпитальеры участвовали в ее морских операциях против султана. В частности, флот рыцарей оказал большую поддержку силам Венецианской республики в 1656 г. в ходе сражения у выхода из Дарданелл в Эгейское море, когда им удалось освободить семь тысяч пленных христиан.

Вскоре Мальтийскому ордену довелось еще раз вступить в противоборство с турками. Дряхлевшая Османская империя никак не желала смириться со своим военным ослаблением и все еще тщилась доказать, что она грозная сила, которую нельзя сбрасывать со счетов. В 1683 г. турки, воспользовавшись внутренними проблемами Священной Римской империи, вторглись в Австрию и 14 июля подошли к Вене. Поначалу их действия развивались успешно, причем настолько, что императорский двор бежал из столицы, бросив ее на произвол судьбы. Решающий перелом произошел с подходом войск союзных держав под командованием польского короля Яна Собеского. 13 сентября 1683 г. состоялось сражение, участником которого был и отряд мальтийских рыцарей. В результате сражения турки были наголову разбиты, а Вена спасена.

Поражение под Веной положило конец турецкому продвижению в Европе, однако это было лишь началом конца. Еще много воды, а точнее, крови утечет, прежде чем султанская Турция шаг за шагом сдаст свои позиции. Все последнее десятилетие XVII в. Польша, Австрия и Венеция вели непрерывные войны с Османской империей за обладание Пелопоннесом. Как ни странно это звучит, но орден св. Иоанна постоянно был равноправным членом коалиции трех государств, несмотря на кажущуюся в сравнении с ними свою незначительность.

Параллельно с военными успехами госпитальеры пытаются навести порядок в собственном доме. В 1631 г. великий магистр Антуан де Поль созвал генеральный капитул — высший законодательный орган ордена. Согласно статуту, генеральные капитулы или общие собрания всех членов ордена должны были созываться регулярно каждые пять лет, однако на практике этот срок не выдерживался. Так, предыдущий генеральный капитул состоялся в 1603 г., а следующий — лишь через 145 лет, в 1776 г. В остальное время делами ведали глава ордена и его ближайшее окружение, во всем стремившиеся подражать абсолютным монархиям Европы.

Вообще к началу XVII в. на Мальте сложилась и полностью оформилась вся многоступенчатая система управления, которая продержалась почти без изменений до 1798 г. Как уже отмечалось, формально основным руководящим органом считался генеральный капитул, но, собираемый раз в десять, а затем и более лет, он скорее являлся иллюзией демократии, красивой ширмой, которую великие магистры позднее отбросили, как ненужное притворство.

Между общими собраниями на Мальте существовали четыре различных совета: обычный, полный, тайный и криминальный. Обычный и полный советы, по сути, не отличались друг от друга. Вся разница состояла в количестве членов: в одном заседал, если так можно выразиться, постоянный руководящий состав ордена, а в работе второго принимали участие еще 16 рыцарей-старейшин (по два от каждого языка). И тот и другой совет занимались такими вопросами, как прием новичков, установление пенсий, раздача должностей (кроме выборных), отчеты глав командорств и приорств и т.п.

Тайный совет являлся своего рода кабинетом министров или государственным советом при великом магистре, который направлял всю внешнюю и внутреннюю политику Мальты. Он включал в себя узкий круг лиц из высших чинов ордена и собирался в тех случаях, когда следовало быстро решить какую-либо неожиданную проблему, вставшую перед орденом.

Высшим финансовым органом ордена была палата казначейства. Она отвечала за все поступления в казну и за расходы, причем здесь у рыцарей была также выработана стройная система. Обладая немалыми поместьями почти во всех католических странах Европы, они, естественно, испытывали определенные затруднения в централизованном сборе доходов из-за большой удаленности командорств друг от друга и тем более от Мальты.