В Парижском университете Андреас провел три года, за которые его критический взгляд на галеновскую анатомию только укрепился. Когда в 1536 году воинственный император и король Испании Карл V вторгся во Францию, о продолжении научной работы в Париже пришлось забыть, и Андреас вернулся в Лувен.

Там Везалий стал инициатором первых публичных анатомических лекций, сопровождаемых вскрытием мертвого тела. По городу ползут слухи, что Везалий тайно покупает трупы висельников. Как и предполагалось, со стороны местного духовенства нарастают подозрение и неприязнь к врачу. Тем временем ученый пишет свою первую научную работу – комментарии к книге античного ученого Рази, за что получает звание бакалавра медицины. Не боясь отстаивать свою точку зрения, Везалий вступает в спор с профессурой Лувенского университета по вопросу кровопускания. Дискуссия незаметно перерастает в серьезный конфликт, что заставляет Везалия задуматься об отъезде.

Везалий выбирает город, где бы он смог продолжить анатомические опыты, не опасаясь за свою свободу и жизнь, и в 1537 году переезжает в венецианскую Падую. В Падуанском университете он удостаивается звания доктора медицины и в 23 года становится профессором кафедры хирургии и анатомии. Здесь Везалий в корне меняет методику преподавания: отныне сам лектор проводит анатомирование и демонстрирует студентам предмет изучения. Для плодотворной педагогической деятельности ему необходим учебный материал, который не содержал бы ошибок, допущенных Галеном. В 1538 году при содействии художника Стефана Калькара, своего друга и ученика Тициана, Везалий издает шесть анатомических таблиц. Они стали первым в истории иллюстрированным учебником по анатомии. Следующие четыре года Везалий посвятит работе над бессмертным трудом «О строении человеческого тела». Книга была издана в 1543 году в Базеле в типографии бывшего ученика Парацельса книгоиздателя Иоганна Опорина и представляла собой внушительного объема семитомник, снабженный п большими гравюрами и 250 иллюстрациями Калькара. Художник не захотел подходить к работе чисто технически и изобразил анатомированные тела в патетических позах на фоне прекрасных пейзажей, что в дополнение ко всему производило сильное эстетическое впечатление. Для студентов, которых мог отпугнуть грандиозный объем труда, Везалий подготовил сокращенное издание, озаглавленное «Эпитоме» («извлечение», «конспект»).

Несмотря на искреннее преклонение перед наследием Галена, Везалий подвергает сомнению анатомические постулаты античного ученого. Если великий римлянин формировал представления о строении человеческого организма во многом на основании вскрытий трупов животных, то Везалий ориентировался исключительно на собственный опыт препарирования человеческих тел, что и позволило ему выявить у Галена более 200 ошибок, на которые в трактате было указано со всей прямотой. И это фактически означало полное опровержение вековых догм в медицине.

Везалий, несомненно, ожидал, что его труд всколыхнет тихое болотце, в которое за века стагнации превратилась медицинская наука, но такого шквала упреков и ненависти в свой адрес он предвидеть не мог даже в страшном сне. Его бывший парижский наставник, профессор Сильвий, тут же выступил с обличающим памфлетом «Защита против клеветы на анатомические работы Гиппократа и Галена со стороны некоего безумца», в котором призвал императора сурово наказать «чудовище, отравляющее Европу своим дыханием». Если беспримерная злоба старого анатома могла быть объяснена его завистью к опередившему его 29-летнему ученику, то большинство светил медицины охотно встало под знамена негодующего Сильвия, потому как учение Галена изначально было для них единственно верным и не подлежащим критике. Ситуация усугублялась тем, что анатомия Галена полностью соответствовала религиозной доктрине, а Везалий, к примеру, обнаружил, что у мужчин и женщин, оказывается, имеется одинаковое число ребер и никакой таинственной косточки, из которой перед Страшным судом воскреснет тело, в организме нет и в помине. Публикация книги и резонанс, вызванный памфлетом Сильвия, мгновенно поставили Везалия в ряд еретиков и изгоев. Ученый мужественно и сдержанно отбивал очередные атаки критиков и вызывал Сильвия на научный поединок у анатомируемого трупа, но тот не изъявил встречного желания. От Везалия отвернулась даже часть учеников, еще вчера как один боготворивших своего профессора. Один из их, Реальдо Коломбо, не только фантастически быстро переменил свое мнение о профессоре, в исследованиях которого зачастую был его правой рукой, но и стал одним из активнейших его хулителей. Расчет Коломбо оказался верным – через год он возглавит кафедру анатомии и хирургии.

А как был счастлив Везалий, когда написание его книги подходило к концу! Как не терпелось ему поделиться своими открытиями с собратьями по врачебному искусству! Теперь же, сломленный и оклеветанный, он в порыве отчаяния сжигает свои рукописи и обреченно откликается на первое предложение уехать из Падуи, когда император Карл V позовет его в Брюссель. В душе Везалия еще теплится малая искорка надежды, что, находясь под защитой монарха, ему будет легче продолжить свои исследования и удастся избежать травли со стороны недоброжелателей. Так, Андреас становится четвертым в роду придворным врачом правителей Священной Римской империи.

Везалий прикладывает все усилия, чтобы жизнь при дворе не стала для него золотой клеткой. Поначалу он сгоряча решает забыть о научной работе, но вскоре его мысли вновь поглощены завершением начатого труда: он планирует дополнить и исправить свой трактат «О строении человеческого тела». В 1555 году ученому удается выпустить новое издание книги. Однако в начале 1556 года Карл V отрекается от престола в пользу своего сына Филиппа и уединяется в монастыре, где вскоре умирает. При Филиппе II наступает золотой век инквизиции: набожный король любит лично присутствовать на аутодафе. От всевидящего ока борцов с ересью нет укрытия даже в императорском дворце. «Я не мог прикоснуться рукой даже к сухому черепу, и тем менее возможности я имел производить вскрытия», – сетует в своем письме Везалий. В дни вынужденного отказа от исследований врачебный талант ученого раскрывается наиболее полно. Приглашенный к тяжело раненному на турнире королю Франции Генриху II, он, используя собственный метод диагностики, выявляет у него тяжелейшую черепно-мозго-вую травму и предрекает скорую гибель монарха. Затем спасает сына Филиппа II Карлоса, поставив точный диагноз и проведя ему неотложную операцию. Но, как бы ни было велико его признание как клинициста, Везалий не перестает мечтать о возвращении к анатомической практике. Он пытается использовать любую возможность продолжить исследования, и одна из таких попыток становится фатальной. По договоренности с близкими некоего скончавшегося от неизвестной болезни испанского дворянина Везалий проводит диагностическое вскрытие тела и обнаруживает в нем слабые признаки жизни, когда уже поздно все исправить. Ошарашенные свидетели немедленно сообщают инквизиции о том, что врач Везалий анатомировал живого пациента. Это грозит ученому неминуемой смертью на костре, но вмешательство короля, не забывшего об исцелении сына, спасло Везалия от казни. Ученого во искупление грехов обязали совершить паломничество в Иерусалим к Гробу Господню. Проездом Везалий посещает Венецию, где неожиданно получает предложение вернуться на кафедру в Падуанский университет. Окрыленный перспективой возобновить преподавание и научную работу, он отправляется в Палестину, мечтая скорее возвратиться обратно. Но в конце 1564 года по пути из святых мест у берегов Греции жестокий шторм настигает корабль с ученым и разбивает судно о скалы. Обессиленного Везалия выбрасывает на берег острова Занте (ныне это остров Закинф). Это был последний удар судьбы, от которого ученому оправиться уже не удалось. Скоропостижная болезнь уносит жизнь великого врача за пару месяцев до его 50-летия.