Таким образом, если большинство историков сходятся в наборе цветов первого русского Военно-морского флага (белый, синий, красный), то по поводу его рисунка единого мнения пока нет. Нам все же представляется, что версия Ф. Ф. Веселаго наиболее близка к истине.

Под таким трехцветным флагом из трех полос в 1688 г. Петр совершал плавания на своем ботике — «дедушке русского флота», подобный флаг развевался на потешных судах Плещеева озера в 1692 г. и на кораблях Азовского флота в 1696 г. Этот флаг, по-видимому, и стал прототипом флага с двуглавым орлом посредине, названного в 1693 г. «Флагом царя Московского».

Известно, что в первый раз он в качестве штандарта был поднят 6 августа 1693 г. самим Петром I на 12-пушечной яхте «Святой Петр» при его плавании в Белом море с отрядом военных судов, построенных в Архангельске. Об этом упоминает П. И. Белавенец в своем труде «Нужен ли нам флот и значение его в истории России».

В 1699—1700 гг. рисунок петровского штандарта был изменен: отойдя от традиционных русских цветов, Петр I решился избрать желтое прямоугольное полотнище с черным двуглавым орлом в середине. Развитие государственного кораблестроения в России и создание большого регулярного военного флота вызвали необходимость в едином флаге для всех боевых кораблей. В 1699 г. Петр I, испробовав ряд вариантов флага для военных кораблей, действовавших короткое время, ввел новый, так называемый Андреевский Военно-морской флаг переходного рисунка: лучи синего диагонального креста упирались в углы прямоугольного трехполосного полотнища бело-сине-красного цвета.

Андреевский крест, по-видимому, перешел на Военно-морской флаг как один из наиболее характерных элементов первого ордена России, учрежденного Петром I в самом конце XVII в., — ордена Св. Андрея Первозванного. По христианскому преданию, св. Андрей был распят на диагональном кресте. Выбор Андреевского креста в качестве эмблемы для флага и вымпела Петр I объяснял тем, что «от сего апостола приняла Россия святое крещение».

В 1700 г. Петр отделяет парусный флот от гребного (галерного) и делит его на три генеральные эскадры — кордебаталию (главные силы), авангард и арьергард. Одновременно были введены кормовые флаги для кораблей этих трех эскадр: соответственно белый, синий и красный с синим Андреевским крестом на белом поле в верхнем левом углу флага (у тросовой шкаторины).

С введением в 1706 г. чина адмирала кормовой флаг эскадры, поднятый на грот-стеньге (на стеньге грот-мачты), означал, что на борту находится адмирал. Если же он был поднят на фор-стеньге (на стеньге фок-мачты), то на корабле присутствовал вице-адмирал, а если на крюйс-стеньге (на стеньге бизань-мачты) — контр-адмирал (шаутбенахт). Такие флаги получили названия стеньговых флагов первого, второго и третьего адмиралов. В 1710 г. был учрежден новый рисунок кормового флага. В центре нового флага на белом поле по-прежнему располагался Андреевский крест, но его концы не доходили до краев полотнища, и создавалось впечатление, что он как бы висит в воздухе, не касаясь самого флага. Под этим флагом начал свое плавание первый линейный корабль Балтийского флота «Полтава». В 1712 г. синий крест на белом поле Андреевского флага был доведен до кромок полотнища. Такой рисунок Андреевского флага просуществовал без изменений до Октябрьского переворота.

После Октябрьского переворота вся символика бывшего Российского императорского флота была отменена.

18 ноября 1917 г. моряки, собравшись на первый Всероссийский съезд военного флота, приняли постановление: «Поднять на всех судах Всероссийского военного флота вместо Андреевского флага флаг Интернационала в знак того, что весь Российский военный флот, как один человек, встал на защиту народовластия в лице Советов рабочих, солдатских и крестьянских депутатов». Это было красное полотнище без эмблем и надписей.

14 апреля 1918 г. декретом ВЦИК был учрежден Государственный флаг РСФСР — красное прямоугольное полотнище с надписью: «Российская Советская Федеративная Социалистическая Республика». А с 20 апреля приказом № 320 по флоту и Морскому ведомству на советских кораблях ввели красный флаг с аббревиатурой РСФСР, надписанной большими белыми буквами посредине полотнища. Второй послереволюционный Военно-морской флаг был утвержден народными комиссарами по морским делам и иностранных дел РСФСР 24 мая 1918 г. и узаконен Конституцией РСФСР, принятой 10 июля 1918 г. Красное (алое) полотнище с соотношением ширины и длины 1: 2 имело в окантованном золотой каймой левом верхнем углу надпись «РСФСР», выполненную стилизованной славянской вязью золотистого цвета.

29 сентября 1920 г. советское правительство утвердило новый рисунок Военно-морского флага. На этот раз он имел две косицы, а в середине красного полотнища был изображен большой синий адмиралтейский якорь, на веретене которого располагалась красная пятиконечная звезда на белой подкладке. Внутри звезды перекрещивались синие серп и молот, а на штоке якоря была надпись «РСФСР».

24 августа 1923 г. был введен другой Военно-морской флаг. На нем в середине красного поля был белый круг с восемью белыми лучами, расходящимися во все стороны от центра к краям полотнища. В белом круге располагалась красная пятиконечная звезда с белыми перекрещивающимися серпом и молотом. А 23 ноября 1926 г. учредили особый флаг, которым награждались корабли или соединения за особые отличия. Он именовался Почетным революционным Военно-морским флагом и отличался от обычного наличием ордена Красного Знамени на белом поле в левом верхнем углу. Почетный революционный Военно-морской флаг изготовлялся из шелка и вручался кораблю в торжественной обстановке одновременно с орденом Красного Знамени и специальной грамотой ЦИК и СНК СССР. Первым такую награду в связи с десятилетием революции постановлением ЦИК СССР от 2 ноября 1927 г. получил крейсер «Аврора».

Награжденные этим флагом корабли и соединения стали именоваться краснознаменными. В феврале 1928 г. Почетным революционным Военно-морским флагом был награжден Балтийский флот.

27 мая 1935 г. постановлением ЦИК и СНК СССР были утверждены рисунки и цвета новых флагов кораблей военно-морского флота и должностных лиц. Почти все они сохранились до января 1992 г. Этим же постановлением был изменен рисунок Почетного революционного Военно-морского флага СССР, который стал называться Краснознаменным Военно-морским флагом СССР.

Военно-морской флаг нового образца представлял собой белое полотнище прямоугольной формы, в левой половине которого изображена красная пятиконечная звезда, а в правой — перекрещенные красные серп и молот. Вдоль нижней кромки полотнища — голубая кайма. Краснознаменный Военно-морской флаг отличается от обычного тем, что изображенная на нем звезда перекрыта изображением ордена Красного Знамена.

19 июня 1942 г. приказом народного комиссара ВМФ СССР был учрежден гвардейский Военно-морской флаг СССР — он вручался кораблю одновременно с присвоением ему за особые отличия звания гвардейского. На гвардейском флаге над голубой каймой дополнительно изображена гвардейская лента, состоящая из трех черных и двух оранжевых полос.

Ежедневно в определенное время, независимо от времени восхода солнца, все боевые корабли и вспомогательные суда ВМФ, находящиеся на стоянке (на якоре, бочке или швартовах), поднимают на кормовом флагштоке, а с заходом солнца спускают Военно-морской флаг. Вместе с флагом во время стоянки на кораблях 1-го, 2-го и 3-го рангов спускается и поднимается гюйс.

Находясь в море, на ходу, корабли несут флаг на гафеле и не спускают его ни днем, ни ночью. А что делать, если корабль выходит в море ночью, после захода солнца, когда флаг спущен? Тогда флаг поднимают на гафеле в момент перехода из положения «на якоре» в положение «на ходу». При входе в базу после захода солнца флаг спускается, как только корабль встанет на якорь (на бочку или швартовы). «В период времени от подъема до спуска флага, — записано в Корабельном уставе, — все военнослужащие при входе (сходе) на корабль (с корабля) отдают честь Военно-морскому флагу».