Мадамин-бек прилагал отчаянные усилия, чтобы сохранить боеспособность своей армии и укрепить басмаческое движение. Как председатель «Временного ферганского правительства» он проводил разные «реформы» на занятой территории. В декабре 1919 г. к нему прибыла афганская делегация. Она пыталась примирить Мадамин-бека с другими главарями басмачества, не желавшими ему подчиняться, создать между ними согласие, обещала помощь деньгами и оружием. Но тщетно. Все более обострялись отношения между кулацкой русской частью антисоветского «воинства» и мусульманской.
Наконец Монстров понял бесперспективность антисоветской позиции и «союза» с басмачами и решил тайно вступить в переговоры с Советской властью. 13 января 1920 г. через своего представителя Петра Боцана он заявил о намерении перейти на сторону Советов. Советские военные власти потребовали от него полной капитуляции.
Узнав о намерении Монстрова, Мадамин-бек в момент переговоров напал на его отряды. Монстров бежал. 17 января он явился в Джалял-Абад и сдался Советской власти, признав свою вину. Вслед за Монстровым из стана Мадамин-бека бежали и другие главари русских кулаков (Васильев, Боцан, Плотников и даже генерал Муханов). Они понесли заслуженное наказание по приговору революционного трибунала. Сдавшиеся рядовые отрядов Монстрова были амнистированы.
Ожесточенная борьба с бандами Мадамин-бека продолжалась до февраля 1920 г., когда, потерпев решительное поражение в боях со 2-й Туркестанской советской стрелковой дивизией, Мадамин-бек объявил о признании им Советской власти и в марте начал переговоры о сдаче. Реввоенсовет Ферганского фронта обещал, что его отряд в случае сдачи будет зачислен на советскую службу в качестве самостоятельной войсковой единицы, входящей в тюркскую бригаду, 6 марта об этом было заключено соответствующее письменное соглашение.
В 1920 г. вооруженная борьба с басмачами в Туркестанском крае продолжалась. Теперь на первое место среди вожаков банд в Фергане встал один из непримиримых басмачей Курширмат, не согласившийся с позицией известного уже нам вожака Мадамин-бека, прекратившего борьбу с Советской властью.
Курширмат объединил всех недовольных Мадамин-беком басмачей, объявил себя «командующим войсками ислама» и продолжал военную деятельность, получая поддержку оружием от бухарского эмира Сеид Алим-хана и английских агентов.
В мае 1920 г. Мадамин-бек вызвался склонить Курширмата к прекращению борьбы с Советской властью. Его командировали в расположение басмачей для переговоров с Курширматом. Курширмат притворился, что идет навстречу Мадамин-беку, и заманил его в ловушку. Когда отряд Мадамин-бека показался в Уч-Кургане, Курширмат напал на него и, захватив живым Мадамин-бека, передал последнего вожаку киргизских басмачей Хал-ходже, личному врагу Мадамин-бека, который и отрубил ему голову.
События показали, что перешедшие на сторону Советской власти басмачи все же оставались басмачами. Они использовали передышку для пополнения своих отрядов вооружением и боеприпасами за счет Красной Армии. Некоторые курбаши, став командирами советских частей, не подчинялись распоряжениям командования. Военные власти вынуждены были издать приказ о разоружении полков из бывших басмачей. Тогда большинство вожаков басмачей бежали со своими отрядами в степи и присоединились к Курширмату и Хал-ходже.
Советское правительство и РК П(б) принимали меры к налаживанию отношений с коренным мусульманским населением, от чего зависел и успех в борьбе с басмачами. 29 июня 1920 г. в решении «Об основных задачах РКП(б) в Туркестане» Центральный Комитет РКП(б), чтобы устранить национальное неравенство и искоренить феодально-патриархальные пережитки, предложил отобрать у русских переселенцев все земли, захваченные у киргизов, оставляя все же русским участки в размере трудового надела; изъятые земли обратить в фонд наделения киргизских обществ, артелей и отдельных лиц; обеспечить землей безземельных дехкан; ликвидировать все кулацкие организации, обезоружить кулаков и самыми решительными мерами лишить их возможности не только руководить, но и влиять на организацию местной власти и на местное строительство; выслать из Туркестана всех бывших чинов полиции, жандармерии, охранки, спекулянтов, бывших управляющих крупными российскими предприятиями, всех примазавшихся к партии, советским органам, Красной Армии и т. д.; в порядке перераспределения партийных сил откомандировать в распоряжение ЦК тех туркестанских коммунистов, которые заражены колонизаторством и национализмом; уравнять в продовольственном отношении коренное городское население с русским и принять меры к улучшению продовольственного положения и развитию местной промышленности.
В сентябре 1920 г. Чрезвычайная комиссия Туркестанской республики по борьбе с контрреволюцией издала приказ о регистрации в органах ЧК всех бывших крупных чиновников, жандармов и полицейских царской администрации, владельцев крупных фабрик, заводов и торговых предприятий и других колонизаторских элементов. Во многих советских учреждениях чекисты выявили бывших жандармов, полицейских, агентов охранки. К началу 1921 г. из пределов Туркестана было выслано более 2 тысяч представителей враждебных элементов.
Активнейшее участие туркестанские чекисты приняли и в непосредственной борьбе с басмачами. Они вели политическую работу по разложению басмачества, разведку о состоянии и местонахождении басмаческих банд, их составе и вооружении. Чекисты проникали в стан басмачей и добывали сведения, необходимые для советского военного командования, вели контрразведывательную работу по поимке и обезвреживанию басмаческих агентов. Среди таких агентов были осведомители (главным образом муллы и торговцы), сообщавшие о передвижениях советских частей, скупщики оружия и боеприпасов (в их числе нередко попадались бывшие белогвардейские офицеры, служившие в советских военных учреждениях) и другие.
Басмачи приносили огромный вред не только государству, но и непосредственно населению края. Только в 1920 г., по неполным данным, они сожгли 56 хлопкоочистительных заводов, около 153 тысяч пудов хлопка-сырца, 34,5 тысячи кип волокна, 17,5 тысячи пудов семян. В Ферганской области басмачи истребили из каждой сотни 84 лошади, 93 головы крупного рогатого скота и 90 голов мелкого скота.
В обращении к мусульманскому населению Ферганской области командующий вооруженными силами, действовавшими против басмачей, М. В. Фрунзе писал: «Братья! Два с лишним года льется кровь по всей Фергане; два с лишним года измученное население области не знает отдыха и не может спокойно трудиться; два с лишним года шайки басмачей терроризируют мирных жителей, угоняя их скот, забирая жен и сыновей, лишая последнего достояния.
В результате их грабительских «подвигов» все население стонет, поля не обработаны, ибо их нечем было пахать, отцы и матери оплакивают тысячи погибших детей, все хозяйство прежде цветущего и богатого края – на краю полного уничтожения…
С этим пора кончить. Пора каленым железом выжечь язву басмачества, пора железной метлой вымести из края всех грабителей и бандитов. Отныне с басмачеством, как явным бичом народа, будет вестись беспощадная борьба. Это – твердое решение Советской власти…
Братья дехкане, поднимайтесь на борьбу с язвой местной жизни – басмачеством… Собирайтесь в дружную братскую семью под красным знаменем Советской власти».
Немалое влияние на социально-политическую обстановку в Туркестане оказывали события в Бухаре и Хиве. Эти небольшие мусульманские государства, граничащие с русским Туркестаном и управляемые деспотичными правителями, до Октября 1917 г. находились под протекторатом России, содержавшей на их территории военные гарнизоны. После Октября русские войска ушли из Бухары и Хивы. И тогда правители этих государств, подстрекаемые английскими империалистами, повели антирусскую и антисоветскую политику.
В январе 1918 г. после ухода из Хивы русских казачьих войск родовой вождь одного из туркменских племен Магомет Курбан Сардар Джунаид (известный впоследствии под именем Джунаид-хана), занимавшийся грабительскими налетами, ввел своих бандитов в столицу ханства и захватил здесь фактическую власть. Хивинский хан Исфендиар был оставлен на престоле и покорился Джунаиду, ставшему диктатором Хивы. В конце сентября 1918 г. сын Джунаида убил Исфендиара; хивинским ханом теперь был провозглашен младший брат Исфендиара – Сеид Абдулла-хан, ставший послушной пешкой Джунаида. В стране воцарилась жестокая ханская деспотия, усугубленная кровавыми похождениями банды Джунаида. Басмачество здесь было возведено в ранг государственной власти.