Среднеазиатские антисоветские силы направили Джунаида, создавшего довольно крупные вооруженные отряды, против победившей в Туркестане Советской власти. Джунаид связался с английской агентурой, с бухарским эмиром, антисоветчиками Закаспийской области, туркестанскими басмачами, получил от них помощь оружием и в ноябре 1918 г. вторгся на советскую территорию. Он занял ряд населенных пунктов и осадил город Турткуль Амударьинского отдела. Бандиты Джунаида убивали и грабили население, а награбленное имущество вывозили в Хиву. Авантюра Джунаида провалилась; его банды были изгнаны с советской территории. Но он продолжал разбойничать. В 1919 г. Джунаид связался с уральскими белоказаками, поднявшими 14 августа антисоветский мятеж в Амударьинском отделе Туркестана. Предводителя мятежа Фильчева Джунаид признал «законной властью» в Амударьинском отделе и оказывал ему помощь в вооруженной борьбе против Советской власти.
Между тем деспотическое «правление» Джунаида вызвало недовольство хивинцев. Под влиянием революции в России в Хиве возникло младохивинское движение, направленное против ханской власти, а потом и против диктатора Джунаида. Младохивинцы и руководители некоторых хивинских племен обратились к советским властям Туркестана с просьбой помочь страдающему населению Хивы против Джунаид-хана. Эти обстоятельства, а также угроза вторжения банд Джунаида на советскую территорию, привели к тому, что в конце декабря 1919 г. советские войска вступили в Хиву с целью уничтожения банд Джунаида.
В обращении к войскам Амударьинской группы указывалось:
«Подкупленный английским золотом, снабженный англичанами оружием, Джунаид-хан, вождь одного из туркменских племен, соединился с белогвардейцами – казаками Чимбайского фронта. Тот же Джунаид, установив с помощью английского оружия свою кровавую диктатуру в Хиве, безжалостно грабит мирное население, насилует женщин, выгоняет и предает огню целые кишлаки. Население Хивы стонет под его кровавой рукой, и, будучи бессильно само справиться с ним, ждет нашей помощи.
Российская Советская власть… сочла необходимым отозваться на этот призыв мирного населения Хивы и уничтожить Джунаида, агента английской буржуазии и союзника русских белогвардейцев, на его собственной территории. Для этого… отнюдь не посягая на независимость Хивы и не вмешиваясь в дела ее внутреннего управления… мы вступаем в пределы Хивинского ханства… Для всей Хивы мы несем не меч, но мир».
Этот поход против джунаидовцев и белоказаков был совершен под командованием уполномоченного Комиссии ВЦИК по Туркестану Г. Б. Скалова и командующего войсками Н. М. Щербакова, с участием на стороне советских войск отряда туркменских конников – противников Джунаида. В январе – феврале 1920 г. советские войска разгромили банды Джунаида и белоказаков Фильчева. Власть Джунаида в Хиве была ликвидирована. Хивинский народ сверг и ханскую власть. Сеид Абдулла-хан отрекся от престола. Образовалось временное правительство, возглавляемое младохивинскими организациями. А 26 апреля 1920 г. I Всехорезмский курултай народных представителей провозгласил Хорезмскую народную Советскую республику (так стала называться Хива).
Джунаид, однако, не сдавался. Он продолжал грабить кишлаки Хорезма. Весною банда Джунаида была разгромлена. Кровавый диктатор бежал в Персию, где находился около трех лет. В конце 1923 г. он вновь возобновил свои нападения на Хорезмскую Советскую республику.
Подобный же процесс происходил и в Бухаре, где эмир Сеид Алим-хан, подстрекаемый Англией, создал антисоветский плацдарм. Сеид Алим-хан действовал в контакте с англичанами; находившаяся в Бухаре английская военная миссия снабжала его оружием и боеприпасами, и он вел войну с Советской Россией. В марте 1920 г. эмир принял на службу своего бывшего офицера Ибрагим-бека, бежавшего в свое время от смертного приговора за уголовные преступления и ставшего главарем басмачей района Локая (к юго-западу от Душанбе), и поручил ему командовать своими войсками. Так и в Бухаре басмачество было возведено в ранг государственной политики.
В августе 1920 г. население Бухары, доведенное до отчаяния деспотизмом эмира, подняло против него всеобщее восстание. Красная Армия помогла местным революционерам, и 2 сентября 1920 г Бухара была освобождена, а эмир вместе со своими сановниками бежал в горы. 5 октября 1920 г. I Всебухарский курултай народных представителей провозгласил создание Бухарской народной Советской республики.
Сеид Алим-хан не прекратил вооруженной борьбы, пытаясь восстановить свою власть. Теперь его главной опорой стало басмачество Восточной Бухары. С помощью англичан он организовал крупные банды, которые нападали на кишлаки и жестоко расправлялись с населением. Борьба с шайками Ибрагим-бека и бухарского эмира длилась несколько месяцев; 5 марта 1921 г. Сеид Алим-хан вместе с Ибрагим-беком и другими приближенными бежал в Афганистан. Вскоре они, однако, вновь начали войну против Советской власти.
Еще в 1921 г. басмаческое движение в Туркестане начало спадать. Во главе басмачей Ферганы в то время стоял уже известный нам Курширмат, получивший поддержку от низложенного бухарского эмира Сеид-Алим-хана и англичан. Действовали в этом районе также отряды киргизского курбаши Муэтдина, банда Исраила и другие. Они совершали внезапные налеты, непрерывно меняли стоянки, имели хорошую разведку. Поэтому борьба с ними была весьма трудной. Снова встал вопрос о создании воинских частей, знакомых с условиями быта и языком коренного населения.
В апреле 1921 г. на советскую сторону перешел один из вожаков басмачей, Джаны-бек, из отряда которого был сформирован территориальный конный полк. Учитывая прошлые урока измены перешедших на советскую сторону басмачей, советское военное командование действовало теперь осмотрительнее.
Летом 1921 г. мирные переговоры начал Курширмат. Вел он их уклончиво. 12 сентября Курширмату было предъявлено ультимативное требование сдать оружие. Он снова уклонился от прямого ответа. И тогда части Красной Армии начали наступление против его отрядов в Маргеланском районе. Курширмат скрылся в камышах Сырдарьи.
Так же вел себя и киргизский вожак Муэтдин. Он бесконечно вилял во время переговоров с советским военным командованием. Части Красной Армии выступили и против него. Муэтдин оказал упорное сопротивление, но, будучи не в силах выдержать боя, скрылся в горах. В ноябре 1921 г. Курширмат передал командование отрядами Муэтдину, а сам ушел в Восточную Бухару, откуда перебрался в Афганистан.
Зловещую роль в туркестанских событиях сыграл Энвер-паша, зять турецкого султана, бывший военный Министр Турции. Этот ловкий авантюрист выдавал себя за представителя турецкого национально-освободительного движения. В 1920 г. он прибыл в Москву, оттуда выехал в Баку на съезд народов Востока, где произносил псевдореволюционные речи. В конце 1920 г. Энвер-паша появился на туркестанской земле. Здесь он развернул свою деятельность как глашатай пантюркизма и панисламизма. Он вынашивал идею создания «Великого мусульманского государства» в составе Турции, Персии, Бухары, Хивы, Афганистана и советских территорий Средней Азии, был связан с афганскими реакционными кругами и английской разведкой.
Проинструктированные Энвером, деятели националистического движения Туркестанского края Джанузаков и Абдурашитов создали по его указаниям тайный антисоветский «Комитет национального объединения». Главными деятелями «Комитета» стали ташкентский муфтий Садретдин-ходжа Шарифходжаев, Тариф Каримов, Юсуп-бек Курбанов, Мухамедяр Мухамед Умаров, Рустамбек Ниязбеков и Абдулладжан Зия Мухамедов. Эта строго конспиративная организация (при вступлении в нее приносилась присяга на Коране и пистолете) строилась по принципу «троек» (каждый ее член должен был завербовать троих) и быстро распространяла свое влияние по Туркестану.
«Комитет национального объединения» был раскрыт чекистами и частично ликвидирован весною 1921 г. благодаря бдительности семнадцатилетнего сотрудника аулие-атинской (г. Аулие-Ата ныне называется Джамбул) уездно-городской чрезвычайной комиссии коммуниста Хамида Расулькариева, которого пытался завербовать руководитель местной организации «Комитета национального объединения» торговец Шукур Мухамедов. Чекист сообщил о предложении Мухамедова в ЧК и по ее указанию «согласился» вступить в организацию. В течение нескольких месяцев Хамид Расулькариев «работал» в антисоветской организации, выведывая ее замыслы.