Ровно через год по написании крепостной грамоты, в октябре 1469 года, в Псков приехали послы из Москвы от великого князя и митрополита с грамотой последнего и с послом от владыки. В грамоте своей митрополит писал, что он Шлет всему Пскову свое благословение и богомоление по челобитью владыки Ионы и вместе с князем великим приказывает псковскому духовенству и всему Пскову положить священническое управление на богомольца их архиепископа, потому что тем делом искони дано управлять святителю, и об этом сам владыка шлет к ним теперь же своего человека. Этот человек сказал Пскову от имени владыки: вас, все священство и весь Псков, детей своих, благословляю; если те святительские дела на меня положите, увидите сами, что я лучше вас поддержу духовную крепость в священстве и во всяком церковном управлении. Псков со своим священством согласился, положил на своего богомольца–архиепискоиа все церковное управление, доверил ему надзор за исполнением правил Номоканона о священниках, а свою крепостную грамоту, вынув из ларя, порвал и с этими решениями отправил посадника в Новгород к владыке и в Москву к великому князю. Не успел посол вернуться из Москвы, как Иона прислал в Псков с призывом: «Вдовые священники и диаконы ехали бы ко мне в Великий Новгород на управление». Трудно решить, подходил ли этот исключительный случай под условие договора 1348 года: от владыки судить псковичей их брату псковичу, а из Новгорода и не позывать ни дворянами, ни подвойскими, ни софьянами. По–видимому, подходил, потому что касался дела из разряда таких, в которых владыки привыкли переносить свою пастырскую власть на посредников, например на своего псковского наместника, о котором говорит договор. Однако ж сопротивления владычному зову не было: Падав рад был решить дело о вдовцах, и последние поехали в Новгород охотно. Здесь владыка начал брать с них мзду, с кого по рублю, с кого по рублю с полтиной, и без всякого испытания разрешал им петь по–прежнему, давая им на то благословенные грамоты за своею печатью, не по правилам, как сам обещался всему Пскову по Номоканону править о всяком церковном деле и о священниках вдовствующих, — прибавляет в заключение псковским летописец, сильно недовольный таким исходом шумного и хлопотливого дела.

Что особенно ясно сказалось в описанном споре псковского духовенства с владыкой — это взаимное недоверие обеих сторон и их равнодушие к праву, к точному, на нем основанному определению взаимных отношений. Потом нельзя не заметить, что псковское предприятие пало так легко от недостатка внутренних средств у местного духовенства, независимой церковной опоры, способной поддержать начатую попытку местного церковного самоуправления. Само духовенство в приводимой у летописца вечевой речи как будто невольно призналось в этом недостатке. Затеянное им дело направлено было одной стороной против неправильного вмешательства псковского мира, веча в дела духовенства, и, однако ж, единственным оплотом задуманной «духовной крепости», единственным поборником ее призван гот же мир: «А нам о себе тоя крепости удержати немочно попромежи себе», говорили священники на вече Следовательно, судьба дела предоставлена была случайностям вечевого настроения и отношений веча к Новгороду. Побуждаемое равнодушием и недеятельноегью пастырской власти владыки, духовенство попыталось само установить некоторый порядок в своих церковных делах, наиболее смущавших умы, чо этот порядок стал разлагаться, прежде чем коснулась его такой успешной осторожностью рука владыки. Скупой на подробности, объясняющие внутреннюю сторону событий, летописец однако, отметил черту, прямо указывающую на это. Едва успело духовенство выбрать из среды своей блюстителей за исполнением крепостной грамоты, как по грехам встали клеветники на одного из них, попа Андрея Козу, и он сбежал в Новгород жить к владыке.

Но предприятие вызвано было убеждением паствы в бессилии или в бездействии пастыря — мотивом, который бывал творцом великих дел, хотя не в Пскове и не в древней России. В мысли, отсюда вытекавшей, о необходимости призвать местные церковные силы к действию там, где сказывалось это бессилие, — в этой мысли надобно искать один из источников другого явления, не шумного и, по–видимому, не тревожившего владыку, но довольно заметного в деятельности псковского духовенства. В XV веке это последнее в каждом важном деле, касавшемся всей псковской Церкви, является соединенным в несколько обществ или своего рода корпорации, соборов. Митрополиты в посланиях своих обращаются к псковскому духовенству всех соборов. В моровые поветрия посадники и весь Псков, погадавши и одумавши со своими отцами духовными, со всеми соборами, ставили миром новую церковь, в которой при освящении служило литургию духовенство всех соборов. Всеми соборами духовенство являлось на псковском вече.

Ни происхождение, ни значение этих соборов не указываются с достаточной ясностью в известных памятниках псковской истории. Трудно решить, в какой мере эти церковные союзы вызваны или внушены были стремлением городского населения обособиться в местные общества по концам или улицам. Во всяком случае объяснение, только отсюда заимствованное, было бы слишком поверхностно. Притом соборы не соответствовали псковским концам ни числом и ни какими другими заметными отношениями. Каждый собор имел средоточие около одной или нескольких церквей в городе, именем которых он назывался. До 1357 года Псков имел всего один собор, Троицкий, сосредоточенный около главного городского храма Св. Троицы. В этом году образовался другой собор, при храме Св. Софии. В послании к псковскому духовенству, писанном около 1395 года, митрополит Киприан обращается еще к попам только двух соборов, Троицкого и Софийского. В первой половине XV века (с 1417 года) становится известен третий собор, Никольский, при церкви Чудотворца Николая. Во второй половине к прежним трем соборам прибавилось три новых: в 1453 году Спасский при церквах Спаса на Торгу и мученика Димитрия в Довмонтовой стене; в 1462 году пятый при трех церквах Похвалы Св. Богородицы, Покрова и Св. Духа за Довмонтовой стеной; первая из них была главной, по имени которой назывался собор; в 1471 году возник шестой собор, при церкви Входа в Иерусалим. В первой половине XVI века появился еще седьмой собор, на что указывают некоторые списки псковской летописи. Впрочем, среди этих соборов Троицкий продолжал сохранять первенство как старший по времени и важнейший по церковному значению для города и назывался «передним большим» собором; троицкий причт пользовался привилегиями, каких не имело духовенство остальных соборов. В состав соборов входило духовенство не одного только города Пскова, но и его пригородов, а также сельских приходов и монастырей. Об этом можно заключить по составу шестого собора, в который вошли 102 священника и иеромонаха, а в 1402 году причт главной соборной церкви Троицкой состоял всего из двух священников, одного диакона и одного дьяка Но еще яснее указывает на такой состав соборов одно известие псковской летописи XVI века в 1544 году произошло раздвоение в псковском духовенстве: сельские и пригородские ноны «откололись» от городских, «от всех седми соборов», и владыка дал отколовшимся особого старосту.

Новый собор открывался с ведома и согласия веча или городских властей. Местная летопись сообщает некоторые подробности об учреждении четвертого собора Несколько попов невкупных, не принадлежавших к прежним трем соборам, согласились и обратились к наместнику великого князя, к степенному и старым посадникам с челобитьем: быть бы в Пскове четвертому собору. В начале 1453 года архиепископ приехал в Псков на свой подъезд и на старины. Наместник и посадники со своей стороны били челом отцу господину владыке Евфимию: «Благослови, господине, четвертому собору быть в Пскове». И владыка благословил попов невкупных держать четвертый собор, совершать вседневную службу. Подобным же образом, по–видимому, учреждены были второй и пятый соборы, судя по кратким известиям летописи. Участия митрополита при этом незаметно. Несколько иначе учрежден был шестой собор. В 1471 году священники невкупные били челом Пскову, чтобы попечаловался, похлопотал у великого князя и митрополита о новом соборе. Посадники вместе с челобитьем от всей Псковской земли представили митрополиту грамоты, в которых священноиноки, священники и диаконы всех старых соборов просили митрополита благословить их на устроение шестого собора в Пскове, при церкви Входа в Иерусалим, приводя в объяснение просьбы, что для того собора у них набралось уже 102 служителя церковных, священноиноков и священников. Митрополит отвечал на челобитье Пскова грамотой (22 сентября 1471 года) посадникам и прочим классам псковского населения, благословляя их и соизволяя на устроение нового собора. Непосредственное отношение Пскова к митрополиту в этом деле, помимо епархиального архиерея, объясняется случайным обстоятельством: в то время не было архиепископа в Новгороде; избранный еще в конце 1470 года Феофил до декабря следующего года не мог получить посвящения от митрополита вследствие тогдашних политических событий.