26 января 1476 г. Иван III покинул Новгород и 8 февраля возвратился в Москву. В соответствии с договорами на пути назад он не требовал подарков от местного населения.
Пребывание Ивана III в Новгороде значительно увеличило его популярность среди средних и низших классов, и даже многие бояре, кажется, были под благоприятным впечатлением от его действий. Те новгородцы, представившие после отъезда Ивана III свои жалобы в суд и неудовлетворенные решением, были склонны обратиться к Ивану III. Согласно «старине», великий князь московский мог судить новгородцев лишь во время пребывания в Новгороде и не имел права принимать какие-либо жалобы, находясь в Москве. Вероятно, многие неудовлетворенные новгородцы просили его вновь прибыть в Новгород, чтобы устроить еще одну «сессию верховного суда», но Иван не изъявлял какого-либо желания предпринять еще одну поездку сразу же после первой; поэтому нетерпеливым новгородцам оставалось только представлять свои дела для рассмотрения в Москву.
В феврале 1477 г. новгородский глава Захар Овин и многие недовольные новгородцы явились в Москву, дабы найти там справедливость. Поступив таким образом, они посягнули на одну из наиболее важных основ своей собственной старины. «Того не бывало от наняла, как и земля их стала», — отмечал летописец.81 Вскоре после этого несколько других бояр, житьих людей и мелких землевладельцев также преступили древнее установление, приехав в Москву. Боярин Василий Никифоров поступил на службу к Ивану.
В марте произошел эпизод, который до сих пор остается до некоторой степени покрытым тайной. Два мелких новгородских служилых лица, Подвойский Назар и некто по имени Захария (не следует путать его с посадником Захаром Овином), который называл себя вечевым дьяком (хотя очевидно, что он был лишь мелким чиновником), прибыли в Москву и подали Ивану петицию, в которой обращались к нему как к новгородскому господарю (государю) вместо традиционной формы господин. В Никоновской летописи82 говорится, что Назар и Захария были официально посланы в Москву «архиепископом Феофилом и всем Великим Новгородом», но этого нельзя принять, учитывая низкое положение как Назара, так и Захарии в новгородской администрации. Конечно, для миссии такого порядка должны были быть выбраны более значимые люди. Скорее всего, поездка Назара и Захарии была подготовлена каким-либо московским агентом в Новгороде, возможно, по заданию Москвы.
Как и следовало ожидать, в Москве миссия Назара и Захарии была принята официальной. 24 апреля Иван III послал в Новгород посольство, состоявшее из двух московских бояр и дьяка (государственного секретаря) Василия Долматова, одного из наиболее способных помощников Ивана III. Они появились на вече и, ссылаясь на новгородское принятие Ивана III как господаря, объявили его новые условия: великий князь должен иметь полную судебную власть в Новгороде, и новгородские официальные лица не должны вмешиваться в осуществление его судебных решений; представительство великого князя в Новгороде должно быть на Ярославском Дворище, а не на Городище.83 Новгородцев это ошеломило. Архиепископ Феофил «и весь Великий Новгород» немедленно заявили, что Назар и Захария не имели поручения предлагать Ивану суверенное господство над Новгородом и открыто назвали версию московских послов о миссии Назара и Захария ложью.
Весь город был в смятении. Друзья Москвы были обвинены в предательстве Новгорода. Боярин Василий Никифоров, пошедший на службу к Ивану III, был вызван на собрание веча, приговорен к смерти и немедленно убит. Городской голова Захар Овин (первый явившийся в Москву с жалобами) был убит во дворе архиепископа. Многие новгородцы выступали за то, чтобы обратиться с просьбой о защите к Казимиру. Предложение Пскова о посредничестве было отвергнуто. Посланцы Ивана III, однако, не пост ли и после шестинедельной задержки получили разрешение вернуться в Москву с официальным ответом Новгорода Ивану II Новгород признает Ивана как господина, а не как господаря и принимает управление на основе договора 1471 г.
После получения новгородского ответа Иван III объявил, что сами новгородцы предложили ему государеву власть и теперь называют его лжецом, что показывает их неверность и клятвопреступление. 30 сентября Иван послал в Новгород свое объявление войны.84 9 октября он начал наступление. Как касимовские татарские всадники, так и тверские войска присоединились к московской армии. Когда Иван достиг Торжка, его встретили два новгородских боярина, братья Клементьевы, которые просили Иван принять их на свою службу — прямое указание на отсутствие единства и растерянность новгородцев.
Иван достиг окраин Новгорода 27 ноября. Укрепив город, новгородцы отказались сдаться. Со своей обычной осторожностью Иван не стал пытаться штурмовать его, а плотно окружил его своими войсками, надеясь, что отсутствие продовольствия вскоре слом дух защитников. Несколько раз новгородцы посылали парламентеров к Ивану III, каждый раз предлагая все большее число уступок. Иван отвергал все предложения и настаивал на признаний своей полной суверенной власти. В особенности, он требовал роспуска веча и ликвидации вечевого колокола, уничтожения поста посадника; признания той же власти великого князя в Новгороде что и в Москве. 29 декабря новгородцы приняли условия Иван III, и 13 января 1478 г. новгородские знатные люди дали клятву верности своему государю. Новгородский служилый князь Василий Гребенка Шуйский отказался от своей клятвы Новгороду и заявил о верности Ивану. После принятия клятвы новгородский вельможи попросили Ивана III огласить свои «предпочтения» народу новгородскому. Иван разрешил князю Ивану Юрьевичу Патрикееву быть выразителем его воли. От имени великого князя князь Патрикеев заявил, что вследствие полного подчинения Новгорода, великий князь сменил свой гнев на милость и готов благожелательно отнестись к новгородцам. После этого все жители Новгорода приняли клятву в каждом его конце. 18 января новгородские бояре и житьи люди попросили Ивана III принять их на свою службу.
