Для управления Новгородом Иван назначил двух наместников. Это были два князя из рода Оболенских — Иван Васильевич Стрига, известный полководец, и его брат Ярослав, — которые немедленно разместились на Ярославовом Дворище. Новгород лишился своих юго-восточных владений, и новгородцы были вынуждены сдать великому князю все сельские районы Торжокской (Новоторжской) волости; архиепископ передал десять сельских районов, принадлежавших его епархии. К тому же, население сельских районов, оставшихся новгородскими пятинами, должно было платить дань великому князю. Иван согласился, однако, что сами новгородцы могли собирать эту дань и передавать ему оговоренную часть поступлений.

Перед тем как покинуть Новгород Иван III приказал взять под стражу и отправить в Москву несколько новгородских бояр, конфисковав всю их собственность. Среди них была Марфа Борецкая и один из ее внуков. 17 февраля Иван покинул город и прибыл 5 марта в Москву. Новгородский вечевой колокол привезли в Москву и повесили на одной из колоколен.

Согласно польскому хронисту Длугощу, Иван III привез из Новгорода множество трофеев: серебра, золота, драгоценных камней, шелковой ткани, одежды и мехов. Часть этого была взята из архиепископской казны, а часть — из конфискованной собственности предателей. Триста телег было использовано для перевозки всего этого в Москву.85 В другом источнике стоимость трофеев оценивалась в 14000000 флоринов.86 Следует отметить, что большинство богатств, привезенных в Москву, предназначалось для великокняжеской казны, а не лично для Ивана III. Архиепископская казна была привезена лишь для сохранения и возвращена в Новгород в 1524 г.87

В то время как большинство новгородцев подчинились, хотя и в мрачном состоянии духа, своей судьбе, некоторые из бояр попытались найти пути избавления от московского контроля. Опасаясь теперь открытого сопротивления, они стали действовать тайно. Сам архиепископ Феофил состоял в числе заговорщиков. Все они понимали, что Новгород может быть освобожден лишь с помощью сильных союзников. Несмотря на неспособность Казимира прийти на помощь Новгороду в 1471 г., заговорщики были готовы вновь обратиться к нему. Казимир также искал союзников для борьбы с 3 Москвой и в 1479 г. вел переговоры с ханом Ахматом, правителем Золотой Орды, о совместном наступлении на Московию. Боярские предводители в Новгороде без сомнения знали об этих планах.

Боярская партия попыталась также привлечь на свою сторону братьев Ивана III. Любимый брат Ивана, князь Юрий Дмитровский, умер в 1473 г. Юрий, родившийся в 1441 г., был младше Ивана III на год. После его смерти оставалось еще три брата. Андрей Большой, князь угличский (родился в 1446 г.); Борис, князь волоцкий (родился в 1449 г.) и Андрей Меньшой (родился в 1452 г.). Андрей Большой и Борис были не согласны с политической программой Ивана III и отстаивали расширение прав для меньших князей, поэтому сочувствовали бедствиям новгородце". Едва ли есть сомнения, что они поддерживали тайную связь в Казимиром, подобно боярским предводителям в Новгороде.

Очевидно в октябре 1479 г. Иван получил от своих агентов в Новгороде донесение о созревшем там боярском заговоре. 26 октября он направился в Новгород с малым войском в 1000 человек без всякого объявления войны, чтобы не возбуждать подозрений. Он приказал своему сыну Ивану Молодому (ему было тогда двадцать два года) собрать большее количество войск и следовать за ним. Возможно, что либо князь Андрей Большой, либо князь Борис предупредили новгородцев о намерениях Ивана III. В любом случае, они не были застигнуты врасплох. Заговорщики начали теперь открытую борьбу, собрали вече и восстановили древние формы новгородского правления.88

Иван III должен был ждать, подкрепления. Даже когда Новгород был окружен его силами, новгородцы сначала отказались подчиниться. Вскоре, однако, они увидели, что дальнейшее сопротивление бесполезно, открыли городские ворота и запросили о прощении. Иван вошел в город около 15 января 1480 г., обещая простить всех, кроме главных заговорщиков. Пятьдесят из них. немедленно схватили. Под пыткой некоторые открыли имена других заговорщиков, включая архиепископа Феофила. 19 января Феофил был взят под стражу, перевезен в Москву и заточен в Чудовом монастыре. Были произведены дальнейшие аресты, и сто бояр было казнено; сотню житьих людей и купцов с семьями вывезли в Суздаль. В этот момент Иван III получил известие, что его братья Андрей Большой и Борис выступили против него, осадили некоторые московские города и разграбили княжество. Он вернулся в Москву и быстро подавил восстание; в апреле 1480 г. непокорные князья бежали в Великие Луки на бывшей новгородской территории и запросили защиты у Казимира. Он обещал вмешаться и отвел их женам для резиденции город Витебск. Со своей стороны, Иван III выслал посланника в Великие Луки, убеждая Андрея Большого и Бориса вернуться в Московию и предлагая им два города в придачу к их владениям.

Иван хотел достичь соглашения со своими взбунтовавшимися братьями как можно скорее, поскольку стало известно, что армия хана Ахмата направляется к реке Оке. В сентябре Андрей Большой и Борис вернулись в Москву и были хорошо встречены Иваном III. В это время Москва готовилась к нападению Ахмата, которое казалось неотвратимым. Однако этого не произошло, а поход Ахмата в целом провалился; 11 ноября 1480 г. хан спешно отступил к Сараю.

После того как опасность миновала, Иван III мог вновь обратить свое внимание на новгородские дела.89 В 1481 г. были схвачены еще четыре боярина. Три года спустя Ивану сообщили, что некоторые новгородцы ведут переписку с Казимиром. На основании этого донесения арестовали тридцать новгородских бояр и житьих людей. Под пытками каждый обвинял другого. Всех их приговорили к смерти, но когда привезли на эшафот для повешения, каждый попросил у другого прощения за ложные обвинения. Когда Иван III услышал это, то всем заменил казнь тюремным заключением. Приблизительно в это время были арестованы еще два знатных лица: «славная Настасья», которая угощала на пиру Ивана III в 1476 г., и боярин Иван Кузьмин, который бежал в Литву в 1478 г., но ничего не получил от Казимира и вскоре вернулся в Новгород. Собственность как Настасьи, так и Кузьмина была. конфискована.