Выйдя 14 июля из Кронштадта, флот беспрепятственно дошел до Гангута, откуда несколько судов ушли в крейсерство. Они захватили пять шведских транспортов и конвоировавший их бриг. Из Гангута Ханыков перешел к Юнгфрузунду. Между тем к шведам присоединились два английских корабля, и соединенный неприятельский флот вышел из шхер. Тогда Ханыков, не считая возможным вступить с ним в бой в открытом море и вдали от своих гаваней, уклонился от принятия сражения и, преследуемый неприятелем, удалился со всем флотом в Балтийский порт.

При этом 74-пушечный корабль «Всеволод», имевший повреждения, шел на буксире у фрегата «Поллукс». В шести милях от порта буксир лопнул, и «Всеволоду» пришлось стать на якорь. С других судов эскадры, уже вошедшей в порт, были посланы шлюпки и баркасы для буксировки «Всеволода». Тем временем английские корабли «Центавр» и "Имплакейбл атаковали «Всеволод». Командир «Всеволода» решил защищаться «до последней крайности» и посадил корабль на мель. Англичане артиллерийским огнем повредили «Всеволод», а затем взяли его на абордаж. Но снять корабль с мели не смогли и сожгли его.

Кроме того, посланные в 1807 году с деньгами и вещами для эскадры Сенявина фрегат «Спешный» и транспорт «Вильгельмина», зашедшие в Портсмут, после объявлению войны с Англией были захвачены в плен.

Яркой противоположностью этим неудачам корабельного флота стало мужество лейтенанта Невельского, командира 14-пушечного катера «Опыт». Посланный для наблюдения за английскими крейсерами, вошедшими в Финский залив, «Опыт» в пасмурную погоду 11 июня сошелся у Наргена с английским 50-пушечным фрегатом. Англичане потребовали катеру сдаться. Но, несмотря на неравенство сил, Невельский вступил в бой. Стихнувший на короткое время ветер позволил катеру на веслах удалиться от англичанина, но при вновь поднявшемся ветре фрегат быстро нагнал катер и открыл огонь. В течение четырех чесов экипаж катера храбро отбивался от своего противника и вынужден был сдаться только тогда, когда катер получил сильные повреждения в рангоуте и корпусе. Многие члены команды катера были убиты, почти все остальные, включая Невельского, ранены. Овладев катером, англичане в знак уважения храбрости русских, освободили от плена Невельского и всех его подчиненных.

К началу 1809 года положение шведов стало безнадежным. Английский флот был готов к кампании 1809 года, однако все понимали, что просвещенные мореплаватели будут захватывать купеческие корабли, грабить незащищенные города и селения на побережье, посылать же свою армию в Швецию или в Финляндию не собираются. Да и Кронштадт – не Копенгаген, соваться туда тоже не входило в расчет британского адмиралтейства.

Тем не менее, упрямый Густав IV решил продолжать войну. Причем он приказал оставить боеспособные части шведской армии в Сканйи (на юге страны ) и на границе с Норвегией, хотя особой опасности от датчан в 1809 году не предвиделось. Для непосредственной обороны Стокгольма набрали 5 тысяч человек.

На Аландах удалось собрать 6 тысяч регулярных войск и 4 тысячи ополченцев. Оборону Аландских островов поручили генералу Ф. Дебельну. Опасаясь, что русские обойдут архипелаг с юга, Дебельн эвакуировал все население южных островов в полосе 140 верст шириной, сжег и опустошил в ней все селения, кроме церквей. Дебельн собрал свои силы на Большом Аланде, преградил все пути засеками, устроил в важнейших прибрежных пунктах батареи, а на самом западном острове Эккер построил редут.

В феврале 1809 года Александр I сменил верховное командование русских войск в Финляндии. Командовать южным корпусом русских войск вместо Витгенштейна стал, Багратион. Центральный корпус вместо Д.В. Голицына возглавил генерал-лейтенант Барклай де Толли, а северный корпус вместо Тучкова 1-го – П.А. Шувалов.

План кампании на 1809 год русское командование составило тактически и стратегически грамотно. Северный корпус, базировавшийся на Удеаборг, должен был двигаться вдоль Ботнического залива и вторгнуться на территорию Швеции. Центральный корпус, базировавшийся на город Васа, должен был форсировать по льду Ботнический залив через шхеры и пролив Кваркен (современное название Норра-Кваркен) с выходом на шведское побережье. Аналогичная задача ставилась и южному корпусу, дислоцированному между городами Нюстад и Або. Корпус должен был достичь Швеции по льду через острова Аландского архипелага. Рассмотрим действия русских корпусов, начиная с северного и кончая южным.

6 (18) марта генерал Шувалов известил командующего северной группой шведских войск Гринпенберга о прекращении перемирия. Шведы ответили на это сосредоточением войск у городка Каликс в 10 верстах западнее города Торнео. Между тем, 6 марта русские войска перешли через реку Кеми и двинулись на запад вдоль побережья. Шведский авангард, находившийся в городе Торнео, не принял боя, а поспешно отступил, бросив в городе 200 больных солдат.

Войска Шувалова при тридцатиградусном морозе делали переходы по 30-35 верст в день. Подойдя к Каликсу, Шувалов предложил Гринпенбергу сдаться, но швед отказался. Тогда основные силы русских начали фронтальное наступление на Каликс, а колонна генерала Алексеева пошла в обход по льду и отрезала Гринпенбергу путь к отступлению.

Шведы прислали парламентеров с просьбой о перемирии. Шувалов на перемирие не согласился, а потребовал полной капитуляции, дав срок 4 часа.

Условия русских были приняты, и 13 марта Гринпенберг подписал акт о капитуляции. Его корпус сложил оружие и разошелся по домам под честное слово больше не воевать в эту войну. Финны ушли в Финляндию, шведы – в Швецию. Всего сдались 7 тысяч человек, из них 1600 больных. Трофеями русских стали 22 орудия и 12 знамен. Все военные склады (магазины) вплоть до города Умео должны были быть в неприкосновенности переданы русским. По словам военного историка Михайловского-Данилевского, каликская операция «разрушила последнее звено, соединявшее Финляндию со Швецией».

По плану центральный корпус Барклая де Толли должен был насчитывать 8 тысяч человек. Но большая часть сил корпуса задержалась на переходе к Васе. Барклай же, опасаясь, что скоро начнется таяние льда, приказал наступать уже прибывшим в Васу частям. В его корпусе оказались 6 батальонов пехоты и 250 казаков (всего 3200 человек) при шести пушках. 6 марта на сборном пункте был отслужен молебен и зачитан приказ, в котором Барклай, не скрывая предстоящих трудностей, выражал уверенность, что «для русских солдат невозможного не существует».

В тот же день первый батальон ушел вперед для прокладки дороги. Следом за ним с целью разведки и захвата передовых шведских постов в шестом часу вечера выступил летучий отряд Киселева (40 мушкетеров Полоцкого полка на подводах и 50 казаков). После тринадцатичасового перехода отряд Киселева подошел к острову Гросгрунду, где захватил неприятельский пикет. Шведы были также обнаружены на острове Гольме.

7 марта весь корпус Барклая перешел на остров Валс-Эрар, а 8 марта в 5 часов утра двинулся через Кваркен двумя колоннами. В правой колонне шел полковник Филисов с Полоцким полком и одной сотней на остров Гольме, в левой – граф Берг с остальными войсками на остров Гадден. В этой же колонне находился и Барклай. Артиллерия с батальоном лейб-гренадер следовала отдельно за правой колонной.

Войска шли по колено в снегу, ежеминутно обходя или перелезая через ледяные глыбы, особенно трудно было левой колонне, не имевшей даже намека на дорогу. Тяжелый марш продолжался до 6 часов вечера, когда колонны достигли Гросгрунда и Гаддена и расположились биваком на снегу. Однако пятнадцатиградусный мороз и сильный северный ветер не давали возможности отдохнуть. В 4 часа утра войска тронулись дальше. Утром колонна Филисова завязала бой с тремя ротами шведов, занимавшими остров Гольме. Обойденный с фланга неприятель отступил, оставив пленными одного офицера и 35 нижних чинов. Опасаясь за отставшую артиллерию, Филисов только на следующее утро решился продолжить движение на деревню Тефте.