Постепенное развитие эпоса привело к его циклизации. Каждому поколению богатырей: Манасу, его сыну Семетею, внуку Сейтеку — посвящены сюжетно связанные между собой поэмы. Первая часть трилогии посвящена легендарному Манасу — центральной фигуре эпопеи. В основе ее лежат реальные события из более ранней истории кыргызов — от периода военной демократии до патриархально-феодального общества. Описываемые события происходили главным образом на территории от Енисея через Алтай, Хангай до Средней Азии. Поэтому можно сказать, что первая часть эпоса охватывает почти всю многовековую дотяньшаньскую историю народа.
Надо полагать, что первоначально эпос бытовал без циклизации, но имел трагическую концовку — в финале «Великого похода» погибают в неравном бою почти все положительные герои. Вероломный Конурбай смертельно ранит Манаса. Но слушатели не хотели мириться с таким финалом. Тогда была создана вторая, часть поэмы, посвященная описанию жизни и подвигов второго поколения героев — сына Манаса Семетея и его сподвижников, которые повторяют подвиги своих отцов и добиваются победы над иноземными захватчиками.
Исторический фон поэмы «Семетей» соответствует примерно периоду джунгарского нашествия (XVI–XVIII вв.). Действие происходит в пределах Средней Азии. Любимые герои также становятся жертвой несправедливости; однако виновниками их гибели оказываются не иноземные захватчики, а внутренние враги — предатели, узурпаторы, ставшие деспотами своего народа.
Жизнь требовала продолжения борьбы с внутренними врагами. Этому и посвящена третья часть трилогии — поэма «Сейтек». Здесь завершается восстановление справедливости и свободы. Именно в этом, в высокой благородной цели — защита родины от иноземных захватчиков и избавление народа от ига деспотов — основная идея трилогии «Манас».
Первая часть трилогии — поэма «Манас» — начинается с описания страшного народного бедствия, явившегося следствием вероломного нападения китайцев во главе с Алооке-ханом на страну кыргызов. Народ разогнан по разным странам света, разорен, разграблен, терпит всяческие унижения. В такой критический момент в семье престарелого и бездетного Джакипа, сосланного из родных мест на далекий Алтай к враждебным калмыкам, рождается необыкновенный ребенок, который растет не по годам, а по дням, наливаясь сверхъестественной силой. Быстро распространившаяся весть о появлении на свет богатыря приводит в ужас и калмыков, издевавшихся над кыргызами на Алтае, и китайцев, изгнавших кыргызов с родной земли Ала-Тоо. Чтобы расправиться с будущим грозным врагом, китайцы и калмыки предпринимают неоднократные нападения, но их успешно отбивает дружина юного Манаса, сплотившего вокруг себя верных соратников («кырк чоро» — сорок дружинников). Нашествие агрессоров вынуждает кыргызские племена объединиться вокруг богатыря Манаса, которого избирают предводителем 40-племенного кыргызского народа.
Возвращение алтайских кыргызов на родину связано с многочисленными войнами, где главная роль отведена любимому герою — Манасу.
Кыргызы вновь занимают свои земли на Тянь-Шане и Алтае в результате победы над войсками Текес-хана, преграждавшего путь из Алтая к Ала-Тоо; Ахунбешим-хана, завладевшего Чуйской и Иссык-Кульской долинами; Алооке-хана, изгнавшего кыргызов из Ала-Тоо и Алая; Шоорук-хана — выходца из Афганистана. Самой тяжелой и длительной была война против китайских войск во главе с Конурбаем («Великий поход»), откуда Манас возвращается смертельно раненным.
Вся первая часть эпоса представляет собой описание малых и больших войн (походов). Конечно, в нем есть и эпизоды, повествующие и о мирной жизни.
Самым мирным, казалось бы, должен быть эпизод «Женитьба на Каныкей», однако и здесь богатырский стиль повествования строго выдержан. Манас прибывает к невесте в сопровождении своей дружины. Несоблюдение Манасом традиционного обычая при встрече с невестой вызывает с ее стороны притворную холодность, а грубость жениха заставляет ее нанести ему рану. Поведение невесты выводит Манаса из терпения. Он приказывает дружинникам напасть на город, наказать всех его жителей, в первую очередь невесту и ее родителей. Воины готовы к нападению. Но мудрец Бакай предлагает дружинникам создать лишь видимость нашествия.
Родственникам Манаса — кёзкаманам — нет дела до интересов народа. Слепая зависть толкает их на преступление: они устраивают заговор, отравляют Манаса и захватывают власть в Таласе. Только мудрая Каныкей смогла исцелить Манаса. Он восстанавливает порядок в Таласе и наказывает злоумышленников.
Строго выдержан богатырский стиль и в эпизоде «Поминки по Кокетею». Этому стилю соответствуют сцены прибытия на поминки ханов разных народов и племен со своими многочисленными войсками; поясной борьбы (куреш) между прославленными богатырями Кошоем и Джолоем, отстаивающих честь своего народа. В турнире по стрельбе в джамбу (слиток золота), требующем высокого мастерства воина, победителем вышел Манас. Состязание же Манаса с Конурбаем на пиках по существу явилось единоборством предводителей двух враждебных сторон. Огорчение побежденного Конурбая беспредельно, и он тайком готовит свое войско к разграблению кыргызов.
В завершение поминок устраивается самый интересный и популярный вид спорта — скачки. И здесь, несмотря на устраиваемые Конурбаем заслоны и препятствия, первым к финишу приходит манасовский Аккула. Не вынеся позора поражения во всех состязаниях, китайцы и калмыки во главе с Конурбаем, Джолоем и Алооке грабят кыргызов и угоняют табуны.
Эпизод «Великий поход» на китайскую столицу Бейджин по сравнению с эпизодами других походов является самым крупным по объему и самым ценным в художественном отношении. Здесь герои оказываются в различных условиях длительного похода и жестоких сражений, где испытываются их стойкость, преданность, храбрость, обнажаются положительные и отрицательные черты характера. Красочно представлена природа, ее фауна и флора; эпизод не лишен фантазии и элементов мифологии. Батальные сцены отличаются отточенностью и совершенством стиха. В центре внимания главные герои: Манас и его ближайшие помощники — Алмамбет, Сыргак, Чубак, Бакай. Должная роль отведена их боевым коням, сказочному оружию, но в конечном счете победа на стороне тех, кто обладает могучей физической силой. Противники Манаса не менее сильны, но они коварны и вероломны, порою в единоборстве берут верх. В конце концов они оказываются побежденными. Столица китайцев Бейджин покорена. По варианту С. Каралаева, кыргызы добились полной победы ценою жизни многих лучших богатырей — Алмамбета, Сыргака, Чубака, а сам Манас возвращается тяжело раненным в Талас, где вскоре умирает.
Оставшаяся вдовой с младенцем Семетеем Каныкей воздвигает мужу мавзолей. Этим заканчивается первая часть эпопеи. В ней от начала до конца строго выдержан героический стиль, который отвечает основной идее поэмы — борьбе за объединение кыргызских племен, за их независимость и свободу.
На ранних стадиях развития общества, в эпоху, когда возник эпос, войны были весьма истребительны, поэтому многие народы и племена, довольно многочисленные и сильные, со временем совершенно исчезали. И, если кыргызы на протяжении более чем двух тысяч лет сохранились как народ, несмотря на постоянные столкновения с уйгурами, китайцами, чингизхановскими полчищами, джунгарами, то это объясняется их сплоченностью, храбростью и свободолюбием. Воспевание мужества и отваги в борьбе за свободу и независимость отвечало духу народа. Именно этим можно объяснить героический пафос эпоса, его многовековое бытование, его популярность.
Смерть любимого героя, трагический конец поэмы не устраивали слушателей. Сказание должно было иметь продолжение, тем более что для этого оставался повод: главный соперник Манаса коварный зачинщик всех кровавых столкновений Конурбай спасся в «Великом походе» бегством.
Начало поэмы «Семетей» трагично. Власть узурпируется завистливыми родичами Абыке и Кёбёш, которые уничтожают все, что напоминает о Манасе, заботятся лишь о своем благополучии, грабят народ. Вызывает жалость участь оставшихся в живых героев первой части трилогии: мудрец Бакай превращен в раба, бабушка Чыйырды — мать Манаса и Каныкей, переодетые в нищих, бегут к родителям Каныкей, спасая жизнь Семетея. Детство его проходит у родного брата матери в царстве Темир-хана в неведении о родителях и родине. Детские годы Семетея менее богаты подвигами, чем детские годы Манаса, но он достаточно силен, познает искусство сражаться и побеждать. В четырнадцатилетнем возрасте будущий герой узнает о родителях и родном народе, страдающем под игом узурпаторов.
