Новая советско-германская договоренность была тут же доведена до войск, действовавших в Польше. В 8.00 29 сентября штабы Белорусского и Украинского фронтов получили распоряжение № 625 об остановке войск на достигнутых рубежах не позднее 18.00.[753] В приказе войскам Белорусского фронта № 15/оп от 30 сентября 1939 г. давалось примерное описание границы, установленной договором от 28 сентября, и указывалось, что примерно с 5 октября намечается начать отвод войск, находящихся «к. западу от установленной и указанной линии границы». Командующий фронтом приказывал «теперь же начать отвод всех обозов, транспортов и машин к востоку от границы, без ущерба для нормального питания войск». Разрешалось «вывести из районов, расположенных к западу от границы, военное имущество, орудия, пулеметы, винтовки, боеприпасы, а также танки, бронемашины, автотранспорт и горючее. Необходимо перегнать на восток от границы весь подвижной состав, для чего спешно погрузить в вагоны военное, подчеркиваю ВОЕННОЕ имущество и немедленно направить на нашу территорию». Требовалось наметить районы, рубежи и маршруты отвода войск и «организовать безотказную связь с отводимыми частями, с тем, чтобы всегда точно знать их положение».[754]

Аналогичные приказы были отданы и Военным советом Украинского фронта, на основании которых, например, штаб 15-го стрелкового корпуса в 12 часов 1 октября издал приказ № 02с с указанием новой линии советско-германской границы. Также приказывалось «немедленно приступить к эвакуации имущества в своих границах. Вывоз военного имущества произвести скрытно без шума, не создавая впечатления о массовой эвакуации, и закончить работу 3.10.39. Вывозить только военное имущество, не трогая имущества, не относящегося к военному». Всех военнопленных предписывалось немедленно эвакуировать по железной дороге с соответствующей охраной и питанием в лагерь Кривин.[755] Как указывалось в приказе 5-й армии № 007 от 30 сентября, следовало эвакуировать железнодорожный состав, грузы из железнодорожных пакгаузов, хлеб из элеваторов, помещичьи гурты скота и продовольствия, конные заводы и фермы, продукцию сахарных заводов, весь автотранспорт, все трофейное имущество (оружие, горючее, обозно-вещевое, химическое имущество и имущество связи, продовольствие и т. п.).[756]

Кроме того, начались новые переговоры военных представителей сторон. «2 октября 1939 года в 15 часов 50 минут состоялась беседа Народного Комиссара Обороны СССР Маршала Советского Союза тов. Ворошилова и Начальника Генерального штаба РККА Командарма 1 ранга тов. Шапошникова с представителями Германского военного командования в лице генерала Кестринга, полковника Ашенбреннера и подполковника Кребс, которые пришли к следующему соглашению.

§ 1. Части Красной армии, остановившиеся на линии, достигнутой к 18 часам 29 сентября 1939 года, начиная с утра 5 октября 1939 года отводятся на линию р. Игарка, Рзадовы, р. Волкушанка, д. Чарны Бруд, Щебра, Топилувка, далее на границе Восточной Пруссии до р. Писса, восточный берег р. Писса до ее устья, восточный берег р. Нарев до деревни Островы (у Остроленка), Трошин, Стыленги, Соколове, Ростки, восточный берег р. Буг до деревни Ростки до устья р. Солокия, южный берег р. Солокия до Поддубце, далее от Поддубце на Любыча-Кролевска, Сандст, Залуже, Воля Олещицка, Синява, далее восточный берег р. Сан до ее истоков, включая Ужокский перевал.

Все пункты, перечисленные настоящей статьей, остаются за частями Красной армии.

§ 2. Части Красной армии, находящиеся западнее линии, указанной в 1-м параграфе настоящего протокола, начиная с утра 5 октября 1939 года отводятся с таким расчетом, чтобы, делая каждый день переход примерно в 20 км, закончить свой отход:

а) на государственную границу северо-западнее Гродно к 8 октября вечером;

б) г. Сувалки освободить к вечеру 5 октября и 6 октября передать его представителям местного германского командования;

в) на государственную границу северо-восточнее г. Острова к вечеру 8 октября;

г) на р. Буг западнее г. Дрогичин к вечеру 9 октября;

д) на линию р. Буг от Кристинополь до Тересполь западнее Бреста к вечеру 11 октября.

§ 3. Движение войск обеих армий должно быть организованно так, чтобы имелась между передовыми частями Германской армии и хвостом колонн Красной армии дистанция в среднем до 25 км.

Обе стороны организуют свое движение с таким расчетом, что части Германской армии выходят:

а) на линию р. Буг от Кристинополь до Тересполь (западнее Бреста) — к 12 октября вечером;

б) на р. Буг западнее Дрогичин — к 10 октября вечером;

в) на государственную границу северо-восточнее г. Острова — к 9 октября вечером;

г) к г. Сувалки — 6 октября вечером;

д) на государственную границу северо-западнее Гродно — к 9 октября вечером.

§ 4. Все вопросы, могущие возникнуть при передаче Красной армией и приеме Германской армией пунктов, городов и т. п., разрешаются представителями обоих сторон на месте, для чего на каждой основной магистрали движения обеих армий Командованием выделяются специальные делегаты.

Командование Красной армии принимает необходимые меры в городах и местах, которые переходят к частям Германской армии, к их сохранности, и обращается особое внимание на то, чтобы города, местечки и важные военные оборонительные и хозяйственные сооружения (мосты, аэродромы, казармы, склады, железнодорожные узлы, вокзалы, телеграф, телефон, электростанции, подвижной железнодорожный состав и т. п.), как в них, так и по дороге к ним, были бы сохранены от порчи и уничтожения до передачи их представителям частей Германской армии.

§ 5. При отводе войск Красной армии, авиация Красной армии может летать только до линии арьергардов колонн частей Красной армии и на высоте не выше 500 метров, авиация Германской армии при движении на восток колонн Германской армии может летать только до линии авангардов колонн Германской армии и на высоте не выше 500 метров. По занятии обеими армиями линии, указанной в § 1-м настоящего протокола, авиация обеих армий не перелетает указанной линии».[757] В 20.40 2 октября в войска поступила директива наркома обороны № 083, излагавшая советско-германский протокол, продублированная соответствующими приказами Военных советов фронтов.[758]

В 23.30 2 октября командующий Белорусским фронтом Ковалев отправил в Москву следующую просьбу: «Установленная граница по р. Буг у г. Брест-Литовска крайне невыгодна для нас по следующим причинам: город Брест границей делится на две части — западный обвод фортов достается немцам; при близости границы невозможно использовать полностью богатейший казарменный фонд в г. Бресте; железнодорожный узел и сам город будут находиться в сфере пулеметного огня; переправы на р. Буг не будут прикрыты необходимой территорией. Замечательный аэродром у Малашевичи достанется немцам. Командующий фронтом просит пересмотреть границу в районе Брест-Литовска», оставив за СССР часть территории на западном берегу реки.[759] На следующий день из Москвы пришел ответ, что «граница у Бреста установлена соглашением и менять ее невозможно».[760] Но, чтобы сохранить за собой всю Брестскую крепость, советские войска запрудили Буг и взорвали перемычки крепостного рва. В итоге вода пошла по обводному каналу перед Тереспольским укреплением, и этот канал советский представитель выдал немцам за русло р. Буг, по которому и была проведена граница.[761]