Перші тривожні ознаки виявилися вже на Ташлику. Спочатку волю старого Богдана порушив київський полковник Антон Жданович, який із своїм корпусом козаків самовільно покинув шведських і трансільванських союзників і повернувся в Україну. Коли ж Юрій Хмельницький 1 серпня дав наказ виступити в новий похід проти Польщі, козаки забунтували. Вони були вже змучені тривалим стоянням на кордоні проти татар і не хотіли йти воювати на територію Польщі (тут далися взнаки і плоди нерозуміння гетьманської політики, і боротьба різних таборів усередині української панівної еліти, і типово селянське небажання воювати далі свого хутора). Юрій Хмельницький через два дні був змушений видати наказ козакам йти до Білої Церкви. Про невдоволення козаків писав тоді московський посол — агент Желябузький, котрий 20 липня — 1 серпня відвідував у таборі Юрія Хмельницького і вів з ним переговори. На переконання видатного українського історика Михайла Грушевського, Юрій Хмельницький не виявив під час військових заворушень необхідних лідерських якостей, і його авторитет підупав. Посередньо про це свідчить, наприклад, той факт, що миргородський полковник і наказний гетьман Григорій Лісницький, посланий з клейнодами (булавою та бунчуком) до Юрія Хмельницького, затримав їх у себе, прагнучи передати їх своєму приятелеві Івану Виговському. Богдан Хмельницький звелів тоді заарештувати обох порушників його волі, стратити Лісницького, а Виговського закувати в кайдани. Лише на третій день гетьман відійшов від гніву і помилував обох. Клейноди ж відбирали у Лісницького полковники, вони ж і принесли їх Юрію. Шведський посол Лілієнкрона відзначив, що старшина вже тоді була поділена на дві партії: одна підтримувала Юрія Хмельницького, а друга — Івана Виговського. Обидві партії були вороже налаштовані одна проти другої, партія Юрія навіть підбивала його батька дати наказ про страту чотирьох керівників опозиції!
Бунти в українськім війську і капітуляція союзника — трансільванського князя Дьєрдя ІІ Ракоці — були останніми краплями, які переповнили чашу життя Богдана Хмельницького. З ним стався апоплексичний удар (інсульт), відібрало мову, і так гетьман пролежав п’ять днів, а на шостий помер. Це сталося 6 серпня (27 липня) 1657 року… Юрій Хмельницький, дізнавшись про батькову смерть, розпустив військо по домівках (цим він припинив бунти) і прибув до Чигирина й Суботова 12 серпня. Його зустрічали Іван Виговський, Юрій Немирич, шведський посол Лілієнкрона та трансільванський посол Шебеші.
По смерті батька Юрій Хмельницький стояв дуже близько до затвердження його гетьманом, тим більше, що він був визнаний батьковим спадкоємцем і щодо гетьманської булави. У Чигирині було вирішено провести після похорону Богдана Хмельницького раду, на якій мали б обрати Юрія цілком повноправним правителем Гетьманщини. Павло Тетеря поспішив тоді написати листа до царя Олексія, щоб той затвердив Юрія на гетьманстві. Однак царський уряд мав свої плани щодо України. Сюди було негайно скеровано посольство на чолі з Василем Кікіним, який мав переконатися, чи дійсно Богдан Хмельницький помер, але не поспішати з підтримкою будь–якого кандидата. Царський уряд прагнув позбавити Гетьманщину самостійності, а для цього треба було, скажімо, взяти Юрія Хмельницького із батьківськими скарбами до Москви до повноліття (фактично як заручника). Такі наміри неминуче мали породити гострі конфлікти між Московією та Україною–Гетьманщиною…
2 вересня 1657 р. Богдана Хмельницького було поховано, а вже через день у його будинку відбулися переговори Юрія Хмельницького, Івана Виговського та інших старшин з царським послом, відбулася й перша старшинська рада в Чигирині. За словами мемуариста Єрлича, коли московський посол озвучив вимоги, що обмежували суверенітет України, це викликало протест, посла начебто навіть кілька разів ударили в обличчя. Спроби посла покликатися на присягу цареві Богдана Хмельницького козаки відкинули: «Вже Хмель помер, що цареві московському присягав, і присяга з ним померла».
Наступного дня, 6 вересня, на подвір’ї Богдана Хмельницького (тепер уже нового власника — Юрія Хмельницького) була проведена друга старшинська рада. Вирішили обрати гетьманом Івана Виговського до того часу, коли Юрій Хмельницький досягне повноліття. Виговський навіть мав підписуватися нестандартно («на тот час гетман»), а брати в руки булаву й бунчук він мав лише тоді, коли буде виходити у Військо. Не всі козаки сприйняли таке рішення. Один з них, чигиринський козак Іван Кравець, говорив московському послу Рагозіну 8.12.1657 р.: «…не дуже–то його (Виговського. — Ю. М.) любить наш брат — більше люблять Хмельниченка — хочуть мати його гетьманом, найбільше що три або чотири роки потерплять… та й виберуть Хмельниченка. А з ним (Виговським. — Ю. М.) заодно полковники, сотники, осавули й козаки багаті». Такі настрої підтвердили й козаки з Бужина.
Юрій Хмельницький через крах своїх надій на гетьманство почувався глибоко ображеним. Він до кінця життя не зміг пробачити цього Виговському, хоч за останнім тоді була більшість старшин. Не без вини був і сам Виговський, котрий взяв собі частину Богданових скарбів, хоч мав на них право як родич (його рідний брат Данило був одружений з Катериною — дочкою Богдана Хмельницького, сестрою Юрія). Пізніше, на початку 1658 р., Виговський їздив з кількома тисячами козаків до Гадяча, щоб викопати там скарби Богдана Хмельницького. Такі дії не поліпшили стосунків між обома претендентами на гетьманську булаву. Їхнім особистим конфліктом скористалася насамперед опозиція проти Виговського, котрій було дуже вигідно прикривати свої діяння іменем великого Богдана. У цій ситуації чи не вперше виявилися вади характеру Юрія Хмельницького, котрі повинні були б застерегти прихильників його обрання гетьманом: надмірне честолюбство та егоїзм були нещасливо поєднані з надмірними вразливістю та неврівноваженістю, недосвідченістю, підозрілістю та слабкою волею.
Юрій Хмельницький все сильніше ангажувався в політику, в інтриги проти Виговського, маючи таких «добрих» порадників, як Іван Брюховецький. Однак певний час Юрія вважали більш–менш лояльним до нового гетьмана. Принаймні, коли повстав Полтавський полк, Юрій спочатку не підтримав його. Більше того, представник Виговського — Григорій Лісницький — на зустрічі з московським послом Зюзіним наприкінці січня 1658 р. запевняв, що їхати гетьману у такий складний час до Москви ніяк не можна, замість нього доведеться їхати Лісницькому та Юрію Хмельницькому. Але останній вже передавав полтавському полковнику Мартину Пушкарю інформацію про «зраду» Виговського, а Пушкар поспішив переслати її до Москви. Про це ж доносив московському послу Байбакову 23–25.03.1658 р. і слуга Юрія Хмельницького — Семен. Потім Юрій Хмельницький писав до царя Олексія, просячи при оказії про звільнення з неволі його челяді, взятої в полон у гадяцьких маєтностях: Тимоша, Поривая та ін. Таке піклування про невільників (родичів, слуг чи звичайних козаків) неодноразово зустрічається в його документах, що позитивно свідчить про Юрія Хмельницького. Зокрема йому писав з проханням поклопотатися про своє визволення і його шурин — полковник Іван Нечай. У серпні 1658 р. Юрій запросив до Суботова київського митрополита Діонисія Балабана задля освячення нового храму і, очевидно, у зв’язку з роковинами смерті батька. Тоді ж митрополит побував і в Чигирині у гетьмана Івана Виговського. Одначе відносини між Юрієм Хмельницьким та Іваном Виговським охолоджувалися з кожним днем. У березні 1658 р. цей факт підтвердив польським дипломатам Павло Тетеря.
Це було пов’язано і з активізацією антигетьманської опозиції. До Юрія Хмельницького приєдналися такі полковники, як Василь Золотаренко, Тиміш Цицюра, Яким Сомко, Йоаникій Силич та ін. Юрій Хмельницький видав навіть свій перший універсал. І це тоді, коли гетьманом, власне, був Іван Виговський! У розпалі повстання проти законного гетьмана Юрій Хмельницький — один з лідерів опозиції — видав 17 січня 1659 р. універсал–привілей, яким підтвердив надання кількох маєтностей своїм батьком Івану Аврамовичу. Оскільки універсал було видано в Чигирині, виходить, що Хмельницький зручно скористався відсутністю в столиці Івана Виговського, який воював проти московських сил та опозиції на Лівобережній Україні. Це підтверджує і його наступний привілей, даний з Чигирина 13.05.1659 р. Свято–Михайлівському Видубицькому монастиреві на безперешкодний вилов риби у кількох маєтностях. Не випадково, коли 1659 року Виговський з ханом Мухамед–Ґіреєм ІV рушив під Конотоп, Хмельницький у складі загону козаків–опозиціонерів ударив у татарські тили.
