У міру того як слабшали позиції Виговського, Юрія Хмельницького все активніше висували на гетьманство. Врешті Виговський склав свої повноваження на раді під Германівкою на Київщині (осінь 1659 р.), а новим гетьманом було обрано Юрія Хмельницького. Одразу ж перед ним постало пекуче питання зовнішньополітичного курсу Української держави, і до того ж йому, як, власне, і всім наступникам Богдана, довелося вирішувати його в гірших умовах порівняно зі своїми попередниками. Лівобічні полковники у своїй більшості були за союз із Москвою, а правобічні — з Варшавою. Важливу роль у підтримці Юрія Хмельницького відіграв тоді полковник Петро Дорошенко. Коли Сомко розбив у середині вересня 1659 р. під Хмельником вірні Виговському полки, Дорошенко перейшов на бік Юрія і попервах став одним з керівників його зовнішньополітичного відомства. До речі, він доводився Юрію родичем ще й тому, що взяв шлюб з дочкою Павла Яненка–Хмельницького.

Заявивши спочатку про вірність королеві Речі Посполитої, Юрій Хмельницький поспішив нормалізувати відносини з російським царем, тим більше, що на нього тиснула значна група старшин, особливо з лівобережних полків та інші. Вихідні позиції, зайняті українським урядом, були такі: конфедерація Росії та України. Нові вимоги, які висувала українська сторона в т. зв. Жердевських статтях, повинні були уточнити і конкретизувати деякі пункти 1654 р. з метою збереження суверенітету України. Так, царські війська в Україні могли стояти лише в Києві, а в разі війни вони повинні були б підлягати гетьману України; царський уряд не повинен був приймати жодних листів з України без військової печатки, простіше кажучи, доносів; переговори з іноземними державами в разі, коли це стосувалося України, мали б відбуватися з обов’язковою участю представників українського уряду; мав бути збережений статус Київської митрополії, тобто вона лишалась у підпорядкованості константинопольському патріархові, тощо. Отже, у 1659 р. український уряд на чолі з Юрієм Хмельницьким правильно розумів значення і в той же час недосконалість та незавершеність договору з Росією 1654 року. Тому він прагнув поліпшити цей договір, щоб зберегти рівноправні та взаємовигідні відносини з Москвою. Однак царський уряд зовсім не збирався цього дотримуватися і тим більше розвивати його в дусі рівноправності обох партнерів. Він розглядав Україну лише як свою провінцію і прагнув поступово ліквідувати суверенітет Української держави — Гетьманщини, ослабивши її і скориставшись з цього ослаблення.

В самому дебюті нового етапу російсько–українських відносин Юрій Хмельницький та його оточення припустилися помилки, хоч певною мірою і вимушеної: переговори вирішили проводити в Переяславі. Тут зібралися козаки переважно з лівобічних полків, які притримувалися промосковської орієнтації, а до того ж поблизу стояла московська армія. На проведеній тут раді було підтверджено обрання Юрія Хмельницького гетьманом, який прибув на раду разом із генеральним обозним Тимошем Носачем, військовим суддею Іваном Кравченком, генеральним осавулом Іваном Ковалевським, полковниками Андрієм Одинцем, Іваном Лизогубом, Яковом Петренком, Петром Дорошенком, Іваном Сірком та деякими сотниками. Сюди ж прибули й війська самозваного наказного гетьмана Івана Безпалого, який ще раніше заявив про себе як про безоглядного прихильника Москви. Потім вони зважились на проведення переговорів в оточенні російських військ Олексія Трубецького, Василя Шереметєва, Григорія Ромодановського та ін. Тут було прийнято статті нового договору з Москвою, а старі пункти, привезені Дорошенком (Жердевські статті), були відкинуті московськими дипломатами. Не витримавши тиску, Юрій Хмельницький та інші представники уряду Гетьманщини погодилися з вимогами царських воєначальників–дипломатів, навіть не запротестувавши проти зачитаних на раді Трубецьким «14 статей» — фальсифікату, який був виданий за справжні статті договору 1654 року. Як зазначав свого часу відомий дослідник доби Руїни Андрій Яковлів, «гетьман і старшина покинули Переяслав із неприємним почуттям свого безсилля, поразки й ненависті до брутального побідника».

Зміст Переяславських статей 1659 р. («14 статей»), які того ж року були видрукувані в друкарні Києво–Печерської лаври, досить добре відомий. Тут зазначимо лише, що російсько–український договір 1659 р. мав чітко виражений класовий характер і відбивав насамперед волю російських феодалів та української козацької старшини. Але на відміну від договору 1654 р. в ньому зафіксовано зміну принципів російсько–українських політичних відносин: Українська держава з рівноправного партнера Росії у своєрідній конфедерації перетворювалася в автономну одиницю імперії. І хоч ця автономія була тоді ще досить широкою, однак дії Москви не полишали сумнівів у тому, що наступ на суверенітет України триватиме й далі. Пізніше Юрій Хмельницький послав до царя Олексія своїх представників — Андрія Одинця, Петра Дорошенка, Павла Єфремова, Остафія Фецкевича (Тецкевича), Максима Булигу та ін. 23 листопада 1659 р. він писав з Чигирина до боярина О. М. Трубецького з проханням посприяти їм. Але це посольство не досягло сподіваних принципових поступок на користь України від Москви. Остання надія Юрія Хмельницького згасла… Були й особисті мотиви для невдоволення: Москва лишила без уваги клопотання нового гетьмана за своїх сестер Олену і Стефаниду, які були дружинами полковників Данила Виговського та Івана Нечая. Це невдоволення дуже швидко вийде потім назовні… Літописець Самійло Величко підозрював Юрія у тому, що він почав уже тоді таємні зносини з представниками короля Яна Казимира. За його даними, на Хмельниченка мав уплинути Бузький — «казнодій» (проповідник) єпископа Діонисія Балабана, майбутнього Київського митрополита, якого король послав після Великодня 1660 р. до Чигирина. Бузький начебто «прослав перед Хмельниченком численні повабні сітки королівських ласк та обітниць і легко загнав його, молодоумного, до них. Хмельниченко дав слово відступитися зі своїм козацьким військом від російського монарха і знову прихилитися під королівську руку. Відправивши з цією відповіддю того казнодія, Хмельниченко до слушного часу ховав намір свого відступництва при собі». Але, поза сумнівом, Величко, який писав майже через 50 років після цих подій і вороже ставився до Богданового сина, перебільшив його пропольські настрої…

Реалістичнішу картину змальовує у своєму звіті Селецький — гонець посла Речі Посполитої Беневського до Юрія Хмельницького. Селецький з якимсь сотником Василем восени 1659 р. прибув до Умані, а звідти з уманським полковником Ханенком, миргородським полковником Лісницьким та іншими старшинами приїхав до Чигирина. Коли гінці хотіли зайти до господи Юрія Хмельницького, щоб вручити гетьману листи, їх оточили дейнеки, погрожуючи вбити, і тільки втручання осавула (Івана Ковалевського) врятувало їх. Цей конфлікт був явно спровокований самим Ковалевським — прихильником орієнтації на Москву. На другий день розпочалася рада, на котрій вирішувалося питання, з ким бути: з королем чи з царем. Першу точку зору обстоював полковник «Грицько» (Лісницький), а другу — генеральний осавул Іван Ковалевський. У запалі полеміки «Грицько сказав, що тобі, Ковалевський, бути на палі; багато абсурдних речей сказали один одному. Хмельницький без жодного авторитету сидів між ними, так і розійшлися з цієї ради, нічого не ухваливши через Ковалевського». Після цієї ради Селецького було покликано до гетьмана, котрому Хмельницький запропонував їхати до царя, від чого польський гонець категорично відмовився. Пізніше гетьман у своїй кімнаті мав гостру розмову з Ковалевським, яку Селецький підслухав. Виявилося, що Ковалевський схиляв гетьмана до царя, бо ляхи будуть мститися йому за справи його батька Богдана. Крім того, вони зараз не мають сили, казав той, тому краще підемо на їхню землю і «собака на нас не забреше». Мова йшла і про те, щоб запровадити в Чигирин самого Беневського, на що Ковалевський зауважив: «Мудрий, то не приїхав він сюди». Ранком наступного дня переговори Селецького з Юрієм Хмельницьким точилися наодинці протягом трьох годин, внаслідок чого гетьман присягнув на безпечний проїзд Беневському, сказавши: «…я твоєму пану, його мості пану волинському (Беневському. — Ю. М.) ще за батька був приятелем. Нехай приїде безпечно, не варується», тобто не ставить умов. Потім гетьман додав: «Альбо нехай їде, альбо не їде, жаль мені, як бачиш, що я ні в чим не орудую, але той здрайця Ковалевський; він пише, він печатає, він дейнеків бунтує, до царя посилає… я дві неділі був у москви у ярмі. Що хотіли, то зі мною чинили, не мав до кого вдатися». Потім прийшов слуга від Ковалевського, який вимагав, щоб гонець їхав до царя і там про все домовлявся. Боячись за життя гінця, гетьман відправив його з Чигирина до Суботова й обіцяв дати там прощальну аудієнцію. Але в понеділок до Суботова привезли тіло закатованого московитами Данила Виговського («очі виколоті і залиті сріблом, вуха просвердлені свердлом і сріблом залиті, пальці поперерізувані, литки ніг на шматки по жилі порізані, нечувана жорстокість»). Олена — удова Данила і сестра Юрія Хмельницького — з розпачу вдарила об труну головою так, що тяжко поранилась. Прибіг з кількома козаками і Хмельницький, а побачивши тіло, став гірко плакати. Олена «прокляла його тяжким прокляттям і, коли він хотів йти до неї до хати, кинула в нього поліном. Потім через це тіло між козаками, які побачили таке жорстоке жалування, почалися значні заворушення». Лише у вівторок гонець був відправлений до Умані, а гетьман дав йому пристава, щоб убезпечитися від «гультяйства». Компанію йому склав і Григорій Лісницький. В Умані ж його тепло зустріли місцеві козаки на чолі з Ханенком і запевнили його у приязні до короля й Речі Посполитої. Селецький насамкінець зауважив, що між правобічними та лівобічними козаками існує «велика ненависть, неприязнь і недовіра… нарікають на Цицюру, що їх підвів… взагалі велика недовіра між москвою та козаками і між (самими) козаками… велике запустіння в Україні». Як бачимо, Юрій Хмельницький вже тоді не мав значного авторитету, а керувати Гетьманщиною, провідна верства якої дотримувалася діаметрально протилежних поглядів на зовнішню політику держави, ставало неймовірно тяжко.