В то же время нет сомнения в том, что евреи играли заметную роль в руководстве Красной Армии. Вскоре после назначения Троцкого во главе РВС Республики, его первым заместителем стал Эфраим Склянский. Видные посты в руководстве Красной Армии заняли и ряд других лиц еврейской национальности (например, В.М. Альфатер стал командующим всеми Морскими силами Республики). Как свидетельствуют данные из книги А.Л. Абрамовича «В решающей войне», изданной в 1982 году в Тель-Авиве, в командном составе Красной Армии было немало лиц еврейской национальности. Составленный А.Л. Абрамовичем перечень евреев, занимавших высшие командные посты в военном аппарате страны, от членов Реввоенсовета Республики до командиров дивизий и бригад, включает около 400 фамилий. Среди руководителей РВС Республики, фронтов и командующих армиями А.Л. Абрамович упоминает Л.Д. Троцкого, Э.М. Склянского, А.П. Розенгольца, СИ. Гусева (Я.Д. Драбкина), М.М. Лашевича, Е.М. Пятницкого, И.С. Уншлихта, Д.И. Ваймана, JI.M. Глезарова, Л.Ф. Печерского, И.Е. Славина, М.Я. Лисовского, И.А. Зеленского, Г.С. Биткера, Бела Куна, Г.Я. Сокольникова, И.И. Ходоровского, B.C. Лазаревича, Н.С. Соркина, И.Э. Якира.

Одного из таких военачальников запечатлел Уткин в своей поэме о бывшем портном Мотэле Блохе:

Мэд на базаре волнуется.
И не Мэд, весь ряд:
На вокзал по улице
Прошел отряд…
Но не к этому доводы,
Главное (чтоб он сдох!) —
В отряде с могендовидом
Мотька Блох!
Идет по главной улице,
Как генерал на парад,
И Мэд на базаре волнуется,
И волнуется весь ряд.

Возможно, поэт был очевидцем того, как комиссары-евреи маршировали под знаменем с шестиконечной звездой Давида, таким образом демонстрируя свою принадлежность к еврейскому народу и древней религии своих отцов.

Подобные демонстрации могли вызывать раздражение не только среди рыночных торговцев, вчерашних друзей новоиспеченных комиссаров, но и среди родовых красноармейцев иных национальностей. Многие из них замечали, что в то время как среди военного начальства евреев было немало, их было гораздо меньше среди рядовых солдат (доля евреев среди родового состава составляла 1,9%, то есть значительно ниже не только их доли в командном составе и в 2 раза меньше по сравнению с долей евреев в населении страны – 4%).

В начале 1919 года, по словам Недавы, «Троцкому начало казаться, что диспропорция, в которой евреи представлены наверху, излишне бросается в глаза». Он направил Ленину конфиденциальное письмо, после чего на заседании политбюро 18 апреля 1919 года было заслушано «сообщение т. Троцкого о том, что латыши и евреи составляют огромный процент сотрудников ЧK b прифронтовых зонах, в исполкомах прифронтовых зон и тыла и в советских учреждениях центра». Троцкий указал, что «их процент на фронте относительно невысок, что среди красноармейцев ведется усиленная шовинистическая агитация на эту тему и что, по мнению т. Троцкого, важно произвести перемещение партийцев с целью достичь более равномерного распределения партийных работников всех национальностей между фронтом и тылом». Политбюро поручило Троцкому и председателю политотдела Реввоенсовета Смилге «подготовить и разослать от имени ЦК директивы комиссиям по распределению кадров между центральными и местными организациями и фронтом».

Вместе с тем Троцкий поддержал предложение ЦК партии сионистов-социалистов Поалей-Цион о создании в Красной Армии еврейских частей. Авторы предложения доказывали, что «еврейский красноармеец в еврейском подразделении будет лучше сражаться с белогвардейцами, – в частности, потому, что освободится от угнетающей антисемитской атмосферы, поддерживаемой бессознательной частью бойцов Красной Армии». 28 апреля 1919 года Политбюро приняло решение о создании еврейских батальонов в смешанных полках и национальных еврейских полков в смешанных бригадах.

Как подчеркивал Недава, базой для создания «еврейских военных или военизированных подразделений… могли стать отрады самообороны от погромов, существовавшие в дореволюционный период. О легализации этих отрядов и о превращении их в стационарные части шла речь на первой конференции Союза еврейских военнослужащих в октябре 1917 года… Особенно остро вопрос о создании еврейских частей обсуждался на Украине. Именно здесь они могли быть одновременно и действенной силой Красной Армии, и щитом от погромов». Недава считает, что «Троцкий был сторонником еврейских подразделений», так как «в народе господствовала мысль, что евреи уклоняются от службы… Троцкого, по-видимому, беспокоили и разговоры о том, что будто бы все поголовно комиссары Красной Армии – евреи».

Как и при решении вопроса о своем назначении на пост наркома внутренних дел, Троцкий в своих действиях по распределению евреев по различным подразделениям и руководящим постам внутри Красной Армии руководствовался стремлением предотвратить, с одной стороны, негативное отношение к своим соплеменникам, а с другой стороны, избежать нареканий в собственный адрес.

Сознавая беспомощность в военных делах, как собственную, так и своих многочисленных коллег-выходцев из среды революционеров, Троцкий с самого начала пребывания на новом посту стал инициатором всемерного привлечения профессиональных военных к руководству вооруженными силами Республики. Когда 22 апреля 1918 года Троцкий изложил перед ВЦИК свой план использования бывших офицеров и генералов в радах Красной Армии, его предложение было подвергнуто нападкам со стороны «левых коммунистов» во главе с Бухариным и меньшевиков во главе с Даном и Мартовым. Последние увидели в плане Троцкого возможность блока большевиков с контрреволюционной военщиной. «Именно так появляются Наполеоны!» – восклицал Дан на заседании ВЦИК. Мартов обвинял Троцкого в том, что тот расчищает путь для нового Корнилова. Однако Троцкий пренебрег этими обвинениями.

Уже к концу 1918 года бывшие офицеры и унтер-офицеры царской армии составляли три четверти командного состава Красной Армии. По настоянию Троцкого 7 декабря 1918 года Совнарком издал декрет «О порядке призыва на действительную военную службу всех бывших офицеров». К концу Гражданской войны в рядах Красной Армии сражалось 30 тысяч офицеров и 160 тысяч унтер-офицеров царской армии.

Потребность в профессиональном усилении командного состава Красной Армии возрастала по мере того, как со всех сторон на Советскую республику развертывалось наступление ее противников. В течение 1918 года территория, находившаяся под контролем Советского правительства, быстро сокращалась. Большая часть России находилась под контролем иностранных войск или различных антисоветских формирований. Украина, Белоруссия, Прибалтика, часть Псковской области оказались под властью немецко-австрийских оккупантов. Закавказье и значительная часть Средней Азии попали под власть национал-сепаратистских правительств. Вся Сибирь была в руках мятежных чехословаков. 6 июля Антанта объявила Владивосток международной зоной и туда высадились американские (10—12 тыс. чел.) и японские войска (70—75 тыс. чел.). Были усилены отряды интервентов в Мурманске (до 10 тыс. чел.), а 2 августа англо-американские интервенты захватили Архангельск и оттуда двигались на юг в направлении Вологды. 6 июля вспыхнули организованные с помощью Антанты мятежи в Ярославле, Рыбинске, Коврове, Муроме. В тот же день 6 июля левые эсеры восстали в Москве. Командующий Восточным фронтом левый эсер М.А. Муравьев попытался захватить Симбирск и соединиться с чехословаками.

Троцкий вспоминал: «Немецкое командование дало мне через своего военного представителя понять, что если белые будут приближаться к Москве с востока, немцы будут приближаться к Москве с запада, со стороны Орши и Пскова, чтобы не дать образоваться Восточному фронту. Мы оказывались между молотом и наковальней».