После доклада 2 сентября на заседании ВЦИК о положении на Восточном фронте Троцкий вернулся в бронепоезде в Свияжск, где принял участие в подготовке штурма Казани. Впервые после 1552 года войско московского правительства, подвергнув Казань, как и 366 лет назад, продолжительному артобстрелу, 10 сентября 1918 года захватило город, выбив из него 4 тысячи чехословаков и белых, которые при отступлении бросили два бронепоезда и 12 орудий, но захватили с собой золотой запас России.

Троцкий категорически отказался удовлетворить просьбу Ленина и дать делегации Международного Красного Креста разрешение посетить Казань. Он не хотел, чтобы делегация увидела последствия артиллерийского обстрела «буржуазного квартала» Казани. Возможно, он не желал пускать лишних свидетелей в город, где вскоре стал издаваться журнал «Красный террор» с использованием материалов об опыте искоренения контрреволюции в Казани.

Вступление Красной Армии на территорию, до этого занятую белыми, сопровождалось жестокими мерами по борьбе со сторонниками прежней власти. Жертвами репрессий нередко становились мирные жители, огульно обвиненные в пособничестве белым.

Так, запугивая донских казаков в своем приказе от 10 декабря 1918 года, Троцкий писал: «Последнее вам предупреждение, казаки! Преступление Краснова и его союзников ожесточили сердца рабочих и крестьян. Ненависть к Краснову нередко переносится на казаков вообще. Все чаще раздаются голоса рабочих и крестьян: «Нужно истребить всех казаков, тогда наступит мир и спокойствие в южной России!» Это, конечно, неверно и несправедливо. Но чем дольше будут казаки оставаться слепым орудием в руках Краснова, тем суровее будут расправляться с ними солдаты Красной Армии».

Население Дона вскоре узнало на собственном опыте, что означали эти угрозы, в ходе осуществления так называемого расказачивания. 24 января 1919 года Я.М. Свердлов, Н.Н. Крестинский и М.Ф. Владимирский подготовили циркулярное письмо ЦК, в котором говорилось: «Необходимо, учитывая опыт Гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления». Как подчеркивают В. Краснов и В. Дайнес, «авторы письма требовали «провести массовый террор… против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Предписывалось конфисковывать хлеб, переселить «пришлую бедноту» на казачьи земли, уравнять пришлых «иногородних» с казаками в земельном отношении, провести полное разоружение, расстреливая каждого у кого будет обнаружено оружие после указанного срока сдачи». Говоря о «расказачивании», Краснов и Дайнес писали: «Днем и ночью на территории Донской области, занятой частями Красной Армии, работала карательная машина, отправляя на тот свет по 40—60 человек в сутки».

Впрочем, подобные массовые репрессии обрушивались и на население территорий, обвиненное в поддержке Советской власти после вступления туда белых армий. Не менее тяжелые испытания выпадали и на долю тех, кто оказывался в зоне безвластия или под контролем «зеленых» банд или всевозможных местных правителей. Бедствия населения страны продолжались по мере продолжения братоубийственной войны.

Троцкий постарался создать впечатление, что победа под Казанью была эпохальным событием, но взятие красными войсками этого города на Волге не привело к перелому в Гражданской войне. Правда, отсутствие значительных контрреволюционных сил на Восточном фронте позволило Красной Армии развернуть наступление, но уже в ноябре 1918 года белые армии возобновили наступление на Восточном фронте более внушительными силами. Численность наступавших армий под командованием Колчака составляла 143 тысячи человек и у них было 210 орудий. Им противостояли войска красного Восточного фронта, насчитывавшие 100 тысяч человек и имевшие 334 орудия. Это примерно соответствовало численности противостоящих группировок в сражении 1905 г. под Ляояном (152 тысячи у русской армии и 130 тысяч у японской) при ином соотношении орудий (606 – у русских, 508 – у японцев). И все же, несмотря на возросшую, по сравнению с боями под Казанью, численность противоборствующих войск, следует учесть, что длина фронта под Ляояном составляла 60 километров, а Восточный фронт растянулся на 1400 километров.

В этих условиях было чрезвычайно трудно управлять действиями частей, разбросанных по широкому фронту. Зачастую отдельные части сражались самостоятельно, отрываясь от центрального руководства, а их действия приближались по стилю к партизанским. В результате того, что войска не были в состоянии прикрыть растянутый фронт, боевые действия носили маневренный характер. Отдельные части совершали переходы и рейды в глубоком тылу противника, внезапно нападая на штабы армий и также быстро покидая поле боя. О боевых условиях Гражданской войны СМ. Буденный писал: «Это была война на широких просторах с весьма условной линией фронта, бои велись за наиболее важные города, железнодорожные узлы, села; всегда существовала возможность обхода, охвата удара по флангам и тылам». Такие условия предполагали активное использование подвижных соединений и в тогдашних условиях означали применение крупных кавалерийских соединений. Во второй половине Гражданской войны белые создали крупные конные корпуса, красные – конные армии численностью в 9-17 тысяч кавалеристов. Позже Троцкий и его биографы старались, чтобы потомки запомнили его лозунг: «Пролетарий, на коня!». Однако путь Троцкого к признанию роли кавалерии был противоречивым и начался с огульного отрицания значимости конницы.

Как свидетельствовал в своих воспоминаниях С.М. Буденный, в ответ на его аргументы в пользу создания крупных соединений кавалерии, выдвинутые им на совещании, Троцкий заявил: «Товарищ Буденный… отдаете ли вы отчет в своих словах? Вы не понимаете природы кавалерии. Это же аристократический род войск, которым командовали князья, графы и бароны. И незачем нам с мужицким лаптем соваться в калашный ряд». По мнению Буденного, «скорее всего ответ Троцкого отражал мнение окружавших его военспецов, которые всячески тормозили создание советской кавалерии – одни сознательно, работая в интересах врага, другие, «добросовестно» заблуждаясь в определении роли кавалерии в гражданской войне». (Повышенная подозрительность «красных командиров», как справедливо отмечал Троцкий, нередко вызывалась самомнением людей, не обремененных знаниями военной теории.)

Однако и сам Троцкий не был свободен от постоянной подозрительности в отношении «военных специалистов». В своих мемуарах он описывал, как не раз разоблачал «измены» бывших царских офицеров. То основанием для таких обвинений служил подслушанный им случайный разговор, в котором бывший царский офицер критиковал стратегические замыслы Троцкого. То Троцкому казалось, что он попал под артобстрел, потому что бывший офицер успел позвонить по телефону во вражескую часть и сообщил им, где находится председатель Реввоенсовета республики. Описывая в своих воспоминаниях свой опыт общения с рядом бывших офицеров, Троцкий утверждал: «Измена гнездилась в штабе, в командном составе и вокруг».

Свои подозрения Троцкий не раз венчал суровыми расправами с теми, кто стал объектом его недоверия. Еще в начале своей карьеры в качестве руководителя вооруженных сил республики, Троцкий 27 мая 1918 года приказал арестовать капитана 1 ранга A.M. Щастного по обвинению в подготовке контрреволюционного переворота. Во время процесса, который происходил 20—21 июня, свидетелем обвинения выступил Троцкий. Единственным свидетельством против капитана Троцкий выдвинул реферат Щастного, который тот собирался прочесть на съезде депутатов от соединений военно-морских сил. Суд приговорил Щастного к расстрелу лишь на основании подозрений Троцкого. Волкогонов замечает, что это был «первый политический приговор в Советской России, на котором был вынесен смертный приговор».

Стремясь выкорчевать реальную или мнимую угрозу измены, Троцкий постоянно прибегал к запугиванию. Как подчеркивал Дейчер, «приказы Троцкого сверкали мрачными угрозами агентам белогвардейцев». Однако в отличие от своего биографа Троцкий считал, что «угроза высшей меры наказания – это несерьезная угроза для боевых офицеров». Поэтому Троцкий приказал подготовить списки семей белых офицеров, служивших в рядах РККА, с тем, чтобы «потенциальные предатели знали, что, если они перебегут к врагу, его жена и дети останутся за линией фронта в качестве заложников». В своем распоряжении военкомкору Межлауку, направленном из Казани, Троцкий писал: «Предлагаю обратить сугубое внимание на привлекаемый состав, ставя на командные должности только тех бывших офицеров, семьи которых находятся в пределах Советской России, и объявляя им под личную расписку, что они сами несут ответственность за судьбу своей семьи. Предреввоенсовета Троцкий».