Наряду с решением народнохозяйственных задач трофейная служба принимала активное участие в оказании помощи населению, освобожденному от фашистского порабощения, в обеспечении продовольствием, восстановлении деятельности предприятий, коммунальных и культурных учреждений, школ, транспорта и т.д. Так, в соответствии с правительственным решением советское командование выдало на восстановление здания Венской оперы, разрушенной американской авиацией, два миллиона шиллингов, а также обеспечило строительными материалами, переданными и подвезенными трофейной службой. Кроме того, трофейная служба по заданиям командования оказывала помощь партизанским отрядам и союзническим формированиям. Например, трофейное управление 3-го Украинского фронта доставляло болгарской и югославской армиям горючее и боеприпасы непосредственно на боевые позиции.

В июне 1944 г. трофейные органы получили задание очистить от трофеев и взрывоопасных предметов важнейшие железнодорожные станции и порты, входившие в армейские и фронтовые тыловые районы. К 17 августа 1944 г. было очищено 1433 железнодорожные станции и уничтожено около 8 млн. взрывоопасных снарядов, мин, авиабомб и т.п. К 1 января 1945 г. уже были полностью очищены 3574 железнодорожные станции и 12 портов⁴⁶⁶.

Несмотря на большое отвлечение сил и средств на работы в народнохозяйственных объектах, трофейная служба справилась и со своей важнейшей задачей — сбором, реализацией и отгрузкой вооружения, боевой техники и металлолома. Объем этой работы в 1944 г. значительно возрос по сравнению со всеми предыдущими периодами. Правительственный план по сбору и отгрузке металлолома выполнен по черному лому на 126 процентов, по цветному — на 220,8. Об объеме эвакуационной работы трофейной службы в 1944 г. свидетельствуют такие данные: с одним только вооружением и металлоломом было отгружено 130 344 вагона. Председатель Трофейного комитета Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов писал: «В наступательных операциях Советской Армии трофейные части обеспечивали своевременный сбор и вывоз трофейного и отечественного вооружения, боеприпасов, боевой техники, занимая свое место в боевых порядках действующих войск. Трофейные части в 1944 г. успешно выполнили возложенные на них задачи». В 1944 г. 3674 офицера, сержанта и солдата трофейной службы были награждены орденами и медалями.

Весьма характерным для третьего периода Великой Отечественной войны является повышение роли трофейной службы в решении военно-экономических задач при подготовке и в ходе операций. Так, при подготовке Венской операции, когда войскам 3-го Украинского фронта предстояло продвигаться через нефтеносный район Надьканижа (Венгрия), Военный совет фронта заранее учел не только особую важность для противника этого района с прилегающими нефтеперегонными заводами, но и значение его для последующего снабжения наших войск горючим. Трофейному управлению и управлению снабжения горючим фронта было поручено уточнить месторасположение и состояние заводов, определить направление нефтепровода к Дунаю, места его контрольных стыков и насосных станций, а также предусмотреть мероприятия по охране и своевременной организации эксплуатации нефтеносного района. Воздушная армия получила указание командования фронта не бомбить эти объекты. Нефтепромышленный район Надьканижа был освобожден советскими войсками без серьезных повреждений и в дальнейшем мог обеспечить значительную часть потребности фронта в горючем. Венгерский народ получил этот жизненно важный для экономики страны район в рабочем состоянии.

По мере продвижения советских войск в глубь фашистской Германии увеличивалось количество трофейных военно-экономических объектов — баз и складов вооружения, продовольствия и фуража, горюче-смазочных материалов, стратегического сырья, военных предприятий и пр. В приказе Верховного Главнокомандующего от 23 февраля 1945 г. среди трофеев, доставшихся нашим войскам за 40 дней наступления, указаны военные заводы, производящие танки, самолеты, вооружение и боеприпасы. Все эти трофеи необходимо было учесть и охранять, что вызвало распыление сил и средств трофейных органов.

На 1-м Украинском фронте, например, во время Висло-Одерской операции трофейные части в короткий срок настолько рассеяли весь личный состав на охрану баз, складов и других объектов, что трофейный артиллерийский склад в Валя-Виснава, имевший по периметру 14 км, охранялся лишь 36 бойцами⁴⁶⁷. Десятки и сотни мелких складов остались без охраны, не говоря уже о разбросанном трофейном народнохозяйственном имуществе. Вместе с тем возрос и объем задач по сбору и эвакуации трофейной боевой техники, вооружения, боеприпасов и другого имущества. Только за период Берлинской операции в полосах 1-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов было захвачено, по далеко не полным данным, 4510 самолетов, 1550 танков и САУ, 565 бронемашин и бронетранспортеров, 8613 орудий, 2304 миномета, 19 393 пулемета, 179 071 винтовка и автомат, 876 тракторов и тягачей, 9340 мотоциклов, 25 289 велосипедов, 8261 повозка, 363 паровоза, 22 659 вагонов, 34 000 снарядов, 360 000 винтпатронов, 34 886 фаустпатронов и т.д. Учитывая недостаток сил и средств трофейной службы, командование фронтов оказывало ей возможную помощь. Например, командующий 1-м Белорусским фронтом директивой от 20 января 1945 г. приказал выделять в каждой дивизии дополнительно к трофейным командам по одной стрелковой роте, обеспечив их транспортом и тягачами.

Одной из важных задач трофейной службы на заключительном этапе войны была забота об охране исторических и культурных ценностей (музеев, картинных галерей и прочее) на освобожденной от противника территории. В этом сказалось одно из проявлений освободительной миссии Советской Армии. Например, во время февральских боев в Восточной Пруссии были спасены от гибели музейные и архивные материалы, относящиеся к жизни и деятельности великого польского ученого-астронома Н. Коперника, впоследствии переданные польскому государству⁴⁶⁸. Широко известно о той роли, которую сыграла Советская Армия в спасении всемирно известной Дрезденской картинной галереи. Вместе с работниками трофейной службы в поисках картин активное участие принимала группа московских специалистов во главе с искусствоведом, ныне членом-корреспондентом Академии художеств СССР Н. Соколовой.

Новые задачи, возникшие перед трофейной службой в этом периоде войны, обусловили необходимость ее дальнейшего усиления. В апреле 1944 г. в Главном и фронтовых трофейных управлениях учреждаются интендантские трофейные отделы, а в трофейных отделах армий — отделения. Приказом Народного комиссариата обороны СССР от 19 января 1945 г. во фронтах и армиях была введена должность заместителя начальника тыла по трофеям, в штабах тыла организованы отделы по учету и использованию трофейного народнохозяйственного имущества, а в городах и крупных населенных пунктах учреждены помощники военных комендантов по хозяйственным вопросам. Для обеспечения вновь созданных органов необходимыми силами и средствами в феврале 1945 г. было сформировано пять центральных баз трофейного народнохозяйственного имущества, по одному рабочему батальону и одной автороте при каждой из них. На фронтах, действующих за пределами СССР, было сформировано по одному автобату фронтового подчинения, а в каждой армии — один — три рабочих батальона, трофейная база с ротой обслуживания, автомобильная рота и три — пять гуртов скота.

Однако принятые меры не дали желаемых результатов. В это время параллельно существовали как бы две трофейные службы со своими частями и учреждениями. И хотя общее количество их сил и средств резко возросло, использование их было малоэффективным. В связи с этим Трофейный комитет при ГКО был упразднен, а Главное трофейное управление приказом НКО от 28 февраля 1945 г. передано в непосредственное подчинение начальника Тыла Советской Армии. Начальникам тыла были переподчинены и трофейные органы фронтов и армий. Отделы по учету и использованию трофейного имущества при штабах тыла были расформированы, институт помощников военных комендантов по хозяйственным вопросам стал территориальным звеном трофейной службы. Несколько позже для руководства ликвидацией военно-экономического потенциала фашистской Германии был создан специальный комитет при Совете Министров СССР.