Во втором периоде войны (навигация 1943 г.) удельный вес водного транспорта в воинских перевозках в основном остался на уровне 1942 г. В связи с удалением линии фронта от основных водных путей (прежде всего от Волжского бассейна) использование речного транспорта для оперативных перевозок и медицинской эвакуации значительно снизилось, а объем снабженческих перевозок за счет более широкого использования Волги для централизованных перевозок горючего, а также ряда других бассейнов для внутриокружных снабженческих перевозок возрос. Более широкому использованию речного транспорта для снабженческих перевозок способствовало также увеличение сети перевалочных баз центра и перевалочных пунктов, обеспечивавших смешанное железнодорожно-водное сообщение. Всего в навигацию 1943 г. в портах и пристанях действовало 35 пунктов перевалки, организованных средствами Тыла Советской Армии, на которых было переработано 403 тыс. т грузов.

В оперативном тылу водные участки по-прежнему использовались лишь на фронтах северо-западного направления. Наибольший объем внутрифронтовых перевозок был выполнен на Ладожском озере. В начале 1943 г. в ходе развернувшихся наступательных операций на Северо-Кавказском фронте для воинских перевозок использовалась также р. Кубань, а на Южном фронте — р. Дон и Азовское море.

Важную роль в обеспечении воинских перевозок продолжал играть морской транспорт. Так, Каспийское пароходство осуществляло транспортировку нефтепродуктов из Баку и импортных грузов из Ирана; на Черном море в январе — феврале 1943 г. выполнялись оперативные и снабженческие перевозки, связанные с подготовкой Приморской группы войск к наступлению на краснодарском направлении, а осенью 1943 г. — с высадкой и обеспечением десантов в районах Новороссийска и Керчи; в Финском заливе в ноябре 1943 г. были выполнены большие перевозки по сосредоточению войск на ораниенбаумском плацдарме.

Учитывая важное значение водного транспорта, в 1943 г. принимались дальнейшие меры по улучшению его работы. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 мая 1943 г. на речном транспорте было введено военное положение. В целях быстрейшего восстановления движения на освобождаемых от противника речных бассейнах в конце 1942 — начале 1943 г. были созданы военно-восстановительные управления и отряды НКРФ. Однако ввиду слабой оснащенности и укомплектованности они не справлялись с подъемом затонувших судов. В связи с этим организация судоподъема на речных бассейнах была возложена на Военно-Морской Флот, которым летом 1943 г. было сформировано Управление судоподъемных и аварийно-спасательных работ на речных бассейнах (УАСР), а также соответствующие отделы и группы, подчиненные военным флотилиям. Это позволило к 1 января 1944 г. поднять 491 судно²⁹¹. К концу 1943 г. на освобожденных от противника водных бассейнах было сформировано дополнительно два управления начальников передвижения войск и несколько комендатур, что также способствовало восстановлению этих бассейнов и лучшему использованию их для воинских перевозок.

Третий период войны характеризовался завершением освобождения от немецко-фашистских оккупантов всех внутренних водных путей СССР, черноморских портов и большинства портов Балтийского моря. Однако использование их было связано с большими трудностями.

Захватчики нанесли хозяйству водного транспорта огромные разрушения, основные фарватеры были заминированы. Восстановительные же работы развертывались медленно вследствие отсутствия специальных подвижных сил и средств. Удаление фронтов от наиболее развитых и грузонапряженных водных коммуникаций постоянно увеличивалось, ограниченное наличие фронтальных водных путей в районах, где развертывались боевые действия, не благоприятствовало использованию водного транспорта для воинских перевозок. В силу этого общий объем воинских перевозок, выполненных в третий период войны водным транспортом, по сравнению с предыдущими периодами уменьшился.

Главным видом воинских перевозок в это время являлись снабженческие централизованные и внутриокружные перевозки во внутренних районах страны. В навигацию 1944 г. более половины снабженческих перевозок составило горючее, которое по Каспийскому морю и Волге доставлялось в пункты перегрузки его на железную дорогу. В оперативном тылу водный транспорт использовался лишь в некоторых операциях: в Белорусской — реки Припять и Березина, в Свирско-Петрозаводской — р. Свирь и Ладожское озеро. Частично для подвоза войскам 3-го Украинского фронта и оказания помощи Народно-освободительной армии Югославии использовался также Нижний Дунай. Систематические перевозки по этой реке развернулись в конце 1944 г. Для руководства воинскими перевозками по Дунаю в октябре 1944 г. было сформировано Управление начальника передвижения войск в Дунайском бассейне, реорганизованное в апреле 1945 г. в Дунайское военно-транспортное управление (ДВТУ) Центрального управления военных сообщений и Наркомата морского флота.

Морской транспорт как средство подвоза на фронтах в третий период войны использовался также ограниченно — в основном из-за наличия минной угрозы. Из оперативных перевозок, выполненных морским транспортом в 1944 г., можно отметить завершение в январе сосредоточения войск 2-й ударной армии на ораниенбаумском плацдарме при подготовке наступательной операции под Ленинградом. На этот плацдарм, в тяжелых ледовых условиях, под артиллерийским обстрелом противника, силами Балтийского флота было доставлено морем из Ленинграда и Лисьего Носа 17,2 тыс. человек, 105 танков, 552 автомашины и много другой техники. Для Отдельной Приморской армии, действовавшей на керченском плацдарме, Черноморский флот и Азовская военная флотилия с января по апрель 1944 г. доставили через Керченский пролив около 300 тыс. т воинских грузов.

Во время Петсамо-Киркенесской операции морской транспорт подал для 14-й армии 10,5 тыс. т материальных средств.

Более значительные воинские перевозки осуществили Черноморский военно-морской флот и Черноморское пароходство в конце 1944 г. В период освобождения Правобережной Украины, Румынии и Болгарии по Черному морю были перевезены некоторые тыловые части и учреждения 2-го и 3-го Украинских фронтов. Одновременно с этим осуществлялся подвоз материальных средств войскам этих фронтов с последующей перевалкой на железную дорогу, а также эвакуация раненых и больных, военнопленных и различного имущества. Всего в порты Констанца и Варна было перевезено судами Черноморского пароходства 224,1 тыс. т снабженческих воинских грузов, в том числе в навигацию 1944 г. — 79,7 тыс. т.

В ходе завершающей кампании 1945 г. в Европе на территориях Польши и Германии Советской Армией были освобождены значительные водные пути в бассейнах рек Висла и Одер (Одра), захвачено большое количество различных судов. Для организации восстановления и использования этих путей по решению ГКО было сформировано Управление водных путей сообщения ЦУПВОСО Советской Армии и Наркомата речного флота на водных путях Польши и Восточной Германии. В состав управления входили территориальные отделы, комендатуры и восстановительные отряды, которые приступили к восстановительным и судоподъемным работам. Однако воинские перевозки по Висле и Одеру были начаты лишь после окончания военных действий в Европе.

Таким образом, несмотря на сложные условия, нередкие перебои в работе, водный транспорт в 1941–1945 гг. справился с возложенными на него задачами и выполнил значительный объем воинских перевозок. Только по снабженческим грузам этот объем составил около 21 500 тыс. т, почти половина из них (41,8 процента) приходится на горючее и смазочные материалы.

В предвоенные годы ни у кого не вызывала сомнения огромная роль воздушного транспорта в обеспечении боевых действий войск, особенно при нарушении работы наземных коммуникаций. Однако создать специальную военно-транспортную авиацию в тот период наша страна была еще не в состоянии, поэтому для нужд Вооруженных Сил предполагалось использовать силы и средства Гражданского воздушного флота (ГВФ).