Все центральные довольствующие управления ВМФ создали по нескольку центральных складов, расположенных в глубинных районах страны. Большинство этих складов находилось вблизи основных промышленных и заготовительных районов. Они получали и хранили запасы центра, осуществляли комплектацию вооружения, боеприпасов, техники и имущества, поступавших из предприятий промышленности, занимались отгрузкой выделенных фондов материальных средств флотам и флотилиям и заготовками их из местных средств. Для оперативного руководства группами таких центральных складов, подчиненных различным управлениям, и решения некоторых других задач осенью 1941 г. были созданы специальные органы управления тылом — Управления уполномоченных Наркомата ВМФ. Помимо складов эти управления имели в своем распоряжении автотранспорт, рабочие подразделения и некоторые другие тыловые части⁵²³.

В целях улучшения работы Тыла ВМФ в мае 1942 г. Главное управление портов было переименовано в Главное управление тыла ВМФ. Начальником Главного управления тыла — заместителем народного комиссара ВМФ был назначен генерал-полковник береговой службы С. И. Воробьев. В начале войны в систему Наркомата ВМФ была передана Экспедиция подводных работ особого назначения (ЭПРОН). В связи с этим было создано Аварийно-спасательное управление ВМФ, а на всех флотах и флотилиях — аварийно-спасательная служба. Сокращение объема капитального строительства в системе ВМФ позволило объединить Инженерное и Строительное управления в одно. Развитие морской авиации потребовало усиления тыла военно-воздушных сил флотов. Поэтому в составе Главного управления ВВС ВМФ было создано Управление тыла. В дальнейшем из него было выделено Управление аэродромной службы.

Структура органов управления тылом флота, флотилии и военно-морской базы в ходе войны существенным изменениям не подверглась. В некоторых флотах были созданы заготовительный, сельскохозяйственный и трофейный отделы. Начальнику тыла флота был подчинен ветеринарный отдел, а первый и второй отделы Управления тыла флота были объединены в организационно-плановый отдел. Одновременно с этим отделы плавсредств и гаваней, автотракторный, труда и кадров были изъяты из подчинения командира главного военного порта и непосредственно подчинены начальнику тыла флота. Аналогичные изменения были произведены в военно-морских базах. Кроме того, была введена должность заместителя начальника тыла флота по вооружению и судоремонту, которому подчинялись отделы вооружения и технический.

Сложность оперативной обстановки на Балтийском и Черном морях вызвала необходимость создания новых органов управления тылом, тыловых частей и учреждений, выполнявших, по существу, роль флотских тыловых баз. Например, в составе тыла Краснознаменного Балтийского флота (начальник тыла флота генерал-полковник М. И. Москаленко) было создано управление заместителя начальника тыла флота по воинским перевозкам через Ладожское озеро. Это управление с необходимыми силами и средствами размещалось на восточном берегу и решало такие задачи, как получение снабженческих грузов для сил флота, их временное складирование и перевалку на западный берег озера. В 1942 г. в связи с угрозой кавказским базам Черноморского флота (начальник тыла флота генерал-лейтенант М. Ф. Куманин) часть складов тыла флота была перемещена на восток. Для руководства их работой и организации перевозок через Каспийское море в Баку было создано управление, возглавляемое заместителем начальника тыла Черноморского флота.

Маневренный и напряженный характер военных действий вызвал большую потребность в подвижных силах и средствах тыла флота. Широкое использование боевых катеров с ограниченным радиусом действия для ударов по противнику потребовало максимального приближения пунктов базирования и средств тылового обеспечения к районам действий. Рассредоточение сил флота и объектов тыла в каждой военно-морской базе привело к необходимости развертывания пунктов маневренного базирования в необорудованных бухтах и малых портах. Возможности для капитального строительства в новых пунктах базирования были крайне ограничены. Да и оперативная обстановка не всегда позволяла развертывать такое строительство.

При организации маневренного базирования боевых сил каждый флот (флотилия) исходил из конкретных особенностей обстановки, задач тыла и его возможностей. На Черноморском флоте пошли по пути создания маневренных баз с отделами тыла в них (Тендра, Прогнойск, Скадовск), а на Каспийской военной флотилии были созданы базы лишь с функциями продовольственного снабжения кораблей и частей. Тыл Северного флота (начальник тыла контр-адмирал-инженер Н. П. Дубровин) весной 1942 г. развернул передовой пункт для материального и медицинского обеспечения передовых сил флота, действовавших совместно с войсками армии, а также для морских десантов.

Все эти своеобразные группировки сил и средств тыла, решавшие задачи полного или частичного материального, технического и медицинского обеспечения сил флота, действовавших вдали от основных пунктов базирования, по существу, являлись промежуточным звеном тыла между тылом флота и действующими частями и кораблями. Для их создания максимально использовались имевшиеся подвижные силы и средства тыла. Вспомогательные суда (баржи, транспорты, танкеры, плавемкости, блокшивы⁵²⁴) использовались как маневренные средства хранения части запасов материальных средств и их рассредоточения, а также для подвоза материальных средств со складов тыла флота в другие базы, в пункты рассредоточенной стоянки боевых кораблей и на береговые батареи. Для обеспечения базирования подводных лодок и соединений боевых катеров в пунктах их рассредоточения и в маневренных базах использовались плавучие базы мирного времени, оборудовались новые плавбазы из мобилизованных судов. Кроме того, приспосабливались и другие суда (отопители, дебаркадеры, плавпричалы). Наряду с этим использовались подвижные береговые средства технического обеспечения: дивизионные артиллерийские ремонтные мастерские, полевые авиационные ремонтные мастерские, железнодорожные (в вагонах) артиллерийские ремонтные мастерские и мастерские по сборке боеприпасов. Были созданы подвижные авторемонтные мастерские и авторемонтные базы. Плавмастерские и плавдоки, хотя и оставались в базах, но по возможности размещались в пунктах рассредоточения сил флота. Несколько плавмастерских было получено от промышленности и оборудовано из мобилизованных судов. На речных военных флотилиях плавмастерские использовались в маневренных базах и даже в районах боевых действий.

По линии медицинской службы были оборудованы госпитальные суда, санитарные транспорты и катера, созданы банно-дезинфекционные поезда и суда. Медико-санитарные отряды, состоявшие из маневренных хирургических и санэпидемиологических групп, использовались как средство усиления медицинской службы военно-морских баз для обеспечения десантных операций и обороны баз. Для обеспечения десантов создавались также нештатные морские медицинские отряды и группы. В 1941 г. на Тендровском боевом участке был развернут нештатный маневренный военно-морской госпиталь.

Первый период войны дал ценный опыт маневренного базирования и организации тылового обеспечения передовых сил флота с помощью подвижных средств. Полученный опыт убедительно показывал важность подвижных сил и средств тыла в условиях маневренной войны и необходимость значительного их увеличения. На флотах и в Наркомате ВМФ правильно понимали значение повышения роли подвижности тыла в наступательных операциях на приморских направлениях. В приказе наркома ВМФ ставилась задача Главному управлению портов ВМФ добиваться большей мобильности тыла флота при изменении системы базирования. Намечались и пути решения этой задачи: создание подвижных баз тыла и автотранспортных частей.

Однако к началу наступательных операций второго периода войны ни один из флотов не имел еще специальных подвижных тыловых баз и мощных автотранспортных средств, не была до конца отработана и система развертывания группировок тыла и организации тылового обеспечения передовых сил флота в ходе наступательных операций на приморских направлениях. Основной расчет в Главном штабе ВМФ и на флотах делался на действующие военно-морские базы и быстрое развертывание новых баз на освобождаемом побережье.