В ходе всей войны важную роль играл своевременный маневр запасами материальных средств между флотами (флотилиями) и внутри флотов (между военно-морскими базами и соединениями).

С началом военных действий были приняты срочные меры по дополнительному рассредоточению и укрытию запасов тыла флотов. Так, в Севастополе за восемь дней в подземные хранилища было перевезено 1300 вагонов боеприпасов. Для выполнения этой работы было привлечено до 600 человек и до 50 автомашин⁵²⁶. На Краснознаменном Балтийском флоте для разгрузки складов в Кронштадте и рассредоточения хранилищ в Ленинграде были перемещены тысячи тонн боеприпасов⁵²⁷. На Северном флоте в целях рассредоточения запасов топлива, мин, торпед и глубинных бомб были использованы старые транспорты и другие плавучие средства. В течение 1941–1942 гг. все склады тыла флота были перемещены за пределы Мурманска.

Было улучшено эшелонирование запасов материальных средств. Создание центральных складов в глубине территории страны обеспечивало безопасное хранение части запасов и облегчило маневр ими. Часть запасов тыла флотов хранилась на складах, расположенных вдали от побережья. Расширились границы размещения складов в главных военно-морских базах. Большинство запасов было вывезено из населенных пунктов и хранилось непосредственно за их пределами. Каждый склад тыла флота имел по нескольку отделений-хранилищ или площадок хранения, расположенных в различных частях района военно-морской базы. Часть материальных средств размещалась на плавсредствах. В Одессе, Севастополе, Ханко и ряде других военно-морских баз для хранения широко использовались подземные сооружения.

Принятые меры сыграли важную роль в сохранении запасов материальных средств. Их потери резко сократились, а в ряде военно-морских баз были сведены до минимума. Однако там, где запасы не были своевременно укрыты и рассредоточены, тыл ВМФ понес значительные потери. Не оправдало себя и размещение больших запасов материальных средств в передовых базах. В Либаве, например, в первые дни войны погибли все запасы топлива, мин, торпед и другого имущества.

Опыт войны убедительно показал, что рассредоточение запасов материальных средств и размещение их в защищенных и подземных хранилищах с хорошими мерами маскировки является надежной защитой от воздействия авиации противника.

Важное значение в организации и осуществлении материального обеспечения ВМФ имело распоряжение Совета Народных Комиссаров в июне 1941 г., которое предоставило Наркомату ВМФ право свободного маневра всеми ресурсами материальных средств и передачи их другим организациям. Наркомату обороны и Наркомату Военно-Морского Флота было предоставлено право взаимной передачи материальных средств для обеспечения боевых действий частей, соединений и оперативных объединений⁵²⁸.

В соответствии с этим распоряжением тыл ВМФ оказал большую помощь частям сухопутных войск, промышленным предприятиям и населению различными видами материальных средств из своих запасов. Осенью 1941 г. тыл Краснознаменного Балтийского флота полностью оснастил семь бригад и два батальона морской пехоты, направленных на фронт. Ленинградскому фронту было передано 43 батареи (45- и 152-мм орудий) с личным составом и запасами боеприпасов, а также 161 орудие других калибров и 125 минометов (без расчетов). Промышленности Ленинграда было передано 25 тыс. т твердого топлива, а для фронта и населения — 3250 т продовольствия⁵²⁹. В ходе героической обороны Севастополя Приморской армии было передано со складов Черноморского флота 10 тыс. т горючего, много запасных частей для автомашин и другого имущества. Кроме того, в первый период войны тыл ВМФ выделил значительное количество мин, глубинных бомб и торпед, которые использовались в системе инженерных заграждений на сухопутных рубежах обороны Ленинграда, Перекопа и Севастополя. На оборону Перекопа было выделено 1275 мин; в Севастополе использовано 775 мин, 87 торпед и 878 глубинных бомб. Зимой 1941/42 г. для укрепления обороны Ленинграда со стороны залива на льду в качестве фугасов было установлено 504 морские мины. В конце 1941 г. по решению Военного совета Ленинградского фронта из складов Краснознаменного Балтийского флота было изъято и разряжено 7833 глубинные бомбы, 226 мин и 140 торпед, взрывчатое вещество которых было использовано для снаряжения снарядов полевой артиллерии, производимых на ленинградских заводах⁵³⁰.

В ходе наступательных операций, когда флоты и флотилии испытывали большие трудности в своевременном подвозе материальных средств, большую помощь передовым соединениям флота оказывал тыл фронтов и армий. Тесное взаимодействие тыла флотов и фронтов в течение всей войны создавало благоприятные условия для своевременного материального, технического и медицинского обеспечения частей и соединений действующей армии и сил флотов.

Важное место в работе центральных органов управления Тылом ВМФ занимало налаживание производства морских видов вооружения и техники в восточных районах страны: подбор новой производственной базы; помощь в развертывании эвакуированных предприятий; согласование планов с промышленными главками и наркоматами; обеспечение предприятий текущей документацией; помощь в отработке технологии производства; налаживание промышленного кооперирования; материально-техническое обеспечение предприятий, в том числе выделение из фондов ВМФ топлива, металла; помощь автотранспортом; вывоз готовой продукции и т.д. Уже в конце 1941-го и в начале 1942 г. ряд эвакуированных заводов и вновь выделенных предприятий начали выпуск вооружения, техники и военного имущества для обеспечения сил флотов и флотилий.

В обеспечении сил флотов продовольствием большую роль играли заготовки из местных средств. Отделы продовольственной службы флотов получали наряды на заготовку продовольствия от Управления продовольственного снабжения ВМФ. Эти заготовки достигали 75 процентов общего количества продовольствия, полученного ВМФ. Они значительно уменьшали объем централизованных перевозок, но в то же время увеличивали объем работы тыла. Так, на заготовку картофеля и овощей на Тихоокеанском флоте и в Амурской Краснознаменной флотилии ежегодно выделялось 130–150 автомашин и от 500 до 700 человек личного состава. Важное значение имело также создание и развитие подсобных хозяйств, которые за годы войны произвели около 1000 т продовольствия. На всех флотах и флотилиях уделялось большое внимание заготовкам ягод, плодов зелени, хвои, как противоцинготному средству.

Одним из важных источников получения недостающего вооружения, боеприпасов и некоторого имущества в блокированных военно-морских базах — Одессе, Севастополе, Ленинграде, Таллине было производство, организованное на предприятиях тыла флота и городов с широким использованием станочного оборудования и рабочей силы, оставшихся после эвакуации основных предприятий. Например, за период обороны Одессы предприятия Одесского оборонительного района и города изготовили 69 танков из гусеничных тракторов, 3 бронепоезда, 1262 миномета, 30 тыс. мин, 210 тыс. ручных гранат, 111 т взрывчатого вещества, 1022 огнемета и много военного снаряжения. В еще большем объеме производились вооружение и боевая техника на вновь организованных предприятиях Севастополя. Только один специальный комбинат № 1 ежемесячно выпускал до 50 тыс. снарядов и мин. Предприятия артиллерийского отдела Краснознаменного Балтийского флота в блокированном Ленинграде развернули в широких масштабах работы по изготовлению снаряжения и сборке боеприпасов. В 1941 г. было собрано и восстановлено 360 тыс. стреляных орудийных гильз, изготовлено 104 тыс. 100—305-мм выстрелов и 487 тыс. 76- и 45-мм патронов для зенитных орудий.