Опыт Великой Отечественной войны внес много нового и в методы работы органов управления тылом. Прежде всего выявилась необходимость в приближении (при определенных условиях) центральных органов управления к стратегическим группировкам Вооруженных Сил и в организации промежуточных звеньев руководства силами и средствами тыла стратегического звена. Это достигалось путем выделения на определенные направления оперативных групп из состава центрального аппарата и созданием специальных органов управления. Они контролировали состояние тылового обеспечения соответствующих группировок войск и сил флота, перераспределяли между оперативными объединениями запасы материальных средств и прибывающие транспорты и выполняли другие присущие им функции. Промежуточные органы управления тылом центра создавались при главнокомандующем советскими войсками на Дальнем Востоке, для обеспечения войск Ленинградского фронта и населения Ленинграда в период блокады и в ряде других случаев.

Большое значение в успешном тыловом обеспечении Вооруженных Сил в ходе войны имело четкое его планирование во всех звеньях управления тылом, особенно в центральном. В условиях ограниченного времени процесс планирования в центральном аппарате, как правило, сливался с доведением задач до основных исполнителей. Переписка между штабом Тыла Советской Армии и центральными управлениями, подчиненными начальнику тыла, обычно не велась. Указания начальника Тыла Советской Армии, даваемые им лично или через начальника штаба Тыла, записывались должностными лицами в рабочие тетради, и немедленно организовывалось их исполнение. Для планирования тылового обеспечения группировок Вооруженных Сил в операциях привлекались только штаб Тыла и некоторые специалисты главных и центральных управлений. Директивы по тылу фронтам и флотам высылались, как правило, при перенесении тыловых границ и назначении новых распорядительных станций. Они разрабатывались в штабе Тыла, согласовывались с Генеральным штабом и подписывались начальником Генерального штаба и начальником Тыла Советской Армии. По мере необходимости фронтам и флотам отдавались также распоряжения по отдельным вопросам их тылового обеспечения. Это способствовало повышению оперативности в управлении тылом.

Правильное планирование работы тыла и четкое руководство тыловым обеспечением Вооруженных Сил достигались постоянным знанием начальниками тыла всех степеней, их штабами, начальниками родов войск, специальных войск и служб в части, их касающейся, оперативно-стратегической (оперативной, боевой) обстановки и задач, выполняемых войсками (силами) в операциях. В решении этого вопроса очень важно было поддержание тесного взаимодействия между Генеральным штабом (штабами объединений, соединений, частей) и соответствующими штабами тыла (должностными лицами).

Опыт войны показал также, что планирование и все мероприятия, связанные с организацией тылового обеспечения войск и сил флота в операциях, должны осуществляться при взаимодействии всех органов управления тылом центра. Особое внимание уделялось согласованию таких вопросов, как состав и размещение сил и средств тыла по стратегическим, операционным направлениям и по глубине, величина и сроки создания запасов материальных средств, подготовка и порядок использования транспортных коммуникаций, организация управления тылом. В центральном звене основные мероприятия по тыловому обеспечению Советской Армии и Военно-Морского Флота тщательно увязывались не только между органами управления Тылом Вооруженных Сил, но и с гражданскими министерствами и ведомствами. Согласовывались, в частности, планы поставок материальных средств, организация технической эксплуатации, технического прикрытия, восстановления транспортных коммуникаций и выполнения воинских перевозок, порядок использования промышленных предприятий для ремонта и восстановления техники и имущества, а также учреждений Наркомата здравоохранения для лечения раненых и больных и другие вопросы.

Взаимодействие организовывалось также в оперативном и войсковом звеньях тыла. В частности, предварительному согласованию между органами управления тылом соответствующих фронтов (военных округов) и объединений (соединений) других видов Вооруженных Сил подлежали организация обеспечения последних материальными средствами общевойсковой номенклатуры, совместного использования транспортных коммуникаций для подвоза и эвакуации, а также местных ремонтных и лечебных учреждений. Органы управления тылом соседних оперативных объединений организовывали взаимодействие по оказанию двусторонней помощи материальными средствами и транспортом, по использованию местных ресурсов, ведению тыловой разведки и т.п.

В годы Великой Отечественной войны значительно возросла роль надежной охраны и обороны тыла и транспортных коммуникаций. Известно, что немецко-фашистское командование делало ставку на дезорганизацию работы нашего тыла всеми силами и средствами. Не случайно многие советские фронты проводили специальные операции по очистке своих тыловых районов от врага. В результате таких операций, например, 1-м Белорусским, 1-м и 3-м Украинскими фронтами в 1944 г. были выявлены тысячи одиночных диверсантов, разгромлены сотни крупных диверсионных групп. В январе 1945 г. только на восточно-прусском направлении гитлеровцы забросили в тыловые районы наступающих фронтов 150, а в марте — 250 диверсантов, ликвидация которых потребовала соответствующих усилий.

Охрана и оборона тыловых соединений, частей, учреждений и транспортных коммуникаций осуществлялись прежде всего силами и средствами тыла. Кроме того, для этих целей использовалось большое количество специальных соединений и частей охраны тыла НКВД, а нередко и боевые войска. На нашей территории большую помощь в охране и обороне важнейших тыловых объектов оказывали также различные советские организации, предприятия и местное население.

Неоценимое значение в успешном решении огромных задач Тылом Вооруженных Сил в годы войны имела активная и целеустремленная политическая работа в войсках (силах) и среди личного состава тыловых соединений, частей, учреждений и органов управления тылом. Главным содержанием этой работы было воспитание личного состава тыла в духе беззаветной любви к Советской Родине и безграничной преданности Коммунистической партии, в духе дружбы народов СССР, пролетарского интернационализма и жгучей ненависти к фашистским захватчикам; привитие ему высоких морально-боевых качеств; формирование у воинов правильного понимания своей роли в обеспечении победы над врагом и мобилизация их на успешное выполнение стоящих перед ними задач. Большое место занимала выработка у личного состава тыла таких качеств, как честность, бережливость и рациональное расходование доверенных ему материальных ценностей.

Много внимания уделялось мобилизации личного состава Тыла на поддержание четкой взаимосогласованной работы всех тыловых соединений, частей и учреждений в каждом оперативном объединении (соединении, части) и в целом на театрах военных действий; развитию у воинов чувства нового при осуществлении тылового обеспечения войск и сил флота; выработке у них навыков самостоятельного принятия правильных решений и инициативных, сноровистых действий при выполнении задач в отрыве от своих соединений, частей и учреждений; приобретению ими умения храбро и мужественно действовать в любой, самой сложной обстановке. Личный состав Тыла воспитывался также в духе поддержания правильных взаимоотношений с местным населением, проявления заботы о сохранении имущества граждан, материальных, культурных ценностей и памятников в районах действий тыловых соединений, частей и учреждений.

Формы и методы политической работы в органах управления тылом, тыловых соединениях, частях и учреждениях в ходе войны применялись в основном такие же, как и в войсках (силах флота). Вместе с тем опыт войны учит, что в связи с чрезвычайно большой разобщенностью, самостоятельностью в выполнении задач и различной спецификой деятельности органов Тыла их политотделы и политические работники должны больше опираться на широкий партийный и комсомольский актив, партийные и комсомольские организации, на нештатных пропагандистов, на коммунистов и комсомольцев. Война показала необходимость наличия во всех тыловых частях, учреждениях и подразделениях полнокровных партийных и комсомольских организаций. Однако надо учитывать проявившуюся тенденцию вынужденного обстановкой откомандирования лучших солдат и сержантов тыла для пополнения боевых частей. В годы Великой Отечественной войны оправдала себя некоторая централизация партийного руководства в тылу, особенно введение института назначаемых парторгов и комсоргов частей, учреждений и подразделений, а также проведение делегатских собраний коммунистов и комсомольцев там, где по условиям обстановки невозможно было организовывать общие партийные и комсомольские собрания.