14 декабря 1805 года Австрия заключила с Наполеоном невыгодный для себя мир. Выполняя условия перемирия, Кутузов занялся выведением русских войск с территории Австрии.
24 февраля 1806 года Александр I пожаловал Кутузова орденом Св. Владимира 1-й степени, но Михаил Илларионович понимал, что результат сражения лишил его расположения императора. Александр направил Кутузова в Киев, на должность генерал-губернатора, а в 1808 году на русско-турецкую войну, командиром корпуса Молдавской армии, где главнокомандующим был генерал-фельдмаршал А.А. Прозоровский. После неудачного штурма Браилова отношения между Кутузовым и Прозоровским обострились. Главнокомандующий обвинил в неудаче подчиненных, Кутузов же видел причины в неумелых действиях самого Прозоровского. Последний добился удаления Кутузова из армии. Михаил Илларионович был назначен литовским военным губернатором и 16 июня 1809 года отправился в Вильно.
Через две недели Прозоровский умер, а командующим Молдавской армией стал П.И. Багратион. Однако кампания 1809 года не принесла положительных результатов. Новым командующим был назначен граф Н.М. Каменский II, отличившийся в только что закончившейся шведской войне. Вскоре он тяжело заболел, и тогда Александр I назначил командующим Кутузова.
Назначение не обрадовало старого полководца, но 1 апреля Кутузов вступил в командование армией. Изучив положение дел, оставленных ему предшественниками, Кутузов решил не ограничиваться обороной Дуная, а наступать от Рущука. Слабость Молдавской армии полководец видел в раздробленности войск. Поэтому он решил уничтожить крепости Никополь и Силистрию, взорвав их, а у Рущука планировал собрать 35 батальонов пехоты. Его план войны с Турцией состоял в том, чтобы не действовать против неприятеля всей массой сил. Отряды русских могли вести боевые действия в одиночку, не имея между собой никакого сообщения Кутузов также отмечал что «всякое новое действие приводит турок в такое смятение», что нельзя угадать, какие они допустят ошибки. Успех, по мнению Кутузова, зависел не от многолюдности, «но от расторопности и бдительности командующего генерала».
Для осуществления этого плана Кутузову было необходимо иметь точные сведения о намерениях визиря и исключить возможность вторжения 20-тысячной армии Исмаил-бея в Малую Валахию. Для решения этих важных задач Кутузов проявил исключительную изобретательность и дипломатический талант. В результате ему стал известен план ближайших военных действий, намеченных великим визирем – направить главные силы к Рущуку, захватить крепость и двинуться в Валахию.
В сражении у Рущука 15-тысячная армия Кутузова нанесла сокрушительное поражение 60-тысячной армии визиря. За эту победу Михаил Илларионович был награжден портретом Александра I.
Но визирь не хотел сдаваться так просто. Он начал укреплять свой лагерь. Кутузов же тем временем оставил Рущук и увел войска на левый берег Дуная.
Визирь воспринял этот факт как победу над русскими, чего и добивался Кутузов, надеясь, что турки потеряют бдительность. И ему удалось заманить визиря в ловушку, а затем окружить с суши и воды. В результате надежно запертые на левом берегу турки несли ужасные потери. Начиналась зима, много людей в армии визиря погибло от холода и болезней, из-за отсутствия продуктов стали есть лошадей. Турецкая армия была вынуждена сдаться.
Русско-турецкую войну 1806—1812 годов завершил мирный договор, заключенный в Бухаресте. По нему к России отходила Бессарабия и за ней оставались все области Закавказья. Кутузов, принимавший непосредственное участие в заключении договора, добился получения Россией права торгового судоходства по всему Дунаю, а военного – до устья реки Прут.
Удостоенный титулов графа и светлейшего князя за победу над турками, Кутузов остался не у дел и до начала Отечественной войны 1812 года пребывал в своем поместье Горошки.
Развитие военных действий летом 1812 года и требования общественности и войск вынудило императора Александра I, все еще питавшего неприязнь к Кутузову, поставить его во главе русской армии. Назначение Михаил Илларионович получил за 10 дней до Бородинского сражения, в конце августа. До своего назначения главнокомандующим Кутузов в течение августа был начальником ополчения в Санкт-Петербурге. В этот период им были подробно разработаны правила военной подготовки ратников, которые затем стали основой деятельности всех губернских комитетов, где формировалось ополчение.
17 августа он прибыл к войскам, которые к тому времени насчитывали 96 тысяч человек и 605 орудий. Разведка доносила, что у Наполеона имеется около 165 тысяч человек. Учитывая такое численное превосходство, ранее выбранная для генерального сражения позиция при Царево-Займище Кутузовым была оставлена. Армия отошла на восток. Следующую позицию у Колоцкого монастыря главнокомандующий опять нашел невыгодной для сражения и отдал приказ отойти восточнее, к Бородино. Кутузов писал в донесении Александру I: «Позиция, в которой я остановился, при деревне Бородине в 12-ти верстах вперед Можайска, одна из наилучших, которую только на плоских местах найти можно. Желательно, чтобы неприятель атаковал нас в сей позиции, тогда я имею большую надежду к победе».
Боевой порядок, созданный Кутузовым, был достаточно устойчив и давал возможность русской армии не только выдержать удары противника, но и наносить ему сильные контрудары. Наполеон должен был принять сражение на невыгодной для него местности.
Бородинское сражение началось 26 августа (по новому стилю – 7 сентября) в 5 часов утра и продолжалось 15 часов. Построив войска в глубокий боевой порядок, Кутузов энергичным маневрированием сил и средств пресекал все попытки Наполеона добиться решающего перевеса и сам успешно контратаковал противника. Огромными усилиями французам удалось потеснить русские порядки на левом фланге и в центре, а к вечеру Наполеон отдал приказ отойти на исходные позиции. Его мечта одним сражением выиграть войну не состоялась. Французы потеряли за один день около 40 тысяч человек, потери русских составили 44 тысячи.
27 августа в 2 часа ночи русская армия, оставив Бородинскую позицию, двумя колоннами отошла к Можайску. Французский авангард не смог сразу захватить Можайск. Лишь 28 августа Наполеон вступил в город, где три дня приводил в порядок свои войска.
Ранним утром 1 сентября русская армия выступила к Москве и расположилась лагерем возле позиции, выбранной для сражения начальником штаба Л.Л. Беннигсеном. Эта позиция была неприемлемой для сражения; Кутузов, осмотрев ее, признал это. В селе Фили был собран военный совет, на котором присутствовали все генералы. Обсуждался лишь один вопрос: «Ожидать ли неприятеля в позиции и дать ему сражение, или сдать оному столицу без сражения?» Выслушав все предложения, Кутузов сказал, что с оставлением Москвы Россия еще не потеряна, и предложил сберечь армию, отказавшись от сражения, сблизиться с войсками, идущими на подкрепление, и «самим уступлением Москвы приготовить неизбежную гибель неприятелю». Русской армии был дан приказ отступать по Рязанской дороге.
2 сентября пройдя Москву, русская армия продолжила свой отход по Рязанской дороге, а затем перешла на Старую Калужскую дорогу, чтобы скорее сблизиться с идущими на помощь войсками. Конечной целью было село Тарутино. Здесь Кутузов занялся проблемой перестройки армии, укомплектованием ее людскими резервами, снабжением продовольствием, вооружением, боеприпасами. В окрестных деревнях начали создаваться партизанские отряды, которые Кутузов лично контролировал.
Получив необходимое подкрепление, главнокомандующий стал наносить удары по французской армии, к тому времени покинувшей Москву. Кутузов старался удержать свои войска от сражений, понимая, что французская армия быстро разлагается, причем без какого-либо вмешательства со стороны.
Неся большие потери, Наполеон медленно отступал к Березине, а уже там разгром некогда непобедимой армии был завершен. Через Березину переправилось только 20 тысяч человек. В России Наполеон оставил более 500 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными, почти всю артиллерию и конницу.
