Авангард Багратиона, тесня неприятеля, подошел к городу Нови, обнесенному высокой стеной, но был вынужден остановиться. Тем временем французы открыли сильный артиллерийский огонь из батарей, находившихся за городом. Из Нови была сделана вылазка против правого фронта войск Багратиона, но подошедшие войска Милорадовича сумели отбросить неприятеля. Исход сражения решили войска Багратиона. Решительным ударом они выбили противника из Нови, а затем атаковали французские укрепления, расположенные на высотах за городом. Французы были выбиты со своих позиций и отступили. Общие потери противника составили 17 тысяч человек, потери союзных войск – в два раза меньше.
За участие в Итальянском походе фельдмаршал Суворов подарил Багратиону свою шпагу, с которой тот не расставался до конца жизни.
Суворов намеревался преследовать противника вплоть до его полного уничтожения, но вместо того получил приказ направиться в Швейцарию на соединение с находившимся там корпусом генерала Римского-Корсакова.
В легендарном Швейцарском походе через Альпы Багратиону был поручен авангард армии. Он прокладывал путь войскам в горах и первым принимал на себя удары противника.
Суворов избрал для русской армии самый тяжелый и опасный, но зато и самый короткий путь из Италии в Швейцарию. Войска, выступив из Алессандрии, должны были двигаться через Таверно, перевал Сен-Готард, долиной реки Рейсы, вдоль берега Люцернского озера и далее к Швицу, заходя во фланг и тыл основной группировке французской армии.
21 сентября русская армия покинула Таверно и направилась к Сен-Готарду, ставшему первой серьезной преградой на пути русских войск. Оборонял перевал французский генерал Лекурба. Авангард Багратиона столкнулся с противником 24 сентября. Войска по приказу князя с ходу нанесли сильный удар по правому флангу неприятеля. Противник, не принимая боя, отступил. Багратион часть сил направил на преследование противника, а другую часть по приказу Суворова двинул вправо через горы с целью обхода левого фланга укрепленной позиции противника, проходившей по Сен-Готардскому перевалу.
Войска Багратиона, преследуя противника, попытались атаковать Сен-Готардскую позицию в лоб, но успеха не достигли. Вскоре подошли главные силы армии Суворова, но и они не смогли сбить неприятеля с перевала.
Войска Багратиона, карабкаясь по горным кручам, смогли обойти французские позиции и атаковали их с фланга одновременно с фронтальным ударом главных сил Суворова. Противник, обнаружив русские войска чуть ли не у себя в тылу, отступил к Чертовому мосту.
Дорога, по которой двигались войска Суворова, входила в туннель Урнер-Лох, имевший 80 шагов длины и 4 шага ширины, далее она проходила (400 шагов) по берегу реки Рейсы и сворачивала на узкий Чертов мост.
Отступивший от Сен-Готарда генерал Лекурб часть сил оставил для прикрытия выхода из туннеля, а два пехотных батальона расположил за Чертовым мостом. Позиции, занятые французами, считались неприступными, но войска Суворова смогли обойти их и овладеть туннелем Урнер-Лох и Чертовым мостом. 26 сентября русская армия заняла Альтдорф и убедилась, что никаких дорог по берегам Люцернского озера, о которых ему сообщали австрийцы, не существует. Не было возможности переправиться и водным путем, так как французы увели все суда. Тогда Суворов решил преодолеть горный хребет Росшток и выйти в Муттенскую долину, а откуда к Швицу.
Переход русской армии через хребет Росшток начался утром 27 сентября. Впереди шел авангард Багратиона, прокладывая дорогу остальным войскам. К вечеру того же дня авангард русской армии достиг Муттенской долины.
В деревне Муттен Багратион захватил отряд французов – 150 человек, чтобы те не смогли никому сообщить о появлении русской армии в Муттенской долине.
Тем временем французы разбили корпус Римского-Корсакова и решили окружить и уничтожить армию Суворова. Окруженный со всех сторон, фельдмаршал 29 сентября созвал военный совет, на котором было принято решение под прикрытием 7-тысячного авангарда пробиваться через гору Брагель на северо-восток к Гларису. Во главе авангарда вновь был поставлен Багратион. На следующий день его части выступили из Муттенской долины. За ним двинулись и главные силы. В ходе двухдневных боев авангард разгромил противника – путь на Гларис стал свободен. К 4 октября там сосредоточились все силы русской армии.
В ночь на 5 октября ослабленная боями и беспрерывными переходами русская армия выступила из Глариса к хребту Паникс. Несмотря на отсутствие проводников и тяжелый путь по покрытым ледяной коркой склонам хребта Паникс, русские войска к 12 октября сосредоточились в Фельдкирхе. Во время перехода русской армии через хребет Паникс Багратион возглавлял арьергард, прикрывавший отход армии Суворова. Арьергард Багратиона у Глариса отбросил французские части, попытавшиеся преследовать русские войска. Это было последним сражением Швейцарского похода. Выполнив свою задачу, отряд Багратиона догнал армию Суворова.
С бывшим противником – французами – Петр Багратион снова встретился на полях сражений в 1805 году. И снова союзником России была Австрия. И снова ему был вверен авангард русской армии, которую теперь возглавлял М.И. Кутузов. Вследствие неудачных действий австрийцев русская армия дважды оказывалась под угрозой окружения. Особенно тяжело пришлось русским солдатам после сдачи Вены.
13 ноября войска французского маршала Мюрата вступили в Вену и, не встретив сопротивления со стороны австрийцев, захватили мост через Дунай. Получив сведения о сдаче Вены и движении войск Мюрата на Цнайм, Кутузов немедленно приказал начать отход русской армии от Кремса на Гунтерсдорф. Чтобы помешать выходу противника на путь отступления армии, Кутузов приказал выслать на дорогу от Вены на Гунтерсдорф небольшой отряд, который должен был задержать Мюрата до тех пор, пока главные силы русской армии не пройдут Цнайм. Этот отряд возглавил генерал Багратион.
Получив приказ Кутузова, Багратион, несмотря на большую усталость своих войск, быстрым маршем двинулся к Голлабрюну. Прибыв в намеченный район и осмотрев местность, Багратион принял решение отступить к деревне Шенграбен и занял здесь оборону до того, как сюда же вышли передовые части войск Мюрата. Тот, уверенный, что перед ним находятся главные силы армии Кутузова, решил подтянуть отставшие на марше войска и после этого атаковать русскую армию. Для выигрыша времени Мюрат направил к Багратиону своего парламентера с предложением заключить перемирие при условии, что русская армия возвратится к своим границам, а французские войска не будут продвигаться дальше. Багратион немедленно сообщил Кутузову о предложении французов. Кутузов согласился на заключение перемирия, рассчитывая вывести свою армию из-под удара и оторваться от неприятеля.
15 ноября после проведенных переговоров акты перемирия были направлены Кутузову и Наполеону для ратификации. Кутузов задержался с ответом более чем на 20 часов, продолжая отвод своей армии. Наполеон же, сильно раздраженный инициативой Мюрата, приказал ему немедленно разорвать перемирие и атаковать русские войска.
На следующий день французские войска перешли в наступление против отряда Багратиона. Общая численность французских войск, наступавших на русский отряд, составляла 30 тысяч человек, в то время как у Багратиона было лишь 6 тысяч. Сразу после начала атаки французскими войсками позиций русских войск приданная отряду Багратиона артиллерия обстреляла и подожгла деревню Шенграбен. Находившиеся там войска Удино были задержаны на два часа.
Но на флангах сложилась тяжелая обстановка. Правый фланг позиций русских войск был атакован корпусом Сульта, который планировал опрокинуть противостоявших ему русских гренадеров, егерей и драгун и выйти к деревне Гунтерсдорф, тем самым отрезав отряду Багратиона путь отступления. Русские гренадеры и егеря отразили две атаки корпуса Сульта и затем под прикрытием артиллерии начали организованный отход к деревне Гунтерсдорф. Оставив и там два батальона, Багратион приказал войскам своего правого фланга продолжить отход. Левое крыло войск Багратиона было атаковано одновременно с правым. Корпус Ланна отрезал от пехоты левофланговый Павлоградский гусарский полк, вынудив его покинуть поле боя. Затем французы окружили Подольский и Азовский мушкетерские полки, но мушкетеры не дрогнули и пробились из окружения, расчищая себе дорогу штыками и ружейным огнем. Войска левого крыла отряда Багратиона отступали по дороге на Цнайм, но, подойдя к деревне Грунд, они обнаружили, что эта деревня уже занята противником. И вновь сильным штыковым ударом русские батальоны проложили себе путь.