В тот же день на северной оконечности острова Лусон японцы высадили несколько десантных групп, которые через несколько дней овладели расположенными там американскими базами и стали продвигаться на юг, где сосредоточились основные силы Макартура. В течение последующих двух недель японская армия высадила в различных частях острова еще несколько соединений, которые также начали двигаться к столице Филиппин Маниле.
Учитывая тяжесть положения, Дуглас Макартур решил вывести свои войска из неукрепленной столицы. 2 января 1942 года под натиском противника американская армия оставила Манилу и сосредоточилась на полуострове Батаан и в островной крепости Коррегидор, которые прочно запечатывали вход в Манильскую бухту. Макартур решил закрепиться на этом плацдарме и удерживать его до последнего. Для японского командования такой поворот событий был полной неожиданностью. При планировании захвата Филиппин Ставка исходила из того, что основные части армии США окажутся разбитыми в генеральном сражении за столицу, и абсолютно не была готова к затяжной осаде Батаана. Японское командование даже не имело разведданных о состоянии оборонительных сооружений в этом районе. Попытка с ходу выбить Макартура с Батаана захлебнулась. Ему даже удалось окружить и почти полностью уничтожить одну японскую дивизию.
Начальник штаба японской армии, атаковавшей генерала Макартура, писал в Ставку о том, что продвижение частей японской армии очень затруднено, возникли трудности со снабжением и армия понесла большие потери. Несмотря на это, положение войск Макартура было практически безнадежным. Войска было невозможно снабжать ни воздушным, ни морским путем. Только подводные лодки, прорывая блокаду, доставляли особо ценные предметы снабжения. Поэтому запасы продовольствия и боеприпасов постепенно сокращались. 11 марта 1942 года по приказу командования Макартур покинул Коррегидор. Его обязанности принял генерал-лейтенант Уэйнрайт. 3 апреля японская армия перешла в наступление и к 10 апреля полностью захватила Батаан. 36 тысяч американских и филиппинских солдат и офицеров попали в плен. Тем не менее в руках армии США оставался остров Коррегидор. Гарнизон крепости держался до 6 мая, когда после кровопролитнейших боев с японскими десантами генерал Уэйнрайт, понимая бесполезность дальнейшей борьбы, капитулировал.
7 мая 1942 года японская императорская Ставка объявила завоевание Филиппин законченным. Это поражение Дуглас Макартур расценил как личное оскорбление. После захвата Филиппин японцами Макартур прибыл в Австралию. Там он был награжден медалью Чести и произнес ставшую знаменитой фразу: «Я сделал что мог, но я еще вернусь».
Вскоре Макартур был назначен командующим войсками в юго-западной зоне Тихого океана, включавшей Австралию, Новую Гвинею и Голландскую Ост-Индию. Его новый штаб находился в Брисбене, на восточном побережье Австралийского континента. Генерал сразу включился в спор о путях ведения Америкой войны. Макартур поддержал адмирала Кинга, считая, что нельзя допускать распыления войск на других фронтах, в том числе и в Европе, когда японцы могут перейти в наступление на любом участке фронта, и предлагал открыть второй фронт на Тихом океане. По его мнению, сковав как можно больше японских сил, американцы позволили бы советскому командованию использовать свои сибирские армии на германском фронте. Рассуждая как военный, Дуглас Макартур полагал, что полномасштабные военные действия союзников еще не могли проводиться ни в Европе, ни в Северной Африке. Но, как неоднократно случалось в ходе Второй мировой войны, политические соображения взяли верх над выкладками военных.
Несмотря на недостаток войск, Макартуру удалось остановить продвижение японцев к Австралии и даже одержать ряд побед у Порт-Морсби и на Гуадалканале. Стало ясно, что Япония прошла кульминационную точку своих успехов. Японские армия и флот выдохлись и перешли к обороне. Теперь крупномасштабное наступление союзников было только вопросом времени.
Макартур решил нанести удар по огромному предполью, которое японцы создали на юге и юго-востоке вокруг своего стратегического пространства. Оборона этого региона опиралась на Новую Гвинею и базу Рабаул, расположенную на Новой Британии. Из-за соперничества между армией и флотом США Макартур делил командование с адмиралом Нимицем, но они сумели договориться и работали слаженно. Макартур в сотрудничестве с командованием флота разработал тактику, прозванную в его штабе «прыжками лягушки». Суть ее заключалась в том, чтобы тщательно подготовленными скачками последовательно, одну за другой захватывать островные базы японцев. Умение Макартура координировать воздушные, морские и наземные операции и его способность правильно выбирать время и место для нанесения удара обеспечили успех этой тактики.
22 апреля 1944 года Макартур высадил десант в той части Новой Гвинеи, где его никто не ждал. Японские войска оказались в тылу наступающей американской армии, и к концу июля американцы прочно удерживали северное побережье острова, создав плацдарм для захвата Филиппин. А 20 октября 1944 года Макартур, высадившись с десантом на Лейте, произнес: «Я вернулся». Он выполнил свое обещание, и американские войска вернулись на Филиппины. Высадка на главный остров архипелага – Лусон была осуществлена 9 января 1945 года вскоре после восхода солнца. После месяца ожесточенных боев войска Макартура овладели крепостью Коррегидор, последним оплотом японцев на Лусоне. В битве за Филиппины японцы потеряли 192 тысячи человек, потери американской армии составили 8 тысяч.
В апреле 1945 года Дуглас Макартур был назначен главнокомандующим всеми вооруженными силами США на Тихом океане. Перед его войсками лежали Японские острова, путь к которым теперь был открыт.
6 и 9 августа 1945 года на японские города Хиросиму и Нагасаки были сброшены атомные бомбы. Такого ужасного зрелища история человечества еще не знала. Те, кто находился вблизи эпицентра взрыва, погибли на месте, оставшиеся в живых получили сильные ожоги. Более 100 тысяч жителей этих городов были убиты.
10 августа император Хирохито объявил о прекращении боевых действий, а на следующий день началась повсеместная капитуляция японских войск.
2 сентября 1945 года на борту корабля «Миссури» в Токийской бухте 65-летний генерал Макартур принял капитуляцию Японии. Вместе с ним в состав военной делегации вошли генерал Персиваль, капитулировавший в Сингапуре, и генерал Уэйнрайт, до последнего сражавшийся в Коррегидоре.
Период американской оккупации Японии продолжался почти семь лет, с сентября 1945-го по апрель 1952 года. Большая часть этого времени верховная власть в стране была сосредоточена в руках генерала Макартура. В истории Японии наступил уникальный период, когда все бразды правления взяла в свои руки американская администрация. Вопреки ожиданиям генерал Макартур стал проводить демократичную и гуманную политику. Ему удалось сохранить старую политическую элиту и одновременно дать стране новую конституцию, уничтожившую остатки феодализма. Многие японцы обращались с просьбами к генералу, который заслужил уважение своих недавних врагов и получил прозвище «некоронованный император».
Макартур оставался в Японии до начала войны в Корее. С началом войны он 8 июля 1950 года был назначен командующим войсками ООН. 15 сентября он провел десантную атаку на Иньчон, которая вынудила северокорейские войска отступить. После поддержки китайскими добровольцами северокорейской армии Макартур стал выступать за блокаду китайского побережья, а также за бомбардировку ряда объектов Китая. Эти предложения не были приняты правительством Трумэна, и в апреле 1951 года Макартур был освобожден от должности командующего.
На родине, где он не был с 1937 года, его встретили как героя. Макартура пригласили выступить на совместной сессии палат конгресса. Свою речь он закончил словами: «Старые солдаты не умирают, они уходят».
Последние годы жизни Макартур жил очень уединенно и редко участвовал в публичных мероприятиях. Он умер в госпитале «Уолтер Рид» в Вашингтоне 5 апреля 1964 года в возрасте 84 лет.
