Все изменилось после внезапной смерти Бориса Годунова. Приход к власти Лжедмитрия I открыл Филарету двери монастыря-тюрьмы в 1605 году. Он снова соединился с женой и детьми. Лжедмитрий возвел Филарета в сан митрополита Ростовского и Ярославского, и тот присутствовал на бракосочетании Лжедмитрия и Марины Мнишек. Делами своей митрополии Филарет почти не занимался и большую часть времени проводил в Москве.
В мае 1606 года власть захватил Василий Шуйский Филарет присутствовал на его коронации, но привлечь на свою сторону Ростовского митрополита Шуйскому так и не удалось. Вскоре Филарет покидает Москву и уезжает в Ростов.
В 1609 году к Ростову подошел с войском новый самозванец – Лжедмитрий II. Город был взят, и Филарет попал в плен. В Тушинском лагере он был встречен с особым почтением и ему было предложено стать патриархом. Выбора у пленника не было, и Филарет дал согласие.
На следующий год Филарет был «отполонен», то есть отбит, у самозванца царскими воеводами и смог вернуться в Москву. Царь Василий Шуйский был свергнут, Тушинский лагерь разгромлен, у власти находилось новое правительство – «Семибоярщина». Встал вопрос о новом царе. Осенью 1610 года патриарху Филарету было предложено возглавить посольство к польскому королю Сигизмунду для решения вопроса о приглашении на царство его сына Владислава. На Филарета была возложена особая задача – соблюдение одного из условий воцарения Владислава – принятие им православия. Затем «Великое посольство» отправилось в Смоленск.
Но у польского короля Сигизмунда III были свои виды на русский престол. Филарет, возглавлявший послов, категорически отклонил решение польского короля самому занять русский престол и «православие соединить с латынством» и решительно отстаивал свои требования. Чтобы «усмирить» послов, их отправили в Польшу как пленников. К тому же Сигизмунд получил известие о подходе к Москве народного ополчения.
Филарет провел в польском плену девять лет. В это время в России происходили исторические события, о которых он узнавал, сумев наладить тайную переписку с боярином Шереметевым, который возглавил партию сторонников сына Филарета – Михаила Федоровича Романова. После изгнания из Москвы польских интервентов, жена и сын Филарета выехали в свою вотчину под Кострому, а затем обосновались в Ипатьевском монастыре.
В феврале 1613 года в Москве был созван избирательный Земский собор для принятия соглашения об избрании нового царя. На заседаниях собора присутствовало более 700 человек, представлявших разные сословия – бояре, представители духовенства, ополченцы-казаки, купцы и даже государственные крестьяне. Каждая партия выдвигала своего кандидата. Назывались в качестве претендентов князья Ф.И. Милославский, В.В. Голицын, Д.М. Пожарский, иностранные королевичи Владислав и Карл-Филипп, сын Марины Мнишек и другие. На первых же заседаниях были отклонены иностранные королевичи и сын Мнишек – «воренок Иван». Голицын находился в польском плену, а Милославский был стар и бездетен, Пожарский, по мнению бояр, был «слишком худороден». И тогда вспомнили о Романовых. Шестнадцатилетний Михаил, лично не причастный к раздорам Смуты и пострадавший от нее, имел сторонников среди всех сословий. Кроме того, его права на престол как двоюродного племянника царя Федора Иоанновича выглядели вполне законными. И 21 февраля 1613 года было официально оглашено имя нового избранника. В Ипатьевский монастырь было направлено представительное посольство, которое возглавили рязанский архиепископ Феодорит и боярин Ф.И. Шереметев. Узнав о своем избрании, Михаил Федорович решительно отверг предложение стать царем, заявив, что не годится для престола. Его поддержала и мать – инокиня Марфа, сказав, что не благословит сына на царство. Только после долгих уговоров и убеждений Михаил дал согласие, а мать благословила его иконой Федоровской Богоматери и разрешила Феодориту осуществить обряд наречения на царство своего сына. Накануне своего 17-летия, 11 июля 1613 года, Михаил Федорович Романов венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля.
После торжеств для молодого царя начались тяжелые будни. Страна была разграблена и лежала в руинах. Со всех сторон ее окружали враги. Денег в казне не было. Первое время большую помощь в управлении государством царю оказала мать, помогали и ближние бояре, большей частью царские родственники. Новый Земский собор принял решение об оказании помощи в сборе средств для армии. Помогли и купцы Строгановы, дав в долг денег, сукно и продовольствие для ратных людей. Уже к следующему году были одержаны первые победы. В 1614 году был схвачен и сурово наказан атаман Заруцкий, Марина Мнишек заточена в Коломне, а ее сын Иван повешен. В 1617 году был подписан Столбовский мир со Швецией, по которому к России возвращался Новгород и прилегающие земли. Но самыми трудными для молодого царя стали переговоры с поляками. Первые попытки в 1616 году окончились вооруженным столкновением. Затем на Москву двинулся Владислав с большим войском. Михаилу с большим трудом удалось организовать оборону столицы – поляки были отброшены от ее стен. Неудачей закончилась для Владислава и осада Троице-Сергиевой лавры. Все это вынудило поляков в 1618 году сесть за стол переговоров, и 1 декабря 1618 года было подписано Деулинское перемирие с Речью Посполитой сроком на 14 лет. По нему Смоленск и ряд других городов оставались за Польшей, которая не признала законной власть Михаила Романова. Но большим успехом перемирия стало то, что все пленные, в том числе и Филарет, возвращались на родину.
14 июня 1619 года Филарет вернулся в Россию и с огромной радостью был встречен сыном-царем и женой (дочь Татьяна к тому времени уже скончалась) Официально он считался Ростовским митрополитом, но уже через 10 дней после возвращения решением Собора русского духовенства он был посвящен в сан патриарха. Чтобы еще больше возвысить отца, Михаил Федорович присваивает ему титул «Великого государя», а в дальнейшем дает ему грамоту с правом судить любое духовное лицо и собирать оброк с церковных имений – ранее среди прежних иерархов такой властью не обладал никто. Филарет стал официально соправителем сына. Царь Михаил Федорович и патриарх Филарет оба писались государями, все государственные дела решались совместно, а иногда патриарх брал на себя и единоличное решение того или иного вопроса.
Первым из церковных дел патриарха стало, разбирательство об исправлении церковных книг, которое начали книжники Троице-Сергиевой лавры под руководством архимандрита Дионисия. Они сочли, что за годы Смуты многие служебные книги стали непригодными, так как в них появились ошибки. Инициатива троицких книжников не понравилась другим представителям духовенства, которое подвергло Дионисия и его сторонников опале, сочтя эти правки еретическими. Для разбирательства Филарет привлек Иерусалимского патриарха Феофана, который решил вопрос в пользу Дионисия и его помощников. Они были оправданы и возвращены на прежние должности, а их противникам пришлось смириться, а некоторые из них были вынуждены отправиться в ссылку.
Патриарх строго следил и за порядком при царском дворе. Молодого царя окружало слишком много родственников, занимающих важные государственные посты и часто злоупотребляющие своей властью. По праву старшего представителя рода Филарет наказывал (вплоть до ссылки) тех, кто допускал серьезные нарушения или неблаговидные деяния, и никакие родственные узы не мешали ему карать провинившихся. При его соправлении в ссылку были отправлены братья Салтыковы, подверглись опале И.В. Голицын и Д.Т. Трубецкой, многие другие были отстранены от высоких должностей. Кстати сказать, после смерти Филарета все опальные и ссыльные были возвращены в Москву.
Принимая участие в решение всех государственных вопросов, главными для себя Филарет считал женитьбу сына и отмщение польскому королю Сигизмунду за причиненные обиды. Первая кандидатура на роль невесты Михаила – Мария Хлопова – получила активные возражения со стороны матери царя инокини Марфы. Тогда Филарет решил поискать жену для сына за пределами России. Но все попытки были неудачными – либо послы были не приняты (правда, по уважительным причинам), либо невеста не желала переходить в православную веру. Супругой царя Михаила, после долгих поисков, стала Евдокия Лукьяновна Стрешнева.
