Истощение ресурсов уже в начале войны должно было привести к открытию мирных переговоров, если бы не грубая политическая ошибка Карла I, заключившего перемирие с ирландскими повстанцами. Это перемирие, преследовавшее целью подчинить католическую Ирландию протестантской Англии, привело лишь к усилению Шотландии, вступившей в борьбу против короля. Ободренные тем, что шотландская армия выступила против роялистов на севере, сторонники парламента снова сосредоточили свои силы для наступления на главную укрепленную базу роялистов – Оксфорд и окружающие его города. Это наступление не принесло парламенту никаких ощутимых результатов и закончилось лишь захватом нескольких удаленных от Оксфорда крепостей.
Карлу I даже удалось срочно направить Руперта на помощь северным роялистам, действующим против шотландских войск. Однако вскоре произошло сражение при Марстон-Муре (2 июля 1644 года), где Кромвель во главе своего 26-тысячного драгунского отряда решил исход сражения блестящей победой над роялистами. Поражение при Марстон-Муре сразу же нейтрализовало благоприятно сложившуюся для Карла I обстановку, однако руководители парламента не воспользовались плодами этой победы. Среди них возникли разногласия, а в самом парламенте образовалась партия, настаивавшая на примирении с королем и на прекращении войны.
Многие парламентские генералы, стоявшие во главе отдельных армий, лишь номинально объединенных под властью лорда Эссекса, сознательно бездействовали, давая Карлу I возможность привести в порядок свои расстроенные войска.
Считая невозможным идти на какие-либо уступки королю, Кромвель с удвоенной энергией вступил в борьбу со своими противниками в парламенте. Настаивая на необходимости вести войну до конца, Кромвель не остановился перед прямым обвинением Манчестера и других генералов в преступной медлительности и в измене парламентскому делу. Указывая на всю опасность той организации парламентской армии, при которой каждый отряд, собранный на средства отдельных генералов, мог действовать почти независимо от других отрядов, Кромвель предложил создать единую парламентскую армию, общее командование которой было бы фактически сосредоточено в руках одного лица. Содержаться подобная армия должна была исключительно на средства государственного казначейства.
После долгой и трудной борьбы в парламенте Кромвелю удалось провести эту реформу. Кроме того, он добился принятия достаточно важного постановления, согласно которому члены обеих палат были лишены права занимать высшие военные должности. Это заставило всех членов парламента, противников Кромвеля, командовавших армиями, подать в отставку.
Главнокомандующим армии был назначен генерал Ферфакс, пригласивший к себе в помощники Кромвеля. Таким образом, новый закон не коснулся Кромвеля, и он, будучи членом палаты, остался фактическим руководителем армии.
Противники Кромвеля уже начали против него процесс, обвиняя его в двойной игре, однако новая блестящая победа при Нэзби 14 июня 1645 года, одержанная парламентской армией, заставила их замолчать.
В этом большом сражении парламентская армия проявила необыкновенную энергию и стойкость. Стремительными конными атаками и быстрыми переменами фронта кавалерии, общее командование которой было поручено Кромвелю, армия роялистов была смята, приведена в полное расстройство и обращена в бегство.
Однако война не только не прекратилась, но и затянулась еще на целый год. Карл I в конце 1647 года заключил тайный договор с шотландцами, которые обязались восстановить его неограниченную власть под условием, что пресвитерианство будет объявлено государственной религией, а индепендентство уничтожено. В конце апреля 1648 года стало известно, что шотландцы формируют армию для вторжения в Англию и оказания помощи роялистам. В этих условиях Ферфакс подготовился для похода на север с целью предупреждения шотландского наступления, а Кромвель был направлен для подавления мятежа Пемброка. Выступления роялистов в Кенте и Восточной Англии вынудили Ферфакса задержаться в этих районах, в то время как наступление шотландцев на севере продолжало развиваться.
Лишь после разгрома Пемброка (11 июля 1648 года) Кромвель смог выступить на север. Но вместо того чтобы двинуться прямо на шотландцев, он осуществил глубокий обход через Ноттингем и Донкастер, пополняя по пути свои запасы. Затем он пошел в северо-западном направлении на соединение со своим помощником Ламбертом, действующим против шотландцев.
Силы шотландской армии располагались на линии от Уигана до Престона и насчитывали 20 тысяч человек. Ее левый фланг прикрывал корпус под командованием Лагдейля (3, 5 тысячи человек).
Силы Кромвеля были значительно меньше, чем силы шотландцев, – всего 8, 5 тысячи человек, включая кавалерию Ламберта и Йоркширскую милицию. Зайдя в хвост шотландской колонне в районе Престона, Кромвель смог нарушить ее походный порядок, заставив ее развернуться в обратную сторону, чтобы отразить наносимые ей удары. Таким образом, Кромвелю удалось разгромить корпус Лагдейля. Затем, ведя неотступное преследование, Кромвель смял шотландскую колонну и заставил ее отходить через Уиган на Юттокситер, где, скованная милицией центральных графств, она 25 августа 1648 года капитулировала. Англия была очищена от шотландцев.
Потеряв все свои военные средства, Карл I заперся в Карлсбургском замке и вступил в переговоры с Ирландией и Голландией.
Между тем сторонникам короля в парламенте удалось добиться того, что вся нижняя палата отказалась от борьбы с королем, и таким образом против Кромвеля, стоявшего во главе всей народной армии, оказались не только король, но и обе палаты парламента.
По распоряжению Кромвеля отряд его армии захватил короля в Карлсбургском замке и заключил вначале в замок Гурст, а затем в Виндзор.
Во время пребывания Кромвеля в Шотландии полковник Прайд окружил парламент войсками и арестовал всех противников Кромвеля. Имея в своем распоряжении все военные силы страны, Кромвель твердо решил вести войну до конца. Однако почти целый год он колебался в вопросе о том, предавать ли короля суду.
Лишь 26 января 1649 года верховный суд, учрежденный по предложению Кромвеля, приговорил короля к смертной казни, по исполнении которой страна была объявлена республикой. Палата лордов была уничтожена, законодательная власть предоставлена одной нижней палате, а исполнительная власть вручена государственному совету, избираемому парламентом на год.
Предоставив управление страной палате и совету, Кромвель принял вновь командование над армией и отправился в Ирландию и Шотландию для усмирения вспыхнувших там мятежей. Подавление восстания в Ирландии продолжалось почти девять месяцев и было достигнуто ценою неслыханных жестокостей. Вторжение же Кромвеля в Шотландию явилось самостоятельной войной, главной целью которой был срыв замыслов сына покойного Карла I, пытавшегося вернуть себе престол с помощью шотландцев под командованием Александра Лесли.
Обнаружив, что шотландская армия занимает выгодные позиции и преграждает ему путь к Эдинбургу, Кромвель ограничился лишь прощупыванием сил противника. Находясь почти у цели и испытывая недостаток в снабжении, Кромвель все же удержался от искушения нанести лобовой удар в неблагоприятной для него местности. Подавляя внутреннее стремление к бою, Кромвель воздерживался от активных действий до тех пор, пока не выманил противника на открытую местность, благодаря чему появилась возможность нанести удар по его обнажившемуся флангу. С этой целью он отошел сначала к Массельборо, а затем к Донбару, где пополнил свои запасы.
Через неделю Кромвель двинулся в обратном направлении. В Массельборо он раздал своим войскам трехдневный запас продовольствия и начал глубокий обход через Эдинбургские высоты, выходя в тыл противника. Когда Лесли удалось перехватить Кромвеля в районе Корстофин-Хилл (21 августа 1650 года), Кромвель, несмотря на большое удаление от своей базы, предпринял еще одну попытку обойти противника. Однако Лесли снова преградил Кромвелю путь в районе Гогара, и Кромвель опять не стал принимать бой.