Летом 1709 года в ходе Северной войны произошел перелом в пользу России. Разгромив главные силы сухопутной армии шведов на Украине, Петр I перебросил основные силы своей армии на балтийское направление, за короткий срок заняв южное побережье Финского залива. В наступлении русской армии и флота в Финляндии, которое продолжалось в течение 10 лет, Федор Апраксин принимал самое активное участие. Командуя гребным флотом, он отличился в ряде крупных операций, первой из которых стало взятие сильной крепости Выборга. Эту крепость шведы использовали в качестве основной базы для нападения на Петербург.
В марте 1710 года графу Апраксину было вверено командование над 10-тысячным корпусом, который перешел по льду Финского залива и осадил крепость. К началу мая транспортная флотилия, пройдя через ледяные поля залива, доставила Апраксину необходимые для осады артиллерию, боеприпасы и продовольствие. Получив подкрепление, Апраксин перешел к решительным действиям против гарнизона крепости, и 13 июня Выборг был взят. Он умело провел осаду и хорошо организовал взаимодействие сухопутных войск и гребной флотилии, которая штурмовала Выборг со стороны залива и не допустила в него шведскую эскадру, появившуюся перед входом в залив в середине мая. После сдачи крепости Петр собственноручно возложил на Апраксина орден Св. Андрея Первозванного и золотую шпагу, украшенную бриллиантами. После взятия Выборга Апраксин оставался в крепости, руководя исправлением поврежденных осадой укреплений.
При перенесении боевых действий на собственную территорию Швеции, перед Апраксиным была поставлена задача завоевания южного побережья Финляндии. В 1712 году Апраксин был назначен главным начальником над Эстляндией, Ингерманландией и Карелией с подчинением ему всех сухопутных и морских сил, находящихся на этих территориях. В этом же году он был поставлен во главе особого корпуса, которому предстояло занять Гельсингфорс и Або, с взятием которых Петр I рассчитывал склонить Швецию к подписанию мира. Финская кампания началась в конце апреля 1713 года. Под командованием Апраксина находилось 200 кораблей гребного флота и 16-тысячный десантный корпус. В начале мая флот подошел к Гельсингфорсу, защищенному с моря береговой артиллерией. Русский десант, высаженный на берег под прикрытием своей корабельной артиллерии, захватил город, вынудив шведов отступить к Борго. Город был превращен в промежуточную базу для развертывания дальнейшего наступления. Затем русские войска двинулись к Або, который был занят без боя 28 августа 1713 года. Захватив военные трофеи, войска отошли на зимние квартиры в Петербург. Заслугой Апраксина в этой кампании явилось то, что он смог в короткий срок хорошо подготовить гребной флот и десант к боевым действиям, а в ходе самой кампании обеспечить войска всем необходимым для успешного проведения военных операций.
В следующем году была поставлена задача – завершить завоевание Финляндии и утвердиться на побережье Ботнического залива. Гребной флот, который снова возглавил Апраксин, направился к Гельсингфорсу, а парусный вышел под флагом Петра I к Ревелю. Парусный флот должен был прикрывать гребной на случай нападения противника. На подходе к Гельсингфорсу флот Апраксина был встречен шведской эскадрой в составе 16 линейных кораблей и 12 более мелких судов, преградивших проход русской флотилии. Вступить в бой со значительно превосходящим по численности и силе противником Апраксин не решился и, не взяв на себя ответственность за дальнейший ход событий, обратился к Петру. Изучив обстановку, Петр I принимает неординарное решение, ставшее для шведов неожиданным. Используя полный штиль и совершив диверсию в тылу шведского флота, русская гребная флотилия с боем прорвалась мимо шведской эскадры, нанеся последней значительный урон. Сам Апраксин не принимал участия в этом бою, оставаясь во главе резервного отряда кораблей. Эта победа заставила шведов полностью очистить Финский залив и позволила России выйти в Балтийское море. Хотя всей операцией руководил лично Петр I, лавры победителя достались и Апраксину как командующему гребным флотом.
В 1714 году над Апраксиным было назначено первое следствие по обвинению в злоупотреблениях в подведомственных ему частях. Несмотря на то что сам Апраксин был признан невиновным, из-за того, что он допустил злоупотребления среди подчиненных, он был «оштрафован».
Апраксин продолжал командовать гребным флотом и руководил боевыми действиями в районе Або-Оландского архипелага, где шведы продолжали оказывать сопротивление. Часто во главе отрядов гребных кораблей он проводил смелые, дерзкие набеги, и Петр писал ему, чтобы он «не вдавал себя в азарт». Обычно Апраксин отвечал на это, что «он иначе поступать не может, так как шведы, как диаволы, вертятся у Гангута…».
После овладения всей Финляндией Апраксин был поставлен фактически во главе управления занятыми землями, имея ближайшим помощником князя М.М. Голицына, а должность губернатора исполнял граф Густав Отто Дуглас. Сам Апраксин правил Финляндией из Петербурга, сохранив за собой управление краем до 1719 года. В 1716 году, командуя галерным флотом, Апраксин действовал против шведов в Финляндии, а в 1717 году, командуя корабельным флотом в Балтийском море, он произвел высадку на остров Готланд. Высадив на остров десант в количестве 900 человек и не встретив со стороны шведов никакого сопротивления, отряд продвинулся вглубь острова на 5 миль и захватил большое количество продовольствия и скота, предназначавшегося для обеспечения питанием шведских экипажей. Узнав об этой вылазке, Петр I остался весьма доволен действиями Апраксина.
В 1717 году Апраксин занял высшую должность в военно-морском флоте, став президентом Адмиралтейств-коллегий и сенатором. Это назначение положительно сказалось на всех сторонах жизни флота в целом и личного состава в частности, у которого Апраксин пользовался заслуженным уважением и авторитетом.
В 1718 году он становится вторым членом следственной комиссии по делу цесаревича Алексея Петровича. И в том же году «за злоупотребления» он вторично был подвергнут аресту и даже лишению имущества и достоинства, но затем, принимая во внимание его прежние заслуги, дело ограничилось денежным взысканием.
В мае 1719 года граф Апраксин был назначен эстляндским генерал-губернатором и отправлен в Финляндию для руководства армией и флотом. Петр вручил ему инструкцию, которой он должен был строго руководствоваться при проведении операций на побережье Швеции. Впервые за период Северной войны русскому флоту пришлось проводить такие широкомасштабные операции с использованием многотысячных десантных войск и основных сил как гребного, так и парусного флотов. Опыта подобных операций русское командование не имело, поэтому и Апраксин, и все те, кто были привлечены к военным действиям, проводили тщательную подготовку и разрабатывали детальный план операции. Но вся ответственность за действия войск легла на Апраксина. Он привлек местных жителей в качестве лоцманов и детально изучил фарватер, так как сложный рельеф побережья затруднял подходы кораблей к берегу. Проведя тщательную разведку, были разработаны маршруты следования кораблей и места высадки войск. Для зашиты фарватера и мест высадки был выделен специальный отряд судов. Всего в подчинении у Апраксина находилось около 26 тысяч десантных войск, свыше 230 гребных судов различных типов и эскадра парусного флота в составе 21 линейного корабля, 5 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 12 вспомогательных судов. По плану высадка десанта проводилась на широком фронте севернее и южнее Стокгольма. Операция началась 13 июля 1719 года. Шведы, застигнутые врасплох, оказывали слабое сопротивление, но в некоторых местах, где стояли значительные гарнизоны шведских войск, произошли серьезные бои. Основной удар десанта был направлен на разгром промышленных объектов. Так, в районе между Стокгольмом и Норчепингом, где действовал гребной флот под личным командованием Апраксина, были разрушены заводы по переработке меди и железа, уничтожены рудники и шахты, захвачены или сожжены десятки торговых кораблей. Боевые действия продолжались более месяца. Швеции был нанесен огромный урон. Но, рассчитывая на помощь Англии, шведское правительство не спешило заключить мирный договор с Россией.
