В 1687 году Евгений Савойский, преследуя турок, разбитых при Герсане, проник с полком до самого их укрепленного лагеря и, спешив драгун, взял штурмом последний турецкий оплот. В начале 1688 года он был произведен в генерал-лейтенанты, взойдя первым на брешь при взятии Белграда.
С началом войн Великого союза (1689—1697) Евгений Савойский был назначен командующим имперскими войсками, посланными в Италию на помощь Виктору-Амедею II, герцогу Савойскому, с которым он находился в родстве. Здесь его главным противником стал один из лучших французских полководцев маршал Катина, которому Евгений Савойский стал достойным противником.
Но в лице герцога Виктора-Амедея, не обладавшего необходимыми способностями для лидера, Евгений нередко встречал помеху своим планам. При Стаффорде в 1690 году Виктор-Амедей, вступив в бой с французами, едва не был разбит и спасен лишь благодаря храбрости и распорядительности Евгения Савойского. Такая же ситуация повторилась и в сражении при Марсалии.
В июле 1691 года Евгений Савойский после упорного боя вынудил французов снять осаду крепости Кони и отступить за реку По. В следующем году Евгений добился разрешения начать вторжение в Дофинэ и Прованс, тем самым поставив французские войска перед угрозой поражения, что имело бы серьезные последствия и для самой Франции. Он уже овладел несколькими пограничными крепостями, как внезапно герцог Виктор-Амедей опасно заболел, и наступление союзного авангарда было остановлено. В 1693 году за победы в Италии Евгений Савойский был произведен в фельдмаршалы, что было огромным достижением для 30-летнего иностранца, не имеющего ни денег, ни могущественных покровителей. Эта война также дала Евгению ценный военный опыт. Уже в то время его раздражало постоянное применение осторожными итальянскими генералами осады, которым он стремился доказать, и небезуспешно, что только в движении и неожиданных нападениях таится ключ к победе.
Теперь военная репутация Евгения Савойского была так высока, что сам Людовик XIV начал звать его на свою службу, предлагая звание маршала, наместничество в Шампани и 20 тысяч ливров содержания. Однако Евгений твердо ответил, что обязан австрийскому императору благодарностью, а в деньгах не нуждается.
В 1697 году он вновь был послан действовать против турок в Венгрию. Он был назначен верховным главнокомандующим. Это была первая кампания, в которой Евгений действовал самостоятельно и свободно. Главной его победой в этой кампании стал разгром турецких войск под Зентой. Прибыв к войскам, он нашел их в крайне бедственном положении. За несколько недель он сумел привести армию в порядок и поднять ее боевой дух. Подойдя с войсками 11 сентября 1697 года к реке Зенте, Евгений Савойский обнаружил построенный турками мост для переброски войск в Трансильванию. К тому моменту часть турецкого войска уже сумела переправиться, а к Евгению прибыл курьер с императорской депешей, в которой ему запрещались решительные действия и предлагалось ограничиться обороной. Однако принц, догадываясь, какой приказ содержится в пакете, не вскрыл его. Понимая, что медлить нельзя, он совершенно неожиданно для турок напал на их лагерь и, применив двойной охват противника, сумел прижать его к реке. После продолжительного боя австрийские войска уничтожили 20 тысяч турок, и еще 10 тысяч в панике бежали к реке, при переправе через которую многие утонули. Потери армии Евгения Савойского составили 300 человек убитыми и 200 ранеными.
За нарушение приказа председатель гофкригсрата генерал Капрара, поддавшись внушениям завистников и личной вражде к Евгению, настаивал на предании его военному суду. Однако, учитывая общественное мнение и то, что победителя не судят, император Леопольд не только не осудил принца, но и поставил его во главе армии в Венгрии, даровав полную независимость от гофкригсрата.
После победы при Зенте Евгений Савойский повернул армию на юг, совершив набег на Боснию и отвоевав Сараево. Его дальнейшие военные успехи способствовали заключению в 1699 году выгодного для Австрии Карловицкого мира, в результате которого в состав империи вошли большая часть Венгрии, Хорватия, Трансильвания и почти вся Словакия. В Вену Евгений вернулся героем. Кроме славы он заимел еще и врагов, которые завидовали его военным удачам.
Война за испанское наследство (1701—1714) стала высшим достижением полководческого искусства Евгения Савойского. Ему пришлось воевать с самыми разными противниками, быть союзником или врагом большинства крупнейших полководцев того времени.
Начало кампании 1701 года ознаменовалось труднейшим переходом 30-тысячной армии Евгения Савойского через Тридентские (Тирольские) Альпы. Фактически армия Евгения Савойского первой открыла военные действия, в то время как армии остальных стран лишь готовились к ним. Его войска сосредоточились в Тироле, делая вид, что готовятся отсюда перейти в наступление. В ответ на это французская армия под командованием Катины заняла позицию в ущелье Риволи с целью не допустить продвижения австрийцев. Но Евгений, произведя тайную разведку труднопроходимого перевала в горах, в течение долгого времени не использовавшегося войсками, преодолел его и вышел на равнину, совершив глубокий обход к востоку. Наращивая полученное таким образом преимущество дальнейшими маневрами, которые часто вводили противника в заблуждение относительно его намерений, Евгений Савойский вовлек французов в гибельное для них наступление в районе Чиари (вблизи Брешии). Это привело к полному отступлению французов из Северной Италии, занятой австрийскими войсками.
Кампанию 1702 года Евгений Савойский начал внезапным нападением на Кремону, где в это время находился маршал Виллеруа, заменивший Катину после неудач в кампании предыдущего года. По мнению французов, осада или атака этого города зимой были невозможны. Но Евгений разработал смелый план взятия города при одновременном ударе снаружи и изнутри. С этой целью в город по бездействующему каналу проникли 4 тысячи человек из его армии и, начав действовать в самом центре города, привели французов в смятение, а маршал Виллеруа был взят в плен. Но план не удалось осуществить до конца и город захвачен не был, так как у австрийцев боеприпасы оказались на исходе. Скоро на австрийские войска обрушились превосходящие силы под командованием маршала Вандома. Однако, обладая вдвое меньшими силами, чем их имел французский главнокомандующий, Евгений Савойский все же сумел удержать завоеванные в Италии территории. Одной из главных трудностей, встретившихся ему в Италии, стало отсутствие традиционной магазинной системы снабжения войск. Принц сумел преодолеть эти затруднения, научившись извлекать все необходимое в занятых им итальянских землях.
В 1703 году Евгений Савойский вернулся в Австрию и был назначен председателем гофкригсрата, и к нему перешло высшее руководство военными делами империи. На этой должности Евгений подготовил ряд реформ, улучшающих и укрепляющих императорскую армию. Среди мероприятий, проведенных им, были: реформа об отмене продажи чинов на военной службе, создание сильной подвижной кавалерии, организация складов хранения припасов и в связи с этим постановление, запрещающее нахождение армии более чем в пяти днях пути от главного магазина. Также он уделял большое внимание жизни и службе простых солдат. В том же году под его руководством было подавлено восстание Ференца Ракоци, вспыхнувшее в Венгрии.
В 1704 году Евгений Савойский вернулся к действительной службе и вместе с герцогом Мальборо одержал победу над франко-баварскими войсками при Бленхейме 13 августа 1704 года. Во время битвы Евгений нанес главный удар по левому флангу французских войск. В лобовой фронтальной атаке он проявил себя таким же мастером, как и в реализации дерзких неожиданных нападений на противника. И хотя его атака была дважды отражена, Евгений смог не только повторить ее, но и поддержать герцога Мальборо, войска которого контратаковали французы. Триумф этого сражения был достигнут благодаря блестящему содружеству двух великих военачальников. Их отношения были настолько гармоничными, а сотрудничество лишено и тени эгоизма, что они нашли свое отражение в медали, отчеканенной в честь победы, на которой Евгений Савойский и герцог Мальборо изображались как мифологические братья-близнецы Кастор и Полидевк. Эта победа сразу привела к отпадению Баварии от союза с Людовиком XIV.
