Первые статьи Пирса по логике и философии начали публиковаться в 1867–1868 годах» Его логические работы привлекли внимание немногих специалистов, философские же оставались по сути дела незамеченными. В начале 1870-х годов в Кембридже Пирс и несколько других академических деятелей образовали дискуссионную группу, которую Пирс в своих воспоминаниях называл «Метафизическим клубом». В эту группу входили математик, естествоиспытатель и философ Райт, юрист Холмс (впоследствии член Верховного суда США и крупнейший прагматистский теоретик права), физиолог и психолог Уильям Джемс, историк и социолог Фиске, теолог и философ Эббот, еще один юрист Грин и некоторые другие. Организующим центром «клуба» был Пирс, его идейным вдохновителем — Райт.
На одном из заседаний «клуба» Пирс сделал доклад, в котором изложил некоторые идеи разработанной им в то время теории познания, составившие ядра того учения, которое впоследствии приобрело известность под именем прагматизма. Этот доклад был переработан и опубликован в 1877–1878 годах в журнале в виде двух самых известных статей Пирса «Закрепление верования» и «Как сделать ясными наши идеи».
Что касается педагогической работы Пирса, то она продолжалась в общей сложности лишь около восьми лет. В 1860-х годах ему несколько раз поручалось проводить занятия по логике и философии со студентами Гарвардского университета, а с 1879 по 1884 год он преподавал логику в университете Джона Хопкинса. Но несмотря на все его старания и ходатайства некоторых влиятельных людей, среди которых особенно много усилий приложил У. Джемс, Пирсу не удалось получить профессуру ни в университете Джона Хопкинса, ни в Гарварде, ни в каком-либо другом месте. Хотя огромная эрудиция Пирса, ценность его естественнонаучных работ и его одаренность как логика ни у кого не вызывали сомнений, двери всех университетов, за исключением редких приглашений для чтения отдельных лекций, оставались закрытыми до конца его дней.
Пытаясь объяснить этот удивительный факт, биографы Пирса обычно ссылаются на его тяжелый характер, на его неуживчивость, высокомерие и сумасбродство, на неумение ладить с людьми и в особенности с начальством Ч. Элиота, президента чопорного Гарвардского университета, настораживали также слухи о слишком свободном образе жизни Пирса и о его пристрастии к вину.
Весьма отрицательную роль сыграли и некоторые семейные обстоятельства в 1863 году Пирс женился на девушке из респектабельного бостонского семейства, которая, однако, в 1876 году бросила его и с которой он официально развелся семь лет спустя, чтобы жениться вторично на француженке Жюльетте Фруасси. Этот второй брак, по-видимому, был вполне счастливым, но моральная репутация Пирса в глазах бостонского общества пострадала непоправимо. Однако главная причина неудачи Пирса на академическом поприще крылась в его подходе к науке, в понимании им задач университета.
С точки зрения обычных университетских стандартов Пирс был нежелательной фигурой. Он совершенно не мог приспособиться к монотонной университетской жизни, нарушал заведенные порядки, пропускал занятия, а во время лекций совершенно не заботился о понятности и систематическом характере изложения.
Уильям Джемс, верный друг и покровитель Пирса, оказавший ему множество услуг, в 1894 году писал: «Что касается Чарлза Пирса, то это наиболее удивительный пример таланта, не способного сделать карьеру. Он человек настолько уже сформировавшийся, с довольно устойчивыми полубогемными привычками, но без привычки к преподаванию, что было бы рискованно дать ему назначение. Я не уступлю никому в восхищении его гениальностью, но у него склонный к парадоксам и необщительный ум, и он не заботится о том, чтобы ладить с людьми, с которыми он общается. При всей этой любопытной мизантропии в его характере есть черты чувствительности и мягкости, но столь незначительные, что они всегда удивляют меня, когда я с ними встречаюсь. Все же он гений, и я с жадностью ожидаю результатов его работы».
Как педагог Пирс всегда делал ставку на небольшую группу избранных, наиболее одаренных слушателей, которые могли легко схватывать разбрасываемые им намеки и самостоятельно развивать их дальше. Он, видимо, совсем не интересовался основной массой рядовых студентов. Эта же черта проявлялась и в его общении с людьми. Еще в доме своего отца Пирс с детства привык встречаться с наиболее видными учеными и другими знаменитостями того времени.
В последствии не без доли тщеславия он вспоминал, что «все ведущие ученые, в особенности астрономы и физики, посещали наш дом», и подробно перечислял именитых друзей его семьи. Пирс хорошо себя чувствовал только среди тех, кого он считал в интеллектуальном отношении по меньшей мере равными себе. И в личных отношениях, и в научной работе он ориентировался на своего рода духовную аристократию. Сочетание академического аристократизма и бостонского снобизма не было случайной и незначительной чертой характера Пирса, но особенностью всего его подхода к научной работе, тесно связанного с пониманием природы и задач научного познания вообще.
В частности, Пирс не разделял традиционного представления о назначении университета как учреждения, целью которого должно быть обучение студентов. В статье, написанной в 1891 году, Пирс определял университет как «объединение людей для научных занятий», для выработки методов научных исследований и открытий. Задача университета, по мысли Пирса, должна состоять не в сообщении студентам определенной суммы сведений, а в развитии у них способности самостоятельно решать проблемы, выдвигаемые жизнью. Подобные взгляды воспринимались администрацией университетов чуть ли не как покушение на самые устои университетской жизни.
Потеряв надежду на получение профессуры, Пирс продолжал службу в Береговом и геодезическом управлении, посвящая свободное время разработке своих логических и философских идей. После получения небольшого наследства он в 1891 году вышел в отставку и поселился в маленьком городке Милфорде, где и провел почти в полном уединении последние двадцать лет своей жизни.
В конце 1890-х годов Пирс был уже далек от своих прагматистских идей двадцатилетней давности. Но именно в это время с легкой руки Джемса прагматизм почти мгновенно вошел в моду, о прагматизме заговорили философские журналы, число сторонников прагматизма начало быстро увеличиваться, и Пирс неожиданно для себя оказался если и не главой, то во всяком случае признанным основоположником философского направления.
Новоиспеченные прагматисты не только подняли на щит старые идеи Пирса, но и по-своему истолковали их. Как замечает Мерфи, «Пирс оказался теперь в невыносимой интеллектуальной ситуации.
Когда в 1898 году Джемс прочитал свою калифорнийскую речь, Пирс был в американской философии забытым человеком и находился в отчаянно трудном материальном положении. Всегда верный Джемс снова пришел к нему на помощь в час жестокой нужды и дал ему шансы не только на известность, но и на деньги, которые эта известность могла принести посредством статей и лекций. Поэтому по финансовым и личным мотивам Пирс не мог отказаться от прагматистской доктрины, но не мог и честно и безоговорочно принять ее».
Правда, Пирс скоро понял, что прагматизм может сыграть большую политическую и идеологическую роль. В письме к Джемсу в ноябре 1902 году он писал: «Вы чувствуете так же, как и я, что значение прагматизма не ограничивается философией. В настоящее время страна находится в постоянной опасности, о чем мне нет нужды распространяться». Термин «прагматизм» означает направление в философской мысли, которое считает, что философия должна иметь практическую направленность. Ценность или отсутствие ценности мышления ставится в зависимость от того, является ли оно действием, служит ли оно действию, жизненной практике (прагматизм как философия успеха).
Кто был изобретателем термина «прагматизм» — не знал точно даже сам Пирс. Так, в письме к Джемсу от 10 ноября 1900 году он писал «Кто произвел на свет термин «прагматизм», я или Вы? Где он впервые появился в печати? Что Вы понимаете под ним?»