В этот период начинается новое служебное возвышение Бэкона. В1616 году он назначается членом Тайного совета, на следующий год — хранителем большой печати, в 1618-м — лордом — верховным канцлером и пэром Англии. Король явно благоволит к Бэкону, фамильярно называя его своим добрым правителем, и, уезжая в Шотландию, поручает ему на время своего отсутствия управление государством. В свою очередь лорд-канцлер попадает под влияние «до сумасшествия высокомерного» Бэкингема и оказывается втянутым в целый ряд его неприглядных махинаций. По замечанию историков, годы канцлерства Бэкона были самыми позорными годами ставшего прологом английской революции царствования Якова I.

В государственном аппарате процветали казнокрадство и взяточничество, королевский двор еще никогда не был столь расточителен, в стране усилились политические и религиозные гонения. В сентябре 1618 года Бэкон получил титул барона Веруламского (Верулам — название разрушенного римского городка, который Бэкон затеял вновь построить в древнем стиле).

Тщеславный, купавшийся в роскоши Бэкон равнодушно смотрел, как казнили достойных людей, составлявших честь и славу своего века, только потому, что они не имели счастья угодить Бэкингему.

22 января 1621 года он отпраздновал шестидесятилетие своего рождения в кругу друзей и почитателей, воспетый поэтом Джонсоном, который пользовался такой славой у современников, что его ставили выше Шекспира. Через несколько дней Бэкингем торжественно наградил Бэкона титулом виконта Сент-Альбанского. Но через три дня по инициативе Якова I, остро нуждавшегося в субсидиях, собрался новый парламент. Депутаты высказали свое недовольство ростом монополий, с раздачей и деятельностью которых было связано множество злоупотреблений. Парламент привлек к судебной ответственности наиболее ненавистных предпринимателей-монополистов. Комитет нижней палаты, ревизовавший дела государственной канцелярии, предъявил обвинение во взяточничестве лорду-канцлеру. Король в своем послании общинам предложил образовать специальную комиссию по расследованию этого дела из членов обеих палат. Лорды поддержали обвинение против Бэкона, и он предстал перед судом на котором признал свою вину и отказался от защиты.

Бэкона приговорили к уплате 40 тысяч фунтов штрафа, заключению в Тауэр, лишению права занимать какие-либо государственные должности, заседать в парламенте и быть при дворе. Через два дня он был освобожден из заключения, а вскоре освобожден и от штрафа. Ему было разрешено являться ко двору, и в следующем парламенте он уже мог занять свое место в палате лордов. Но его карьера государственного деятеля была загублена.

«Возвышение требует порой унижения, а честь достается бесчестием. На высоком месте нелегко устоять, но нет и пути назад, кроме падения или по крайней мере заката — а это печальное зрелище» — писал Бэкон в эссе «О высокой должности».

Справедливость этих слов подтвердила и судьба их автора.

В 1620 году Бэкон опубликовал свое основное философское сочинение — «Новый Органон» — по замыслу вторую часть так и незавершенного главного труда своей жизни — «Великого Восстановления Наук». Теперь он весь отдается творчеству. Он составляет сборник английских законов, работает над историей Англии при Тюдорах, готовит третье издание «Опытов или наставлений» и, наконец, в 1623 году публикует свой самый объемистый труд «О достоинстве и приумножении наук» — первую часть «Великого Восстановления Наук».

В эти же годы он пишет утопию «Новая Атлантида». Свой «Новый Органон» Бэкон посвятил Якову I, который, по его словам, напоминал ему мудреца Соломона. Перед очами Якова I он и «зажег новый светильник во мраке философии прошлого». На обложке «Нового Органона» был нарисован корабль, готовый пройти Геркулесовы столбы Бэкон теперь считал себя просветителем мира, посланным свыше. А прежде он отличался большею скромностью, когда писал лорду Солсбери: «Я только звонарь, который встал раньше других для того, чтоб всех созвать в церковь».

Король выделил ему пенсию в 1200 фунтов, это, вместе с другими его доходами, составляло более 15 тысяч фунтов. Но Бэкону с его наклонностью к безумной роскоши этого, конечно, было мало. Ему пришлось проститься с Йорк-хаусом, дом, в котором он родился, перешел в руки герцога Бэкингема. Горгамбури пришлось заложить, и это когда-то роскошное поместье сохранило только свои великолепные деревья. Приезжая в Лондон, Бэкон иногда останавливался у своих родственников, но большей частью в Грейс-Инн.

Личная жизнь мыслителя осталась незапятнанной, одевался он всегда просто, вел правильный образ жизни, не предавался азартным играм, обращался со всеми приветливо и отличался большим остроумием. Бэкон записывал свои меткие изречения. Перед сном он обязательно выпивал стакан пива. Философ говорил, что на его здоровье действуют фазы Луны, весною, во время дождя, он выезжал в открытом экипаже, утверждая, что это очень полезно для здоровья. Любовь к лести и к превосходству не помешала ему окружить себя достойными друзьями.

Современники рассказывали, что сэр Фрэнсис Бэкон любил диктовать свои афоризмы, гуляя в саду. Одним из любимых им секретарей, который записывал его мысли и переводил его труды с латинского языка на анпийский, был Томас Гоббс, будущий великий философ. Первым плодом его мирной, уединенной жизни явилась история Генриха VII, которую он хотел довести до царствования Генриха VIII и Елизаветы. Это сочинение вызвало общий интерес, но не имело большого успеха, несмотря на то что обладало значительными достоинствами. Локк считал этот труд образцовым. К этому же времени относятся труды Бэкона по законодательству, которыми до сих пор пользуются специалисты по этой части.

Здесь, как и всегда, Бэкон от частных вопросов переходит к общим, он начал с рассмотрения законов Англии и кончил знаменитым введением в историю законодательства, известным под заглавием «О всеобщей справедливости и источниках права». Этот труд был мечтой философа-энциклопедиста.

Бэкон увлеченно изучал природные явления. Он записывал рассуждения о происхождении ветров, о жизни и смерти, о звуке, о плотности тел. Популяризируя свои идеи, Бэкон написал книгу об утопическом государстве «Новая Атлантида» (опубликована посмертно в 1627 году). В этом произведении Бэкон описывает удивительные для его времени научно-технические достижения, преобразующие жизнь человека здесь и комнаты чудесного исцеления болезней и поддержания здоровья, и лодки для плавания под водой, и различные зрительные приспособления, и передача звуков на расстояния, и способы улучшения породы животных, и многое другое.

Несмотря на то что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека, Бэкон считал, что успехи науки касаются лишь «вторичных причин», за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что прогресс естествознания хотя и губит суеверия, но укрепляет веру. Он утверждал, что «легкие глотки философии толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии».

В последний год своей жизни Бэкон напечатал последнее, самое полное издание «Опытов» и перевод нескольких псалмов в стихах. О своем поэтическом таланте он и сам был невысокого мнения.

2 апреля 1626 года была холодная погода, шел снег Бэкон катался в экипаже с медиком короля, и ему пришла мысль испытать действие снега на предохранение от гниения органических веществ. Он вышел из экипажа и, купив у одной крестьянки зарезанную курицу, тут же собственноручно обложил ее снегом. По всей вероятности, от этого он простудился, причем заболел так быстро, что вынужден был остановиться в доме графа Арунделя. Он написал письмо графу, извиняясь, что поселился в его доме без спроса.

Это было последнее письмо Бэкона, в нем есть и такие строки «Я чуть было не подвергся участи Плиния, который умер, приблизившись к Везувию, чтобы лучше наблюдать извержение». В конце письма он сообщает графу, что опыт как нельзя более удался. Ему было тогда шестьдесят шесть лет.