С этого началась постепенная перестройка духовной и политической жизни Женевы.
Многочисленные проповеди, религиозное обучение детей и взрослых, строгий надзор за нравственностью жителей постепенно продвигали дело Реформации. Мало-помалу город терял свой обычный вид, вместо прежней шумной веселости в нем водворялась почти монастырская тишина. Разумеется, это нравилось далеко не всем. Многие женевцы стали опасаться, что с таким трудом обретенная свобода скоро будет подавлена тиранией проповедников. Оппозиция росла с каждым днем. В 1538 г. горожане избрали новый городской совет, не так лояльный к Кальвину и Фарелю, как прежний. Тем не менее те отказывались идти на какие-либо уступки и не пожелали, как того хотел совет, причащать прихожан на Пасху пресным хлебом (такой обычай был в Берне). Тогда возмущенные женевцы выгнали обоих из церкви, а совет предписал им в трехдневный срок покинуть город. Кальвин воспринял этот указ с полным спокойствием. «Если бы мы служили людям, — сказал он, — то были бы плохо вознаграждены, но мы служили Богу, и награда от нас не уйдет».
Из Швейцарии он отправился в Страсбург, где стал лектором при протестантской академии и проповедником во французской церкви Св. Николая. Очень скоро ему удалось сплотить всех французских протестантов, проживавших в этом городе, и провести в их общине те же преобразования, которые были начаты им в Женеве. Для восстановления нравственности Кальвин отлучил от церковного общения всех недостойных и допустил их обратно к причастию не раньше, чем они исправились.
Его лекции в академии привлекли массы слушателей из разных концов Франции. Их приезжали послушать даже англичане. В 1539 г., желая прочно осесть в Страсбурге, он принял местное гражданство, а в 1540 г. женился на небогатой вдове Иделетте Штордер. Брак этот, сложившийся скорее из рассудочных соображений, чем под влиянием чувств, оказался тем не менее очень счастливым.
Между тем положение дел в Женеве постепенно принимало благоприятный для Кальвина оборот. После отъезда сурового проповедника в городе вновь водворились моральная распущенность и беспорядок. Подняли голову тайные католики. К тому же партия, добившаяся победы в 1538 г., скомпрометировала себя позорными уступками Берну. Авторитет ее резко упал. В Женеве началось сильное брожение умов. Опасаясь беспорядков, городской совет в сентябре 1540 г. предложил Кальвину вернуться. Он отказался. В октябре к нему было отправлено официальное приглашение, составленное в самых почтительных выражениях: его просили вернуться к прежней деятельности, «так как народ этого очень желает».
Кальвин отвечал послам в довольно неопределенных выражениях, но при этом дал понять, что полномочия простого проповедника его не устраивают: если он и вернется в Женеву, то в единственной роли — восстановителя разрушенной церкви.
Горожане согласились на это условие. Но Кальвин все медлил с приездом, ссылаясь на разные дела. Он вернулся только в сентябре 1541 г.
Его возвращение напоминало триумфальное шествие навстречу ему был выслан герольд, весь народ высыпал на улицы и приветствовал его восторженными криками, городской совет выказал ему подобострастное внимание. Кальвин вернулся настоящим победителем. На первом же заседании совета, после извинений за долгое промедление, он предложил без отлагательств приступить к наведению порядка в церкви. В тот же день была назначена комиссия из шести членов совета, которая должна была помогать Кальвину в выработке нового церковного устава. В конце ноября этот проект уже был принят советом и утвержден генеральным собранием граждан. Таким образом, были указаны общие черты будущего церковного и гражданского устройства республики. Суть их сводилась к следующему.
Кальвин разделил людей, призванных к заведованию церковными делами, на четыре категории: проповедников (пасторов), учителей, старейшин и диаконов Первенствующая роль среди них принадлежала пасторам «Проповедники, — писал Кальвин, — это слуги божественного слова; они должны учить, увещевать народ, раздавать причастие и вместе со старейшинами налагать церковные наказания».
Всякий кандидат на это звание подвергался испытанию в конгрегации (коллегии) проповедников. Если результат испытания оказывался удовлетворительным, то на него, по апостольскому обычаю, возлагали руки, и он считался избранным. После этого проповедник представлялся совету, который имел право отвергнуть выбор духовенства. Если совет не возражал, то об избрании нового проповедника возвещалось во всех церквах. Любой гражданин, имевший для того серьезные основания, мог также сделать свои возражения. Однако, когда проповедник окончательно утверждался в своей должности, сместить его можно было только за уголовное преступление или ересь. Обязанности его не ограничивались только проповедью, а распространялись на всю религиозно-нравственную жизнь общины.
Увещеваниями, предостережениями и наставлениями он должен был содействовать прославлению Бога и воспитанию богобоязненного поколения. Роль церкви в жизни города была чрезвычайно велика. Конгрегация проповедников, собиравшаяся каждую неделю под руководством самого Кальвина, обсуждала не только богословские, но и политические вопросы. Вскоре ее значение сравнялось со значением совета. Другим важным органом женевской республики стала консистория, или коллегия старейшин.
Ее членами были шесть городских проповедников и 12 мирян, избираемых из числа членов совета. Цель консистории состояла в том, чтобы «надзирать за жизнью каждого члена общины», преследуя богохульство, идолопоклонство, безнравственность и все то, что противоречило учению Реформации. По сути она представляла из себя нечто среднее между инквизиционным трибуналом и судебной инстанцией.
Параллельно с церковным переустройством Кальвин занимался гражданскими реформами. К 1543 г. возглавляемая им комиссия навела строгий порядок в государственном управлении: были определены рамки для деятельности различных государственных органов, в ясных и точных выражениях обозначены обязанности должностных лиц. В данных вопросах Кальвин не допускал никаких мелочей. Так он лично написал подробные инструкции для смотрителей за постройками, для пожарной команды и даже правила для ночных сторожей. На всех его учреждениях лежала печать суровой неумолимой законности и педантичного порядка, которые составляли основу его личного характера.
Через несколько лет управления Кальвина никто бы не узнал в преобразованной Женеве прежнего свободного, оживленного города. Шумная жизнь сменилась мрачной сосредоточенностью. Повсюду утвердились строгая религиозность, порядок и дисциплина. Кальвин считал, что человек по своей природе склонен к злу и возмущению, поэтому над ним должна всегда тяготеть сдерживающая узда. Власть, истинно угодная Богу, должна быть непременно строга — ей чужды сострадание, милосердие и другие человеческие слабости. Этой мыслью были проникнуты и все его преобразования. Кальвин просмотрел женевское законодательство и значительно изменил его в сторону ужесточения. За многие правонарушения, к которым прежде относились достаточно снисходительно, теперь была введена смертная казнь. Так смерть полагалась богохульнику, сыну, ударившему отца, нарушителям супружеской верности и т. п. Сквернословие каралось тюремным заключением. В первые четыре года правления Кальвина было вынесено 58 смертных приговоров, а 76 человек подверглись изгнанию. Судопроизводство отличалось чрезвычайной жестокостью. К примеру, только за несколько месяцев 1545 г. от пыток во время следствия погибли 34 человека. (Не только граждане Женевы, но и приезжие попадали иногда под действие суровых законов. В 1553 г. по дороге в Италию в Женеве остановился известный врач и вольнодумец Михаил Сервет. Кальвин добился его ареста и осуждения. В октябре того же года Сервет был публично сожжен на костре.)
Кальвин был совершенно лишен чувствительности к красотам природы, к поэзии и искусству. На землю он смотрел как на юдоль плача и скорби, а на земную жизнь — как на подготовительную ступень к жизни загробной, и этот дух аскетизма он вскоре привил женевцам. Борясь с неумеренной роскошью, Кальвин разработал подробную регламентацию малейших деталей быта своей паствы. Так, были строго определены цвет и фасон костюмов, качество материи, характер причесок и даже максимальное число блюд на пирах. Малейшее отступление от этих норм каралось штрафами и тюремным заключением. Запрещены были театральные представления, игры, танцы, музыка, светские песни, шумные празднества. Все трактиры были закрыты.