Барт возглавил кампанию по сбору средств среди населения, в результате чего стало возможным учредить поисковую экспедицию, которой было дано задание «выяснить судьбу Фогеля, спасти документацию и завершить его научные начинания, а именно исследования района между Нилом и озером Чад». Но поскольку возглавленная Теодором Хейглином (1824–1876) экспедиция не придерживалась разработанного Бартом маршрута, он распорядился отозвать ее. Это привело к разногласиям с Петерманом, поддержавшим стремление путешественников по своему усмотрению изменить курс, так как он был заинтересован в разнообразной информации для своих «Географических сообщений».
Вторая организованная Бартом экспедиция для обеспечения сохранности наследия Фогеля (к тому времени сообщения о его трагической гибели подтвердились) под руководством Морица Бойрмана (1835–1863) не увенчалась успехом, так же как и третья, проводившаяся под руководством Клауса Деккена (1833–1865).
Богатый практический опыт и обширные знания позволили Барту стать главным консультантом в деле исследования Африканского континента. Обилие писем свидетельствует о большой поддержке, которую он оказывал ученым, а также и о том, как были важны его исследования в эпоху колониализма, которые вопреки человеконенавистническим буржуазным теориям были направлены на утверждение гуманности и человеколюбия.
В этот период своей жизни Барт развернул обширную публицистическую деятельность. Многие его труды были напечатаны, в частности, в «Журнале общей географии». Ученый снискал себе признание и как редактор и комментатор путевых заметок многих своих коллег.
С чувством глубокой симпатии Барт следил за всеми научными экспедициями. После возвращения Ливингстона в 1857 году он выступил с торжественной речью. Ливингстон, со своей стороны, посвятил ему свою книгу со словами: «Д-ру Генриху Барту посвящается эта книга с дружеским приветом и высоким признанием его заслуг в открытии Африки; от друга и соратника Давида Ливингстона. Лондон, 29 октября 1857 года».
С другими учеными, прежде всего с Георгом Швейнфуртом (1836–1925) и Герхардтом Рольфсом (1831–1896), он в качестве их покровителя поддерживал тесные дружеские отношения.
Не менее важными, чем финансовая помощь, были для начинающих путешественников рекомендательные письма Барта. Теперь настал его черед поддержать такими письмами своих молодых коллег. Рольфс попросил его написать всем влиятельным лицам, в особенности Хамед эль-Баккаи в Центральную Африку, ибо никогда нельзя знать, куда забросит человека судьба в подобном путешествии, а Абд эль-Керим оставил везде после себя добрую славу.
Главным трудом всей своей жизни, в основе которого лежали результаты его экспедиций, а также путешествий, предпринятых им в одиночку, Барт считал «Физическую и историческую сравнительную географию Средиземноморского бассейна».
Среди небольших работ особое место по значению занимала статья «Негры и негритянские страны», написанная для «Германского словаря государств мира».
Она свидетельствовала о глубине его познаний в области африканистики и со всей определенностью характеризовала Барта как гуманиста. Он не только рассматривал в 1862 году африканца как равноправного «члена великой человеческой семьи», но и подверг уничтожающей критике «благотворное» влияние европейских культуртрегеров: «Деятельность… европейских наций ограничивалась переброской на побережье [Африки] подонков общества и, с одной стороны, приводила первобытные народы в соприкосновение с худшими сторонами христианского общества, с другой — превращала существовавшее там с древнейших времен местное рабовладение в пагубную работорговлю».
Заслуги Барта теперь были признаны не только у него на родине, но и в других странах, в частности в Англии, и, поскольку не было больше причин для столкновений, отношения его с британским иностранным ведомством улучшились. В 1862 году он был награжден давно обещанным орденом Бани. Однако на приглашения вернуться в Англию, исходившие от такого влиятельного человека, каким был лорд Джон Рассел, Барт ответил отказом. Он больше не верил англичанам, о чем свидетельствовало его письмо свояку: «Я не доверяю английской политике. Сейчас, накануне гражданской войны в Америке, когда англичане рискуют остаться без хлопка, они ищут его в Африке и вновь будут домогаться дружбы с мусульманскими странами. В связи с этим влияние миссионеров должно быть временно ослаблено. Поделом этим лицемерам, которые не стеснялись обвинять меня в приверженности к рабству, когда я в тысячу раз больше сделал для истинного обращения негров глубинной Африки в другую веру, чем все их миссионеры, вместе взятые».
Однако что касалось Пруссии, то там для Барта все оставалось по-старому. Он, правда, получил обещанное ему пособие, но должность преподавателя высшего учебного заведения и тем самым регулярное жалованье все еще заставляли себя ждать. Хотя Карл Риттер предложил философскому факультету его кандидатуру в качестве своего преемника, приглашение Барта на штатную должность заведующего кафедрой географии после смерти его учителя не состоялось. 27 октября 1859 года философский факультет на одном из совещаний рассматривал вопрос о преемнике Риттера. Кандидатами на должность были выдвинуты Генрих Киперт, Фердинанд Мюллер и Генрих Барт. Было решено отложить вопрос о назначении нового профессора, однако согласно распоряжению министра по делам культов 1 января 1860 года это место предоставили Киперту, который значительно больше соответствовал требованиям прусского правительства, чем Барт, настораживавший его своими гуманистическими идеями и политическими взглядами. О тогдашнем образе мыслей ученого можно судить из писем 1859 года: «…становится временами совершенно невыносимо выслушивать все эти речи ультрапруссаков, которые не в состоянии видеть дальше собственного носа». «…Что принесет новый год в отношении политики? Для Германии наверняка ничего хорошего; раздробленность вовне и изнутри — вот судьба, которая, по моему мнению, постигнет Германию, пока воля народа не одержит победу».
И все же друзья Барта сделали попытку добиться для него звания действительного члена Академии наук, членом-корреспондентом которой он был с 1885 года. Ходатайство о присвоении ему этого звания возбудили три члена филолого-исторического отделения: специалист по истории древнего мира Г. Партей, востоковед Г. Петерман и историк Л. Ранке. С ходатайством ознакомили действительных членов Академии наук, после чего состоялось голосование. Однако принятие Барта в действительные члены Академии наук натолкнулось на сопротивление. Восемь членов Академии проголосовали за него, 13 — против. Само собой разумеется, что знающий себе цену, самолюбивый ученый воспринял это поражение как тяжкое оскорбление. Допустим, что недоброжелательность и интриги сыграли здесь не последнюю роль, но многие тогда считали, что немалую долю вины Барт все же должен был приписать себе, своей резкой манере поведения, которая многих от него отталкивала.
После почти шестилетнего пребывания в Африке, где Барт познал вкус свободы и независимости, теперь он не мог приспособиться к обывательско-консервативной среде. Ученый вновь уединяется, не переставая находиться в постоянном конфликте с окружающим миром. Правда, к своим друзьям он по-прежнему был внимателен и готов прийти им на помощь. Отныне с особенной силой в нем вспыхнули родственные чувства. Он охотно и сам обзавелся бы семьей, да все еще не представлялось подходящей возможности. «Во всяком случае, я не женюсь лишь бы жениться, — писал он в начале 1860 года, — а сделаю это, если встречу ту, к которой почувствую неудержимое влечение. Но это решит будущее. В настоящее время мое сердце совершенно свободно, хотя в воспоминаниях я и возвращаюсь с большой симпатией к нескольким представительницам слабого пола, с которыми меня время от времени сводила судьба».
Очень точно охарактеризовал Барта как человека его свояк Густав Шуберт: «О личной жизни Барта я хотел бы добавить следующее. В обиходе он отличался суровостью и скрытностью, и, безразличный ко всему будничному, в дружеском общении, как только разговор касался глобальных вопросов политики и науки, он превращался в увлекательного и экспансивного собеседника. О собственных заслугах Барт не любил распространяться, но, если о них все же заходила речь, он говорил с большой скромностью. Вследствие своей замкнутости Барт плохо разбирался в людях и часто придавал их выступлениям в печати большее значение, чем они того заслуживали. В письменном обмене мнениями он выражался весьма прямодушно, а иногда даже любил употреблять крепкое словцо… Особенно он считался с откликами в зарубежной печати, прежде всего Англии и Франции, но также России, Швейцарии и Италии. Со многими крупными учеными он состоял в оживленной переписке».
