В конце апреля 1859 года Гумбольдт простудился и слег в постель. В берлинских газетах печатались бюллетени о его болезни. 6 мая 1859 года в 14 часов 30 минут Александр Гумбольдт скончался, не дожив четырех месяцев до 90-летней годовщины.

10 мая состоялись торжественные похороны за счет государства. На улицах, по которым шла траурная процессия, фронтоны домов были задрапированы черной материей. Трудно было сосчитать, сколько человек провожало гроб Гумбольдта. Среди траурной процессии было много рабочих, которые шли с обнаженными головами. Похоронили Гумбольдта в семейном склепе в парке Тегеля.

Имя Гумбольдта увековечено на географических картах, в руководствах по зоологии, ботанике и географии. На всех материках земного шара имеются географические объекты, носящие имя Гумбольдта; в Калифорнии целая местность носит название страны Гумбольдта с городком Гумбольдт, стоящим у Гумбольдтова залива. Даже на Луне есть кратер Гумбольдта. Многие растения носят его имя и даже целый пояс растительности в Андах называется «Гумбольдтовым царством». Есть минерал гумбольдтит, журнал «Гумбольдт» и пр.

Гумбольдт не был женат и не имел семьи. Его единственной любовью была наука, ей в дар он принес свою жизнь и состояние.

Многие научные общества и почти все академии наук мира избрали Гумбольдта своим членом. Во многих городах Европы поставлены памятники Гумбольдту, но самый долговечный он воздвиг себе сам неутомимой научной деятельностью.

В этом году 100-летний юбилей со дня смерти Гумбольдта отмечается прогрессивным человечеством во всех странах.