Двухместный прототип F1 использовался для испытаний на совместимость с авианосцем и проходил испытания на боевое применение вооружения. В ходе испытаний F1 выполнил 508 полетов с налетом 602 ч — больше чем любой другой прототип. Второй двухместный прототип F2 выполнил первый полет 11 октября 1996 г., он также использовал в испытаниях на совместимость с авианосцем, но большая часть полетов была выполнена по программе боевого применения (вместе с одноместным Е5) на полигоне Чайна-Лэйк. F2 являлся вторым «Супер Хорнетом» с полноценным БРЭО.

Статические испытания с использованием планера ST50 начались в августе 1995 г., позже этот планер использовался для испытания на выполнение аварийной посадки с использованием барьера. В четвертом испытании с использованием барьера планер перевернулся, получив серьезные повреждения, после чего ST-50 доставили на полигон Чайна-Лэйк, где его подвергли обстрелу бронебойными снарядами для проверки живучести самолета. Испытания на ударные нагрузки планера DT50 начались в феврале 1996 г., а испытания планера FT50 на усталостную прочность — в июне 1997 г.

Первый этап морских испытания начался в Пэтаксен-Ривер 6 августа 1998 г., когда коммендер Том Гарни на F1 впервые выполнил катапультный взлет с имевшейся на аэродроме паровой катапульты MR-7. Через 15 дней на том же F1 была выполнена первая посадка с зацеплением гаком тросового аэрофинешера. В январе 1997 г. начались испытания F/A-18F1 на авианосце «Джон С. Стеннис». 18 января лейтенант ВМС США Фрэнк Морли на F1 успешно выполнил посадку на корабль в сложных погодных условиях после двухчасового перелета с авиабазы Пэтаксен-Ривер. Авианосец находился в море недалеко от мыса Гаттерас, Северная Каролина. В тот же день первый катапультный взлет с авианосца выполнил Том Гарни. Всего за шесть суток с авианосца «Джон С. Стеннис» F1 61 раз выполнял днем взлеты и посадки; взлеты выполнялись с носовых и угловых катапульт. Реальные взлетно-посадочные характеристики самолета подтвердили расчетные.

Первый опытный F/A-18F во время испытаний на авианосце "Джон С. Стеннис"

Второй этап квалификационных испытаний на совместимость самолета и корабля проходил в феврале — марте 1999 г. у берегов Флориды на авианосце «Гарри С. Труман». В испытаниях задействовали оба двухместных прототипа. Были успешно выполнены взлеты с носовых катапульт при боковом ветре со скоростью до 28 км/ч и с угловых катапульт при боковом ветре скоростью до 18,5 км/ч. Проверялись возможности взлетов и посадок с различными вариантами внешней нагрузки. При максимальной взлетной массе 29 940 кг скорость отрыва составила 263 км/ч, при этом после взлета самолет «проваливался» на 3 м ниже носа авианосца. Летчики очень высоко оценили управляемость «Супер Хорнета» на малых скоростях, что позволяло корректировать расчет при заходе на посадку буквально «в последний миг».

Несколько забегая вперед, отметим тот факт, что «Супер Хорнет» открыл новую эру в развитии палубных катапульт — 18 декабря 2010 г. лейтенант Дэниэл Рэдокэж из эскадрильи VX-23 на F/A-18/E впервые в мире выполнил взлет с использованием электромагнитной катапульты. Это произошло на авиабазе Лэкхарст, шт. Нью-Джерси, где смонтирован опытный образец катапульты EMALS (Electromagnetic Aircraft Launch System). Электромагнитными катапультами планируется оснастить авианосец CVN-78 «Джеральд Форд» и все последующие американские авианосцы. Кроме того, изучается возможность установки подобных катапульт на британских авианосцах типа «Куин Элизабет», находящихся в стадии проектирования.

В испытаниях на отделение внешних подвесок были задействовали прототипы Е5 и F2. Впервые такое испытание состоялось 19 февраля 1997 г., когда с F/A-18F2 с высоты 1500 м успешно сбросили 1800-литровый топливный бак. Через два дня F/A-18E5 выполнил первый полет с полной боевой нагрузкой в виде трех 1800-литровых подвесных баков, двух УР воздух-воздух AIM-9 «Сайдуиндер», двух свободнопадающих бомб Мк 84 и двух противорадиолокационных ракет HARM. После выполнения полета летчик-испытатель Джим Сэндберг отметил, что самолет управлялся так, как будто бы внешних подвесок не было совсем. Первый практический пуск ракеты (AIM-9) был выполнен с F2 в апреле 1997 г., 5 мая выполнили первый пуск УР AIM- 120. В мае с двух прототипов сбросили практически весь ассортимент боевой нагрузки: УР «воздух-воздух» AIM-7; ПКР «Гарпун», УР «воздух- поверхность» SLAM, бомбы Мк 82, Мк 83, CBU-100, а также произвели отстрел тепловых ловушек и осуществили сброс 1800-литровых баков с каждого из трех предназначенных для их подвески узлов (одного подфюзеляжного и двух подкрыльевых). Тогда же выполнили буксировку ложной цели ALE-50.

Практические пуски УР HARM впервые выполнили в декабре 1998 г., ПКР «Гарпун» по движущейся надводной цели — в январе 1999 г. В ходе данного этапа испытаний было выполнено 25 пусков ракет, сброшено 226 796 кг груза, проверено 29 конфигураций внешних подвесок.

В целом «Супер Хорнет» прошел совместные испытания успешно. По ходу испытаний были отмечены всего две задержки с выполнением программы. Первая произошла летом 1996 г. и была связана с задержкой поставок трех опытных самолетов из-за трехмесячной забастовки трубящихся. Причиной второй задержки на два месяца послужил отказ двигателя в полете.

По результатам испытаний было написано порядка 400 замечаний, большей частью по двигателю и отделению полезной нагрузки. Наиболее сложной проблемой из тех, которые выявились по ходу испытаний, стал феномен, названный «wing drop» — валежка на крыло: внезапное неуправляемое вращение по крену. Впервые это явление дало о себе знать в марте 1996 г. Причину валежки установили быстро: неодновременный срыв потока с плоскостей крыла при маневрировании с относительно большими углами атаки. Впервые с подобным явлением столкнулись еще в 50-е годы на истребителе F-86 «Сейбр» и с тех пор валежка обычно ассоциировалась с истребителями, имеющими стреловидное крыло. На F/A-18E/F проблема действительно оказалась очень серьезной. В наибольшей степени валежка «Супер Хорнета» проявлялась в диапазоне высот от 3000 до 12 000 м на скоростях от М=0,7 до М=0,95, углов атаки от 6 до 12 град., то есть, как раз на режимах воздушного боя. К решению проблемы привлекли специалистов фирмы «Боинг», ВМС США и NASA. К середине 1997 г. удалось найти временное решение проблемы: была проведена доработка ПО системы управления полетом. В более полном объеме устранить валежку удалось за счет многочисленных сквозных отверстий в обтекателях на стыке складывающихся и неподвижных секций крыла. По информации фирмы «Боинг» отверстия при энергичном маневрировании обеспечивают свободное перетекание потока с нижних поверхностей крыла на верхние, препятствуя тем самым преждевременному срыву потока.

Испытательный пуск ракеты AIM-120 с двухместного "Супер Хорнета"

Испытания вооружения с F/A- 18Е. Хорошо виден "развал" пилонов, установленных под углом

Еще в ходе продувок моделей самолета в аэродинамических трубах, проводившихся в июле и августе 1993 г., было установлено, что некоторые «полезные грузы» при отделении могут сталкиваться с носителем. Во избежание столкновения подвесок с самолетом пересмотрели конструкцию пилонов и развернули их на 3 град. Испытания подтвердили правильность принятого решения в целом. Тем не менее проблемы с отделением некоторых изделий остались. Вдобавок неожиданно выявилось, что при определенных вариантах подвесной нагрузки резко возрастает уровень шума и вибраций. Данную проблему пришлось обходить «методически» — ограничением скорости полета. На перспективу рекомендовали изменить конструкцию некоторых типов боеприпасов.