Белым дивизиям не удалось в 1918 году захватить Царицын, и это значительно облегчило общее военное положение Советской республики. Красная армия еще только создавалась, и у Ворошилова нередко возникали острые конфликты с Председателем РВС Республики Л. Д. Троцким. Действия 10-й армии несли на себе еще сильный отпечаток партизанщины. К тому же Ворошилов долгое время отказывался использовать военных специалистов из числа офицеров старой армии. Конечно, за спиной Ворошилова стоял в данном случае Сталин, которому он уже тогда подчинялся почти беспрекословно. Когда Сталин покинул Царицын, Ворошилов был отстранен Троцким от командования 10-й армией. Украина в это время уже освобождалась от немецкой оккупации, и Ворошилова назначили наркомом внутренних дел Украинской советской республики. На VIII съезде РКП(б) Ворошилов был одним из лидеров так называемой «военной оппозиции», осужденной большинством съезда. Выступая на съезде, Ленин говорил:

«…Старая партизанщина живет в нас, и это звучит во всех речах Ворошилова и Голощекина. Когда Ворошилов говорил о громадных заслугах царицынской армии при обороне Царицына, конечно, тов. Ворошилов абсолютно прав, такой героизм трудно найти в истории… Но сам же сейчас рассказывая, Ворошилов приводил такие факты, которые указывают, что были страшные следы партизанщины. Это бесспорный факт. Тов. Ворошилов говорит: у нас не было никаких военных специалистов, и у нас 60 000 потерь. Это ужасно… Героизм царицынской армии войдет в массы, но говорить, мы обходились без военных специалистов, разве это есть защита партийной линии… Виноват тов. Ворошилов в том, что он эту старую партизанщину не хочет бросить.

…Может быть, нам не пришлось бы отдавать эти 60 000, если бы там были специалисты, если бы была регулярная армия…» (Ленинский сб. Т. 37. С. 138, 139.)

Гражданская война на Украине отличалась особой ожесточенностью и сложностью, и Ворошилову не довелось спокойно работать в Советском правительстве Украины. Он участвовал в боях с отрядами мятежного атамана Григорьева, Махно, затем во главе 14-й армии оборонял Екатеринослав, командовал внутренним Украинским фронтом. Под напором войск генерала Деникина Красной армии пришлось оставить большую часть Украины. После образования Первой Конной Ворошилов назначается членом РВС этой армии. Буденный, Ворошилов и Щаденко стояли во главе Первой Конной осенью 1919 года, когда она вела ожесточенные бои с кавалерийскими дивизиями белых в Центральной России, а затем преследовала отступающего Деникина. Большую роль сыграла Первая Конная в боях на Северном Кавказе. Бои в Таврии и в Крыму против войск генерала Врангеля, а затем против отрядов Махно и Петлюры завершили боевой путь Первой Конной. От партийной организации этой армии Ворошилова направили на X съезд партии. Он был избран в президиум съезда и председательствовал на некоторых его заседаниях. Вместе с группой делегатов съезда участвовал в подавлении Кронштадтского мятежа весной 1921 года. За эту военную операцию Ворошилова награждают вторым орденом Красного Знамени. С двумя орденами на груди он появился на очередном заседании съезда партии, за что и удостоился саркастического замечания Ленина. Для членов партии считалось тогда дурным тоном демонстрировать на деловых собраниях или даже на съездах свои награды. На следующее заседание Ворошилов пришел уже в вышитой украинской рубахе и без орденов. На X съезде партии Ворошилов был избран членом ЦК РКП(б). В состав ЦК в 1921 году входило всего 25 членов и 15 кандидатов.

К сожалению, уже в годы Гражданской войны и как военачальник, и как политработник Ворошилов отличился не только на полях сражений. Он, Щаденко и Буденный были причастны к аресту, суду и расстрелу знаменитого в то время героя Гражданской войны, организатора первых конных частей Красной армии, «первой шашки Республики» Б. М. Думенко. Сохранившиеся в деле Думенко ложные и даже нелепые показания Ворошилова, Щаденко, Буденного дали основание вынести поспешный и несправедливый приговор. Вот, например, что говорил Щаденко, имея в виду себя и Ворошилова: «…Мы старались Буденного навести на мысль, что, может быть, он не понял Думенко и что Думенко затевает авантюру против Советской власти, говоря о «черных тучах», то после этого Буденный решил, что, видимо, так оно и есть…» На письменных показаниях Буденного о том, что «со стороны Думенко наблюдались некоторые недовольства к политработникам… Приказы исполнялись Думенко не всегда аккуратно…», Ворошилов поставил «резолюцию»: «Сам он (Думенко. – Р. М.) ничтожество» (См.: Старов Н. Первая шашка Республики // Известия. 1988. 15 авг.). Орджоникидзе и Тухачевский просили поспешно созванный Ревтрибунал воздержаться от ареста или от сурового приговора. Однако организаторы фальсифицированного «дела Думенко» торопились, и сразу же после вынесения приговора он был расстрелян.

Обнаружились в Ворошилове склонности и к изрядному преувеличению своих достижений и к присвоению чужих успехов. Например, докладывая о борьбе с мятежом Григорьева, он писал: «Под моим личным руководством банды были разбиты…» Одновременно им утверждалось: «Наши части никуда не годятся, а командный состав следует перевешать до единого».

В действительности же очень существенный вклад в разгром григорьевщины внесли командующие направлениями П. В. Егоров и П. Е. Дыбенко. Командующий Украинским фронтом В. А. Антонов-Овсеенко, которому было поручено командование всеми вооруженными силами Украины, отвергая притязания Ворошилова, писал: «Ворошилов был командующим на определенном участке внутреннего фронта. Имел на нем вначале большие неудачи, поправленные удачами на других участках, где командовал не он… Приписывать себе одному успех борьбы с Григорьевым он может лишь по большому недоразумению. Затем – донесения его штаба о разгроме Григорьева под Александрией оказались ложными…

Утверждения Ворошилова как в области его собственных успехов, так и относительно поведения наших частей постыдно преувеличены» (Цит. по: Фесенко А. П. К оценке роли К. Е. Ворошилова в разгроме григорьевщины // Вопросы истории. 1988. № 10. С. 188.).

Хотя Ворошилов не был профессиональным военным, его оставили после окончания Гражданской войны на военной работе. В 1921—1924 годах он командует крупным Северо-Кавказским военным округом. Партийным руководителем Северо-Кавказского края был в эти годы Микоян, с которым у Ворошилова установились дружеские отношения. Вместе с Орджоникидзе Ворошилов был введен в 1924 году в РВС СССР. Вскоре он стал членом Президиума РВС. Эти назначения явно преследовали цель ограничить влияние в РВС Троцкого и его ближайших сторонников. В мае 1924 года Ворошилова также назначают вместо Н. И. Муралова командующим Московским военным округом. Муралов был одним из героев Гражданской войны. Он отличился на Восточном фронте в боях против Колчака. Но он был политическим союзником и личным другом Троцкого, и Сталин хотел удалить его из московского гарнизона. Поэтому Муралов сменил Ворошилова на посту командующего Северо-Кавказским военным округом. В январе 1925 года ЦК партии принял отставку Троцкого. На пост наркома по военным и морским делам и Председателя РВС СССР был назначен М. В. Фрунзе. Оставаясь командующим Московским военным округом, Ворошилов стал также заместителем Фрунзе.