Война пришла на Ставрополье в 1942 году. Развивая летнее наступление, немецкие войска захватили Ростов-на-Дону и начали быстро продвигаться по территории Северного Кавказа. Остановить немецкое наступление удалось только близ города Орджоникидзе, недалеко от Грозного. Немецкая оккупация продолжалась, однако, менее года. В этот период основной задачей обкома партии была организация партизанского движения. Суслов возглавил Ставропольский краевой штаб партизанских отрядов.

Во время войны и оккупации несколько сотен проживавших в Ставрополье карачаевцев поддержали гитлеровскую администрацию. В городе Микоян-Шахаре был создан Карачаевский национальный комитет. Однако большинство карачаевцев поддерживали не этот комитет, а партизан. Тем не менее вскоре после освобождения края в октябре 1943 года Карачаевская автономная область была упразднена, а десятки тысяч карачаевцев поголовно выселены из родных мест и в эшелонах отправлены на «спецпоселение» в Среднюю Азию и Казахстан. Разумеется, решение о выселении мусульманских народностей с Северного Кавказа и из Поволжья было принято в Москве Государственным Комитетом Обороны. Однако верно и то, что Ставропольский обком партии и его руководитель Суслов полностью поддержали это решение и помогли проведению его в жизнь.

В период активных боевых действий на Северном Кавказе Суслову как члену военного совета Северной группы войск Закавказского фронта подчинялся полковник Л. И. Брежнев, который был тогда начальником политотдела 18-й армии и, в частности, помогал Суслову налаживать гражданскую и хозяйственную жизнь на Северном Кавказе. Но это было лишь мимолетное знакомство, так как 18-я армия после освобождения Новороссийска ушла на Запад. Спустя 10 лет после боев на Северном Кавказе Брежнев, уже в звании генерал-лейтенанта, стал заместителем начальника Главного политического управления Советской армии и Военно-морского флота. В этот период он тоже должен был выполнять директивы Суслова, уже секретаря ЦК КПСС. В некоторых работах по советской истории высказывается предположение, что тогда и возник некий политический союз между Брежневым и более старшим по возрасту и положению Сусловым. Один автор даже намекает, что, якобы предвидя неизбежное столкновение со ставшим руководителем партии Хрущевым, Суслов начал выдвигать Брежнева как будущего преемника Хрущева (См.: Морозов М. Леонид Брежнев. Биография. Штутгарт – Берлин – Кельн – Майнц, 1973. С. 91.). Для 1953—1954 годов такое предположение безосновательно. И Суслов, и Брежнев относились в те время к Хрущеву с несомненной лояльностью. Но вернемся к карьере Суслова.

К осени 1944 года большая часть Литвы была освобождена от немецкой оккупации. Партийную организацию республики возглавил старый подпольщик, еще в 1927 году избранный секретарем ЦК КПЛ А. Ю. Снечкус. Однако Сталин не доверял бывшим подпольщикам. К тому же коммунисты не пользовались в Литве значительным влиянием, и большая часть католического литовского населения выступала против советизации Литвы. Было решено поэтому сформировать не только ЦК Литовской компартии, но и специальное Бюро ЦК ВКП(б) по Литовской ССР, наделенное чрезвычайными полномочиями. Председателем Бюро был назначен Суслов.

Как известно, после ухода немцев в Литве началось упорное сопротивление новой власти, переросшее в длительную и жестокую партизанскую войну. В сущности, это была настоящая гражданская война, в которой одна часть литовского населения поддержала Красную армию, а другая выступила против нее с оружием в руках. Состав партизанских отрядов «лесных братьев» был пестрым. Здесь находились и люди, сотрудничавшие с оккупантами, и богатые крестьяне, и дети литовской буржуазии. Но оказалось немало и простых литовцев, выступавших за независимость своей республики. Борьба была очень трудной и кровопролитной. В ходе ее значительную часть населения республики просто депортировали в Сибирь. Из городов выселили представителей буржуазии и других «чуждых» классов, членов бывшей литовской администрации, лидеров национальных партий, а из сельской местности – крестьян, обвиненных в помощи «лесным братьям». Военные действия длились два года, пока партизанское движение в республике не было полностью ликвидировано.

Суслов был послан в Литву Сталиным и наделен чрезвычайными полномочиями. Его влияние распространялось и на другие республики Прибалтики. Не следует поэтому удивляться, что Суслов оставил по себе и в Литве, и в Прибалтике недобрую память. Когда он умер, многие литовцы открыто выражали свою радость.

Очевидно, Сталина вполне удовлетворяла деятельность Суслова. В 1947 году его переводят на работу в Москву, а на Пленуме ЦК избирают секретарем Центрального Комитета. В Секретариат тогда входили Жданов, Кузнецов, Маленков, Попов и сам Сталин. Суслов пользовался его полным доверием. В январе 1948 года именно Суслову было поручено от имени ЦК ВКП(б) сделать доклад на торжественно-траурном заседании по случаю 24-й годовщины со дня смерти Ленина. В 1949—1950 годах Суслов становится еще и главным редактором газеты «Правда». Его избирают членом Президиума Верховного Совета СССР. В 1949 году Суслов участвует в Совещании Информационного бюро коммунистических партий в Будапеште, где выступает с докладом, основным тезисом которого было осуждение Югославской компартии.

Еще в 1947 году Суслов сменил Г. Ф. Александрова на посту заведующего Отделом агитации и пропаганды ЦК. Он участвовал в кампании против «безродных космополитов», возглавлял комиссию, которая расследовала деятельность заведующего Отделом науки Юрия Жданова (сына А. А. Жданова), выступившего в 1948 году против Лысенко. Однако в целом роль Суслова как идеолога в 1947—1953 годах была невелика, ибо главным «идеологом» и «теоретиком» партии оставался сам Сталин.

Через несколько лет на XX съезде КПСС Суслов говорил о ненормальном положении, сложившемся в области идеологии в годы культа Сталина.

«Не подлежит сомнению, – заявлял он, – что распространению догматизма и начетничества сильно способствовал культ личности. Поклонники культа личности приписывали развитие марксистской теории только отдельным личностям и целиком полагались на них. Все же остальные смертные должны якобы лишь усваивать и популяризировать то, что создают эти отдельные личности. Таким образом, игнорировались роль коллективной мысли нашей партии и роль братских партий в развитии революционной теории, роль коллективного опыта народных масс» (XX съезд Коммунистической партии Советского Союза. 14—25 февраля 1956 года. Стенографический отчет. М., 1956. Т. 1. С. 284.).

Однако нетрудно убедиться, что Суслов как идеологический руководитель партии был воспитан и сложился именно в сталинский период, и печать догматизма, боязнь самостоятельности и оригинальности сохранилась у него на всю жизнь. Главным стремлением Суслова с первых же его шагов на поприще идеологии было не допустить какой-либо идеологической ошибки, то есть не войти в противоречие с текущими политическими установками директивных инстанций. Он хорошо знал, что посредственность и серость идеологических выступлений никем не преследуется, тогда как одна лишь «идеологическая ошибка» может привести к концу всей политической карьеры.

На XIX съезде партии Сталин включил Суслова в состав расширенного Президиума ЦК КПСС. Он вошел в ближайшее окружение Сталина, что было признаком доверия, но таило и немалые опасности. В декабре 1952 года чем-то недовольный Сталин резко заметил Суслову: «Если вы не хотите работать, то можете уйти со своего поста». Суслов ответил, что будет работать везде, где найдет это нужным партия. «Посмотрим», – с оттенком угрозы сказал Сталин. Этот конфликт не получил развития. Суслов находился в составе Президиума ЦК всего несколько месяцев. Сразу после смерти Сталина численность Президиума была уменьшена, и Суслов в него уже не вошел. Но он остался одним из секретарей ЦК КПСС.